8sku

Structure of human SIgA1 in complex with human CD89 (FcaR1)

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 182.9 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Immunoglobulin heavy constant alpha 1

Homo sapiens

UniProt P01876

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 8 其他聚合物 4 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–353 链 B; UniProt 1–353 链 C; UniProt 1–353 链 D; UniProt 1–353 未记录 Secretory component × 1 (P01833) Immunoglobulin alpha Fc receptor × 2 (P24071) Immunoglobulin J chain × 1 (P01591) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 14 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IGHA1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–353; UniProt 1–353 作者链 B; PDB构建体 1–353; UniProt 1–353 作者链 C; PDB构建体 1–353; UniProt 1–353 作者链 D; PDB构建体 1–353; UniProt 1–353

Secretory component

Homo sapiens

UniProt P01833

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 8 其他聚合物 4 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 19–565 未记录 Immunoglobulin heavy constant alpha 1 × 4 (P01876) Immunoglobulin alpha Fc receptor × 2 (P24071) Immunoglobulin J chain × 1 (P01591) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 15 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PIGR_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–547; UniProt 19–565

Immunoglobulin alpha Fc receptor

Homo sapiens

UniProt P24071

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 8 其他聚合物 4 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 R; UniProt 22–216 链 S; UniProt 22–216 未记录 Immunoglobulin heavy constant alpha 1 × 4 (P01876) Secretory component × 1 (P01833) Immunoglobulin J chain × 1 (P01591) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FCAR_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 R; PDB构建体 1–195; UniProt 22–216 作者链 S; PDB构建体 1–195; UniProt 22–216

Immunoglobulin J chain

Homo sapiens

UniProt P01591

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 8 其他聚合物 4 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 J; UniProt 23–159 未记录 Immunoglobulin heavy constant alpha 1 × 4 (P01876) Secretory component × 1 (P01833) Immunoglobulin alpha Fc receptor × 2 (P24071) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 23 个其他 PDB 条目、23 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IGJ_HUMAN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 J; PDB构建体 1–137; UniProt 23–159

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8sku

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8sku
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8sku
沉积日期 deposition_date2023-04-20
结构标题 titleStructure of human SIgA1 in complex with human CD89 (FcaR1)
关键词 keywordsSecretory immunoglobulin A, SIgA, IgA, CD89, FcaR1, IgA Fc receptor, protein complex, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier53.06
回转半径 Rg (电子) rg_electron53.22
零角强度 I(0) i0623819000.00
分子量 molecular_weight205540.0 kDa
排除体积 excluded_volume256570 ų
包络体积 envelope_volume416060 ų
水化壳体积 shell_volume69007 ų
包络直径 envelope_diameter179.7
壳层 Rg shell_rg51.11
包络 Rg envelope_rg52.79
形状 Rg shape_rg53.28
总 Rg total_rg52.93
总原子数 total_atoms28053
残基数 n_residues1951
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax182.9
Rg (实空间) rg_real53.18
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.02
I(0) (实空间) i0_real6.2380e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.3220e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal52.93
I(0) (倒空间) i0_reciprocal623600000.0000
解质量估计 total_estimate0.8781
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary54.9
偏度 Skewness skewness0.346
峰度 Kurtosis kurtosis-0.464
角度范围 angular_range— – 0.1500 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha33800000.0000
实空间数据点数 n_real_points31
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.890; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.746

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)