8rx0

(NEDD8)-CRL2VHL-MZ1-Brd4BD2-Ub(G76S, K48C)-UBE2R1(C93K, S138C, C191S, C223S)-Ub

Method: ELECTRON MICROSCOPY

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Isoform B of Bromodomain-containing protein 4

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	von Hippel-Lindau disease tumor suppressor × 1 （P40337） Elongin-C × 1 （Q15369） Elongin-B × 1 （Q15370） Cullin-2 × 1 （Q13617） Ubiquitin-conjugating enzyme E2 R1 × 1 （P49427） NEDD8 × 1 （Q15843） E3 ubiquitin-protein ligase RBX1, N-terminally processed × 1 （P62877） Polyubiquitin-B × 1 （P0CG47） ;(2~{S},4~{R})-1-[(2~{S})-2-[2-[2-[2-[2-[2-[(9~{S})-7-(4-chlorophenyl)-4,5,13-trimethyl-3-thia-1,8,11,12-tetrazatricyclo[8.3.0.0^{2,6}]trideca-2(6),4,7,10,12-pentaen-9-yl]ethanoylamino]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethanoylamino]-3,3-dimethyl-butanoyl]-~{N}-[[4-(4-methyl-2,3-dihydro-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide ; × 1 ZINC ION × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BRD4_HUMAN
Isoform	O60885-3
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–111； UniProt 349–459

von Hippel-Lindau disease tumor suppressor

Homo sapiens

UniProt P40337

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	Isoform B of Bromodomain-containing protein 4 × 1 （O60885） Elongin-C × 1 （Q15369） Elongin-B × 1 （Q15370） Cullin-2 × 1 （Q13617） Ubiquitin-conjugating enzyme E2 R1 × 1 （P49427） NEDD8 × 1 （Q15843） E3 ubiquitin-protein ligase RBX1, N-terminally processed × 1 （P62877） Polyubiquitin-B × 1 （P0CG47） ;(2~{S},4~{R})-1-[(2~{S})-2-[2-[2-[2-[2-[2-[(9~{S})-7-(4-chlorophenyl)-4,5,13-trimethyl-3-thia-1,8,11,12-tetrazatricyclo[8.3.0.0^{2,6}]trideca-2(6),4,7,10,12-pentaen-9-yl]ethanoylamino]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethanoylamino]-3,3-dimethyl-butanoyl]-~{N}-[[4-(4-methyl-2,3-dihydro-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide ; × 1 ZINC ION × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VHL_HUMAN
Isoform	P40337-3
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–160； UniProt 1–160

Elongin-C

Homo sapiens

UniProt Q15369

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	Isoform B of Bromodomain-containing protein 4 × 1 （O60885） von Hippel-Lindau disease tumor suppressor × 1 （P40337） Elongin-B × 1 （Q15370） Cullin-2 × 1 （Q13617） Ubiquitin-conjugating enzyme E2 R1 × 1 （P49427） NEDD8 × 1 （Q15843） E3 ubiquitin-protein ligase RBX1, N-terminally processed × 1 （P62877） Polyubiquitin-B × 1 （P0CG47） ;(2~{S},4~{R})-1-[(2~{S})-2-[2-[2-[2-[2-[2-[(9~{S})-7-(4-chlorophenyl)-4,5,13-trimethyl-3-thia-1,8,11,12-tetrazatricyclo[8.3.0.0^{2,6}]trideca-2(6),4,7,10,12-pentaen-9-yl]ethanoylamino]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethanoylamino]-3,3-dimethyl-butanoyl]-~{N}-[[4-(4-methyl-2,3-dihydro-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide ; × 1 ZINC ION × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ELOC_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–96； UniProt 17–112

