SAXSdb — 9cmc

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9cmc
沉积日期 deposition_date	2024-07-14
结构标题 title	Crystal structure of the peanut allergen Ara h 2 with two human derived Fab antibodies 22S1 and 23P34
关键词 keywords	allergy, antibody complex, peanut, ALLERGEN; ALLERGEN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	64.12 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	64.73 Å
零角强度 I(0) i0	1965690000.00
分子量 molecular_weight	363260.0 kDa
排除体积 excluded_volume	449690 Å³
包络体积 envelope_volume	739090 Å³
水化壳体积 shell_volume	99044 Å³
包络直径 envelope_diameter	237.9 Å
壳层 Rg shell_rg	62.26 Å
包络 Rg envelope_rg	63.04 Å
形状 Rg shape_rg	64.74 Å
总 Rg total_rg	64.67 Å
总原子数 total_atoms	25607
残基数 n_residues	3511
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	214.9 Å
Rg (实空间) rg_real	64.40 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.86 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9650e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.2380e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	63.81 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1963000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8595
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	71.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.460
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.074
角度范围 angular_range	— – 0.1200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0070
最高正则化参数 α highest_alpha	88800000.0000
实空间数据点数 n_real_points	25
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.892; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.493

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Fab 23P34 heavy chain
分子量 formula_weight	24353.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,F,K,P
原子数 atom_count	25639

QVQLVESGGLVVQPGGSLRLSCEASGFTFDDYTMHWVRQSPQKGLEWVSLIRWDGSRTEYADSVKGRFTISRDNSKNSLYLQMNTLRADDSAFYFCVKDGGLRYFDSWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKTH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 2 polymer

描述 description	Fab 23P34 light chain
分子量 formula_weight	23799.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,G,L,Q

DVVMTQSPLSLPVTPGEPASISCRSSQSLLHSNGIHYLDWYLQKPGQSPQLLIYLGSKRASGVPDRFSGSGSGTDFTLKISRVEAEDVGVYYCMQSLQTFTFGPGTKVDIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 3 polymer

描述 description	Fab 22S1 heavy chain
分子量 formula_weight	24291.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,H,M,R

QVQLVQSGGGLVKPGGSLRLSCTASGFSFSDSYMSWIRQAPGKGLEWLTYISGSGEIISYADSVKGRFTISRDNAKKSVYLQMDSLRAEDTAVYYCARPSDYFETSEELDWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKTH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 4 polymer

描述 description	Fab 22S1 light chain
分子量 formula_weight	23402.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,I,N,V

EIVMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISTYLNWYQQKPGKAPNLLIYAASSLHSGVPSRFRGSGSGTDFTLTITSLQPDDFATYYCHQSYSAPRTFGQGTKLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 5 polymer

描述 description	Ara h 2 allergen
分子量 formula_weight	16417.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,J,O,T

GSAAAELQGDRRCQSQLERANLRPCEQHLMQKIQRDEDSYERDPYSPSQDPYSPSPYDRRGAGSSQHQERCCNELNEFENNQRCMCEALQQIMENQSDRLQGRQQEQQFKRELRNLPQQCGLRAPQRCDLDVESGGRDRY

来源 Source

来源生物 organism	Arachis hypogaea
通用名 common_name	peanut
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3818
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	23

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	90.906 Å
晶胞边长 b length_b	165.009 Å
晶胞边长 c length_c	164.642 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	105.93 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.950 Å
最低分辨率 resolution_low	49.530 Å
R 因子 r_factor	0.2142
R_work r_work	0.2134
R_free r_free	0.2531

fit	/app/data/saxs_computation/cm/9cmc/9cmc.fit
pddf	/app/data/pr_computation/cm/9cmc/9cmc.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/cm/9cmc/9cmc.dat

Crystal structure of the peanut allergen Ara h 2 with two human derived Fab antibodies 22S1 and 23P34

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)