SAXSdb — 8s7c

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8s7c
沉积日期 deposition_date	2024-02-29
结构标题 title	Ternary Complex of Cachd1, FZD5 and LRP6
关键词 keywords	Cachd1 Frizzled-5 LRP6, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	75.69 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	75.27 Å
零角强度 I(0) i0	5093120000.00
分子量 molecular_weight	594650.0 kDa
排除体积 excluded_volume	739540 Å³
包络体积 envelope_volume	1271800 Å³
水化壳体积 shell_volume	140250 Å³
包络直径 envelope_diameter	220.4 Å
壳层 Rg shell_rg	77.49 Å
包络 Rg envelope_rg	71.14 Å
形状 Rg shape_rg	75.26 Å
总 Rg total_rg	75.34 Å
总原子数 total_atoms	41714
残基数 n_residues	5229
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	246.0 Å
Rg (实空间) rg_real	75.50 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.35 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.0930e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3290e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	76.10 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	5098000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8581
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	117.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.024
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.833
角度范围 angular_range	— – 0.1050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0004
最高正则化参数 α highest_alpha	184500000.0000
实空间数据点数 n_real_points	22
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.926; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.980; Smooth: 0.392

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	VWFA and cache domain-containing protein 1
分子量 formula_weight	123058.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D,G
原子数 atom_count	41714

MAREPEEEETVRPAAVVRRCPRCPGWPGAPRPPLWLLCLVACWILGAVADADFSILDEAQVLASQMRRLAAEELGVVTMQRIFNSLVYTEKISNGESEVQQLAKKIREKFNRYLDVVNRNKQVVEASYTAHLTSPLTAIQDCCTIPPSMMEFDGNFNTNVSRTVSCDRLSTTVNSRAFNPGRDLNSVLADNLKSNPGIKWQYFSSEEGIFTVFPAHKFRCKGSYEHRSRPIYVSTVRPQSKHIVVILDHGASVTDTQLQIAKDAAQVILSAIDEHDKISVLTVADAVRTCSLDQCYKTYLSPATSETKRKMSTFVSSVKPSDSPTQHAVGFHRAFQLIRSTSNSTRFQANTDMVIIYLSAGITSKDSSEEDKKATLRVINEENGFLNNSVMILTYALMNDGVTGLKELAFLRDLAEQNSGKYGIPDRTALPVIKGSMMVLNQLSNLETTVGRFYTNLPNRMIDEAVFSLPFSDEMGDGLIMTVSKPCYFGNLLLGIVGVDVNLAYILEDVTYYQDSLASYTFLIDDKGYTLMHPSLTRPYLLSEPPLHTDIIHYENIPKFELVRQNILSLPLGSQIITVPVNSSLSWHINKLRETGKEAYNVSYAWKMVQDTSFILCIVVIQPEIPVKQLKNLNTVPSSKLLYHRLDLLGQPSACLHFKQLATLESPTVMLSAGSFSSPYEHLSQPETKRMVEHYTAYLSDNTRLIANPGLKFSVRNEVMATSHVTDEWMTQMEMSSLNTYIVRRYIATPNGVLRIYPGSLMDKAFDPTRRQWYLHAVANPGLISLTGPYLDVGGAGYVVTISHTIHSSSTQLSSGHTVAVMGIDFTLRYFYKVLMDLLPVCNQDGGNKIRCFIMEDRGYLVAHPTLVDPKGHAPLEQQHITHKEPLVANDILNHPNFVKKNLCNSFSDRTVQRSYKFNTSLVGDLTNLVHGSHCSKYRLTRIPGTNAFVGIVNETCDSLAFCACSMVDRLCLNCHRMEQNECECPCECPLEVNECTGNLTNAENRNPSCEVHQEPVTYTAIDPGLQDALQQCVNSRCNQRMESGDCFGVLDCEWCVVDSDGKTHLDKSYCAPQKECFGGIVGAKSPYVDDMGATGLEVLFQ

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	Frizzled-5
分子量 formula_weight	15924.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E,H

ETHASKAPVCQEITVPMCRGIGYNLTHMPNQFNHDTQDEAGLEVHQFWPLVEIHCSPDLRFFLCSMYTPICLPDYHKPLPPCRSVCERAKAGCSPLMRQYGFAWPERMSCDRLPVLGGDAEVLCMDYNRSEATGLEVLFQ

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	Low-density lipoprotein receptor-related protein 6
分子量 formula_weight	71170.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F,I

ETGVPEAFLLFSRRADIRRISLETNNNNVAIPLTGVKEASALDFDVTDNRIYWTDISLKTISRAFMNGSALEHVVEFGLDYPEGMAVDWLGKNLYWADTGTNRIEVSKLDGQHRQVLVWKDLDSPRALALDPAEGFMYWTEWGGKPKIDRAAMDGSERTTLVPNVGRANGLTIDYAKRRLYWTDLDTNLIESSNMLGLNREVIADDLPHPFGLTQYQDYIYWTDWSRRSIERANKTSGQNRTIIQGHLDYVMDILVFHSSRQSGWNECASSNGHCSHLCLAVPVGGFVCGCPAHYSLNADNRTCSAPTTFLLFSQKSAINRMVIDEQQSPDIILPIHSLRNVRAIDYDPLDKQLYWIDSRQNMIRKAQEDGSQGFTVVVSSVPSQNLEIQPYDLSIDIYSRYIYWTCEATNVINVTRLDGRSVGVVLKGEQDRPRAVVVNPEKGYMYFTNLQERSPKIERAALDGTEREVLFFSGLSKPIALALDSRLGKLFWADSDLRRIESSDLSGANRIVLEDSNILQPVGLTVFENWLYWIDKQQQMIEKIDMTGREGRTKVQARIAQLSDIHAVKELNLQEYRQHPCAQDNGGCSHICLVKGDGTTRCSCPMHLVLLQDELSCGGTKHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	30

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	283.697 Å
晶胞边长 b length_b	198.236 Å
晶胞边长 c length_c	218.824 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	128.07 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.700 Å
最低分辨率 resolution_low	86.130 Å
R 因子 r_factor	0.2092
R_work r_work	0.2063
R_free r_free	0.2608

fit	/app/data/saxs_computation/s7/8s7c/8s7c.fit
pddf	/app/data/pr_computation/s7/8s7c/8s7c.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/s7/8s7c/8s7c.dat

Ternary Complex of Cachd1, FZD5 and LRP6

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 branched

Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)