Elongin-B

Homo sapiens

UniProt Q15370

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	Isoform B of Bromodomain-containing protein 4 × 1 （O60885） von Hippel-Lindau disease tumor suppressor × 1 （P40337） Elongin-C × 1 （Q15369） Cullin-2 × 1 （Q13617） Ubiquitin-conjugating enzyme E2 R1 × 1 （P49427） NEDD8 × 1 （Q15843） E3 ubiquitin-protein ligase RBX1, N-terminally processed × 1 （P62877） Polyubiquitin-B × 1 （P0CG47） ;(2~{S},4~{R})-1-[(2~{S})-2-[2-[2-[2-[2-[2-[(9~{S})-7-(4-chlorophenyl)-4,5,13-trimethyl-3-thia-1,8,11,12-tetrazatricyclo[8.3.0.0^{2,6}]trideca-2(6),4,7,10,12-pentaen-9-yl]ethanoylamino]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethanoylamino]-3,3-dimethyl-butanoyl]-~{N}-[[4-(4-methyl-2,3-dihydro-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide ; × 1 ZINC ION × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ELOB_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–104； UniProt 1–104

Cullin-2

Homo sapiens

UniProt Q13617

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	Isoform B of Bromodomain-containing protein 4 × 1 （O60885） von Hippel-Lindau disease tumor suppressor × 1 （P40337） Elongin-C × 1 （Q15369） Elongin-B × 1 （Q15370） Ubiquitin-conjugating enzyme E2 R1 × 1 （P49427） NEDD8 × 1 （Q15843） E3 ubiquitin-protein ligase RBX1, N-terminally processed × 1 （P62877） Polyubiquitin-B × 1 （P0CG47） ;(2~{S},4~{R})-1-[(2~{S})-2-[2-[2-[2-[2-[2-[(9~{S})-7-(4-chlorophenyl)-4,5,13-trimethyl-3-thia-1,8,11,12-tetrazatricyclo[8.3.0.0^{2,6}]trideca-2(6),4,7,10,12-pentaen-9-yl]ethanoylamino]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethanoylamino]-3,3-dimethyl-butanoyl]-~{N}-[[4-(4-methyl-2,3-dihydro-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide ; × 1 ZINC ION × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CUL2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–745； UniProt 1–745

Ubiquitin-conjugating enzyme E2 R1

Homo sapiens

UniProt P49427

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	Isoform B of Bromodomain-containing protein 4 × 1 （O60885） von Hippel-Lindau disease tumor suppressor × 1 （P40337） Elongin-C × 1 （Q15369） Elongin-B × 1 （Q15370） Cullin-2 × 1 （Q13617） NEDD8 × 1 （Q15843） E3 ubiquitin-protein ligase RBX1, N-terminally processed × 1 （P62877） Polyubiquitin-B × 1 （P0CG47） ;(2~{S},4~{R})-1-[(2~{S})-2-[2-[2-[2-[2-[2-[(9~{S})-7-(4-chlorophenyl)-4,5,13-trimethyl-3-thia-1,8,11,12-tetrazatricyclo[8.3.0.0^{2,6}]trideca-2(6),4,7,10,12-pentaen-9-yl]ethanoylamino]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethanoylamino]-3,3-dimethyl-butanoyl]-~{N}-[[4-(4-methyl-2,3-dihydro-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide ; × 1 ZINC ION × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UB2R1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–236； UniProt 1–236

NEDD8

Homo sapiens

UniProt Q15843

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	Isoform B of Bromodomain-containing protein 4 × 1 （O60885） von Hippel-Lindau disease tumor suppressor × 1 （P40337） Elongin-C × 1 （Q15369） Elongin-B × 1 （Q15370） Cullin-2 × 1 （Q13617） Ubiquitin-conjugating enzyme E2 R1 × 1 （P49427） E3 ubiquitin-protein ligase RBX1, N-terminally processed × 1 （P62877） Polyubiquitin-B × 1 （P0CG47） ;(2~{S},4~{R})-1-[(2~{S})-2-[2-[2-[2-[2-[2-[(9~{S})-7-(4-chlorophenyl)-4,5,13-trimethyl-3-thia-1,8,11,12-tetrazatricyclo[8.3.0.0^{2,6}]trideca-2(6),4,7,10,12-pentaen-9-yl]ethanoylamino]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethanoylamino]-3,3-dimethyl-butanoyl]-~{N}-[[4-(4-methyl-2,3-dihydro-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide ; × 1 ZINC ION × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NEDD8_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 N； PDB构建体 2–77； UniProt 1–76

