SAXSdb — 8sj6

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8sj6
沉积日期 deposition_date	2023-04-17
结构标题 title	Ara h 2.01 38B7 8F3
关键词 keywords	allergy, peanut, antibody, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	45.43 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	46.71 Å
零角强度 I(0) i0	179852000.00
分子量 molecular_weight	106550.0 kDa
排除体积 excluded_volume	132050 Å³
包络体积 envelope_volume	193570 Å³
水化壳体积 shell_volume	37761 Å³
包络直径 envelope_diameter	163.0 Å
壳层 Rg shell_rg	44.78 Å
包络 Rg envelope_rg	46.49 Å
形状 Rg shape_rg	46.66 Å
总 Rg total_rg	46.76 Å
总原子数 total_atoms	7501
残基数 n_residues	968
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	167.1 Å
Rg (实空间) rg_real	46.17 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.39 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.7990e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.6920e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	45.43 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	179700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6554
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	33.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.564
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.483
角度范围 angular_range	— – 0.1750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	10950000.0000
实空间数据点数 n_real_points	36
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.436; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.208; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	8F3 light chain
分子量 formula_weight	23412.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D
原子数 atom_count	7501

EIVLTQSPATLSLSPGERATLSCRASPSAGRFLAWYQQRPGQAPRLLIYDASKRATDTPARFSGSGSGTDFNLTIASLEPEDFAVYYCQHRSNWPLTFGGGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 2 polymer

描述 description	8F3 heavy chain
分子量 formula_weight	24266.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

QLQLQESGPGLVKPSETLSLTCTVSDASIDTPSYFWSWIRQPPGKGLEWIGSIYYTGNKYSNPSLKSRVTMSVDTPKRQFSLRLSSVTAADTAVYYCARYVDYVWLRAFDIWGQGTRVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 3 polymer

描述 description	38B7 heavy chain
分子量 formula_weight	23708.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

QVQLVESGGGVVQPGRSLRLSCVGSGFTFRRDAKYWVRQAPGKGLEWVAAISHDGGEEDYAESVKGRFTISRDNSRETVYLEMNSLRPEDTAVYYCATTRSGWYFDYWGQGALVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 4 polymer

描述 description	38B7 light chain
分子量 formula_weight	23771.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

EIVLTQSPATLSLSPGARATLSCRASQSVDTYLAWYQQRRGQSPRLLIYDASKRATGIPARFSGSGSGTDFTLTISSLEPEDFAVYYCQQRNNWRTWTFGQGTKVEINRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 5 polymer

描述 description	Ara h 2 allergen
分子量 formula_weight	17033.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Q

ELQGDRRCQSQLERANLRPCEQHLMQKIQRDEDSYERDPYSPSQDPYSPSPYDRRGAGSSQHQERCCNELNEFENNQRCMCEALQQIMENQSDRLQGRQQEQQFKRELRNLPQQCGLRAPQRCDLDVESGGRDRYGSHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Arachis hypogaea
通用名 common_name	peanut
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3818
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	44.400 Å
晶胞边长 b length_b	182.892 Å
晶胞边长 c length_c	194.175 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 2 21 21
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	3.970 Å
最低分辨率 resolution_low	97.090 Å
R 因子 r_factor	0.2538
R_work r_work	0.2515
R_free r_free	0.3018

fit	/app/data/saxs_computation/sj/8sj6/8sj6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/sj/8sj6/8sj6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/sj/8sj6/8sj6.dat

Ara h 2.01 38B7 8F3

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)