8skv

Structure of human SIgA1 in complex with Streptococcus pyogenes protein M4 (Arp4)

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 165.9 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Immunoglobulin heavy constant alpha 1

Homo sapiens

UniProt P01876

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 8 其他聚合物 4 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–353 链 B; UniProt 1–353 链 C; UniProt 1–353 链 D; UniProt 1–353 未记录 Secretory component × 1 (P01833) Immunoglobulin J chain × 1 (P01591) IgA receptor × 2 (P13050) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 14 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IGHA1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–353; UniProt 1–353 作者链 B; PDB构建体 1–353; UniProt 1–353 作者链 C; PDB构建体 1–353; UniProt 1–353 作者链 D; PDB构建体 1–353; UniProt 1–353

Secretory component

Homo sapiens

UniProt P01833

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 8 其他聚合物 4 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 19–565 未记录 Immunoglobulin heavy constant alpha 1 × 4 (P01876) Immunoglobulin J chain × 1 (P01591) IgA receptor × 2 (P13050) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 15 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PIGR_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–547; UniProt 19–565

Immunoglobulin J chain

Homo sapiens

UniProt P01591

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 8 其他聚合物 4 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 J; UniProt 23–159 未记录 Immunoglobulin heavy constant alpha 1 × 4 (P01876) Secretory component × 1 (P01833) IgA receptor × 2 (P13050) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 23 个其他 PDB 条目、23 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IGJ_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 J; PDB构建体 1–137; UniProt 23–159

IgA receptor

Streptococcus pyogenes serotype M4

UniProt P13050

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 8 其他聚合物 4 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 a; UniProt 42–356 链 b; UniProt 42–356 未记录 Immunoglobulin heavy constant alpha 1 × 4 (P01876) Secretory component × 1 (P01833) Immunoglobulin J chain × 1 (P01591) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ARP4_STRPY
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 a; PDB构建体 1–315; UniProt 42–356 作者链 b; PDB构建体 1–315; UniProt 42–356

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8skv

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8skv
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8skv
沉积日期 deposition_date2023-04-20
结构标题 titleStructure of human SIgA1 in complex with Streptococcus pyogenes protein M4 (Arp4)
关键词 keywords;Secretory immunoglobulin A, SIgA, IgA, group A streptococcus, Streptococcus pyogenes M protein, M4, Arp4, infectious disease, protein complex, IMMUNE SYSTEM ;; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier47.19
回转半径 Rg (电子) rg_electron47.07
零角强度 I(0) i0461233000.00
分子量 molecular_weight173760.0 kDa
排除体积 excluded_volume216340 ų
包络体积 envelope_volume342590 ų
水化壳体积 shell_volume62681 ų
包络直径 envelope_diameter171.6
壳层 Rg shell_rg48.44
包络 Rg envelope_rg47.25
形状 Rg shape_rg47.10
总 Rg total_rg47.05
总原子数 total_atoms23752
残基数 n_residues1632
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax165.9
Rg (实空间) rg_real47.32
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.89
I(0) (实空间) i0_real4.6120e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.1690e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal47.20
I(0) (倒空间) i0_reciprocal461200000.0000
解质量估计 total_estimate0.8740
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary55.3
偏度 Skewness skewness0.375
峰度 Kurtosis kurtosis-0.266
角度范围 angular_range— – 0.1650 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha31240000.0000
实空间数据点数 n_real_points34
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.842; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.842

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)