E3 ubiquitin-protein ligase RBX1, N-terminally processed

Homo sapiens

UniProt P62877

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	Isoform B of Bromodomain-containing protein 4 × 1 （O60885） von Hippel-Lindau disease tumor suppressor × 1 （P40337） Elongin-C × 1 （Q15369） Elongin-B × 1 （Q15370） Cullin-2 × 1 （Q13617） Ubiquitin-conjugating enzyme E2 R1 × 1 （P49427） NEDD8 × 1 （Q15843） Polyubiquitin-B × 1 （P0CG47） ;(2~{S},4~{R})-1-[(2~{S})-2-[2-[2-[2-[2-[2-[(9~{S})-7-(4-chlorophenyl)-4,5,13-trimethyl-3-thia-1,8,11,12-tetrazatricyclo[8.3.0.0^{2,6}]trideca-2(6),4,7,10,12-pentaen-9-yl]ethanoylamino]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethanoylamino]-3,3-dimethyl-butanoyl]-~{N}-[[4-(4-methyl-2,3-dihydro-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide ; × 1 ZINC ION × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RBX1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 R； PDB构建体 4–96； UniProt 16–108

Polyubiquitin-B

Homo sapiens

UniProt P0CG47

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	Isoform B of Bromodomain-containing protein 4 × 1 （O60885） von Hippel-Lindau disease tumor suppressor × 1 （P40337） Elongin-C × 1 （Q15369） Elongin-B × 1 （Q15370） Cullin-2 × 1 （Q13617） Ubiquitin-conjugating enzyme E2 R1 × 1 （P49427） NEDD8 × 1 （Q15843） E3 ubiquitin-protein ligase RBX1, N-terminally processed × 1 （P62877） ;(2~{S},4~{R})-1-[(2~{S})-2-[2-[2-[2-[2-[2-[(9~{S})-7-(4-chlorophenyl)-4,5,13-trimethyl-3-thia-1,8,11,12-tetrazatricyclo[8.3.0.0^{2,6}]trideca-2(6),4,7,10,12-pentaen-9-yl]ethanoylamino]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethanoylamino]-3,3-dimethyl-butanoyl]-~{N}-[[4-(4-methyl-2,3-dihydro-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide ; × 1 ZINC ION × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UBB_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	9
链与序列区间	作者链 U； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8rx0
沉积日期 deposition_date	2024-02-05
结构标题 title	(NEDD8)-CRL2VHL-MZ1-Brd4BD2-Ub(G76S, K48C)-UBE2R1(C93K, S138C, C191S, C223S)-Ub
关键词 keywords	ubiquitin, cullin, RING, E2 complex, LIGASE; LIGASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8rx0__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8rx0__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8rx0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	49.09 Å
Rg（电子密度）	48.53 Å
总 Rg	48.52 Å
原子数	14170
残基数	1426
排除体积	135500 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8rx0__assembly_1__model_1`	nonameric （9）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Isoform B of Bromodomain-containing protein 4
分子量 formula_weight	12978.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	14170

KVSEQLKCCSGILKEMFAKKHAAYAWPFYKPVDVEALGLHDYCDIIKHPMDMSTIKSKLEAREYRDAQEFGADVRLMFSNCYKYNPPDHEVVAMARKLQDVFEMRFAKMPD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
分子量 formula_weight	18558.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MEAGRPRPVLRSVNSREPSQVIFCNRSPRVVLPVWLNFDGEPQPYPTLPPGTGRRIHSYRGHLWLFRDAGTHDGLLVNQTELFVPSLNVDGQPIFANITLPVYTLKERCLQVVRSLVKPENYRRLDIVRSLYEDLEDHPNVQKDLERLTQERIAHQRMGD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Elongin-C
分子量 formula_weight	10843.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MYVKLISSDGHEFIVKREHALTSGTIKAMLSGPGQFAENETNEVNFREIPSHVLSKVCMYFTYKVRYTNSSTEIPEFPIAPEIALELLMAANFLDC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Elongin-B
分子量 formula_weight	11748.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MDVFLMIRRHKTTIFTDAKESSTVFELKRIVEGILKRPPDEQRLYKDDQLLDDGKTLGECGFTSQTARPQAPATVGLAFRADDTFEALCIEPFSSPPELPDVMK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Cullin-2
分子量 formula_weight	87098.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MSLKPRVVDFDETWNKLLTTIKAVVMLEYVERATWNDRFSDIYALCVAYPEPLGERLYTETKIFLENHVRHLHKRVLESEEQVLVMYHRYWEEYSKGADYMDCLYRYLNTQFIKKNKLTEADLQYGYGGVDMNEPLMEIGELALDMWRKLMVEPLQAILIRMLLREIKNDRGGEDPNQKVIHGVINSFVHVEQYKKKFPLKFYQEIFESPFLTETGEYYKQEASNLLQESNCSQYMEKVLGRLKDEEIRCRKYLHPSSYTKVIHECQQRMVADHLQFLHAECHNIIRQEKKNDMANMYVLLRAVSTGLPHMIQELQNHIHDEGLRATSNLTQENMPTLFVESVLEVHGKFVQLINTVLNGDQHFMSALDKALTSVVNYREPKSVCKAPELLAKYCDNLLKKSAKGMTENEVEDRLTSFITVFKYIDDKDVFQKFYARMLAKRLIHGLSMSMDSEEAMINKLKQACGYEFTSKLHRMYTDMSVSADLNNKFNNFIKNQDTVIDLGISFQIYVLQAGAWPLTQAPSSTFAIPQELEKSVQMFELFYSQHFSGRKLTWLHYLCTGEVKMNYLGKPYVAMVTTYQMAVLLAFNNSETVSYKELQDSTQMNEKELTKTIKSLLDVKMINHDSEKEDIDAESSFSLNMNFSSKRTKFKITTSMQKDTPQEMEQTRSAVDEDRKMYLQAAIVRIMKARKVLRHNALIQEVISQSRARFNPSISMIKKCIEVLIDKQYIERSQASADEYSYVA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 R1
分子量 formula_weight	26762.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.2.23,2.3.2.24
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MARPLVPSSQKALLLELKGLQEEPVEGFRVTLVDEGDLYNWEVAIFGPPNTYYEGGYFKARLKFPIDYPYSPPAFRFLTKMWHPNIYETGDVCISILHPPVDDPQSGELPSERWNPTQNVRTILLSVISLLNEPNTFSPANVDASVMYRKWKESKGKDREYTDIIRKQVLGTKVDAERDGVKVPTTLAEYCVKTKAPAPDEGSDLFYDDYYEDGEVEEEADSCFGDDEDDSGTEES

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	NEDD8
分子量 formula_weight	8661.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N

SMLIKVKTLTGKEIEIDIEPTDKVERIKERVEEKEGIPPQQQRLIYSGKQMNDEKTAADYKILGGSVLHLVLALRGG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	E3 ubiquitin-protein ligase RBX1, N-terminally processed
分子量 formula_weight	11196.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R

SHMGAGKKRFEVKKWNAVALWAWDIVVDNCAICRNHIMDLCIECQANQASATSEECTVAWGVCNHAFHFHCISRWLKTRQVCPLDNREWEFQKYGH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	Polyubiquitin-B
分子量 formula_weight	8576.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	U

MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	;(2~{S},4~{R})-1-[(2~{S})-2-[2-[2-[2-[2-[2-[(9~{S})-7-(4-chlorophenyl)-4,5,13-trimethyl-3-thia-1,8,11,12-tetrazatricyclo[8.3.0.0^{2,6}]trideca-2(6),4,7,10,12-pentaen-9-yl]ethanoylamino]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethanoylamino]-3,3-dimethyl-butanoyl]-~{N}-[[4-(4-methyl-2,3-dihydro-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide ;
分子量 formula_weight	1002.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.70 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	149823

(NEDD8)-CRL2VHL-MZ1-Brd4BD2-Ub(G76S, K48C)-UBE2R1(C93K, S138C, C191S, C223S)-Ub

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Isoform B of Bromodomain-containing protein 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

von Hippel-Lindau disease tumor suppressor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Elongin-C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Elongin-B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cullin-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ubiquitin-conjugating enzyme E2 R1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

NEDD8

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

E3 ubiquitin-protein ligase RBX1, N-terminally processed

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Polyubiquitin-B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8rx0__assembly_1__model_1

8rx0__assembly_1__model_1 | I(q)

8rx0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment