8sqw

particulate methane monooxygenase crosslinked with 2,2,2-trifluoroethanol bound

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Particulate methane monooxygenase alpha subunit

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	Particulate methane monooxygenase beta subunit × 3 （Q607G3） Ammonia monooxygenase/methane monooxygenase, subunit C family protein × 3 （Q603F1） DECANE × 18 COPPER (II) ION × 9 DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE × 18 1,2-DIDECANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 12 1,2-dihexanoyl-sn-glycero-3-phosphocholine × 6 TRIFLUOROETHANOL × 3 water × 9	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PMOB_METCA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–382； UniProt 33–414 作者链 E； PDB构建体 1–382； UniProt 33–414 作者链 I； PDB构建体 1–382； UniProt 33–414

Particulate methane monooxygenase beta subunit

物种未注明

UniProt Q607G3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	Particulate methane monooxygenase alpha subunit × 3 （G1UBD1） Ammonia monooxygenase/methane monooxygenase, subunit C family protein × 3 （Q603F1） DECANE × 18 COPPER (II) ION × 9 DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE × 18 1,2-DIDECANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 12 1,2-dihexanoyl-sn-glycero-3-phosphocholine × 6 TRIFLUOROETHANOL × 3 water × 9	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PMOA_METCA
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–241； UniProt 7–247 作者链 F； PDB构建体 1–241； UniProt 7–247 作者链 J； PDB构建体 1–241； UniProt 7–247

Ammonia monooxygenase/methane monooxygenase, subunit C family protein

物种未注明

UniProt Q603F1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	Particulate methane monooxygenase alpha subunit × 3 （G1UBD1） Particulate methane monooxygenase beta subunit × 3 （Q607G3） DECANE × 18 COPPER (II) ION × 9 DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE × 18 1,2-DIDECANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 12 1,2-dihexanoyl-sn-glycero-3-phosphocholine × 6 TRIFLUOROETHANOL × 3 water × 9	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q603F1_METCA
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–236； UniProt 16–251 作者链 G； PDB构建体 1–236； UniProt 16–251 作者链 K； PDB构建体 1–236； UniProt 16–251

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8sqw
沉积日期 deposition_date	2023-05-04
结构标题 title	particulate methane monooxygenase crosslinked with 2,2,2-trifluoroethanol bound
关键词 keywords	Metalloenzyme, Inhibitor, Membrane Protein, Nanodiscs, Active Site, Oxidoreductase; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8sqw__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8sqw__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8sqw__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	40.67 Å
Rg（电子密度）	39.34 Å
总 Rg	39.86 Å
原子数	24966
残基数	2577
排除体积	412420 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8sqw__assembly_1__model_1`	nonameric （9）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Particulate methane monooxygenase alpha subunit
分子量 formula_weight	42832.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E,I
原子数 atom_count	25319

HGEKSQAAFMRMRTIHWYDLSWSKEKVKINETVEIKGKFHVFEGWPETVDEPDVAFLNVGMPGPVFIRKESYIGGQLVPRSVRLEIGKTYDFRVVLKARRPGDWHVHTMMNVQGGGPIIGPGKWITVEGSMSEFRNPVTTLTGQTVDLENYNEGNTYFWHAFWFAIGVAWIGYWSRRPIFIPRLLMVDAGRADELVSATDRKVAMGFLAATILIVVMAMSSANSKYPITIPLQAGTMRGMKPLELPAPTVSVKVEDATYRVPGRAMRMKLTITNHGNSPIRLGEFYTASVRFLDSDVYKDTTGYPEDLLAEDGLSVSDNSPLAPGETRTVDVTASDAAWEVYRLSDIIYDPDSRFAGLLFFFDATGNRQVVQIDAPLIPSFM

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Particulate methane monooxygenase beta subunit
分子量 formula_weight	27869.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F,J

AVRSHAEAVQVSRTIDWMALFVVFFVIVGSYHIHAMLTMGDWDFWSDWKDRRLWVTVTPIVLVTFPAAVQSYLWERYRLPWGATVCVLGLLLGEWINRYFNFWGWTYFPINFVFPASLVPGAIILDTVLMLSGSYLFTAIVGAMGWGLIFYPGNWPIIAPLHVPVEYNGMLMSIADIQGYNYVRTGTPEYIRMVEKGTLRTFGKDVAPVSAFFSAFMSILIYFMWHFIGRWFSNERFLQST

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Ammonia monooxygenase/methane monooxygenase, subunit C family protein
分子量 formula_weight	27656.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G,K

LLDKKWLTFALAIYTVFYLWVRWYEGVYGWSAGLDSFAPEFETYWMNFLYTEIVLEIVTASILWGYLWKTRDRNLAALTPREELRRNFTHLVWLVAYAWAIYWGASYFTEQDGTWHQTIVRDTDFTPSHIIEFYLSYPIYIITGFAAFIYAKTRLPFFAKGISLPYLVLVVGPFMILPNVGLNEWGHTFWFMEELFVAPLHYGFVIFGWLALAVMGTLTQTFYSFAQGGLGQSLCE

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	DECANE
分子量 formula_weight	142.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	18

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	COPPER (II) ION
分子量 formula_weight	63.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE
分子量 formula_weight	622.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	18

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	1,2-DIDECANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
分子量 formula_weight	566.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	1,2-dihexanoyl-sn-glycero-3-phosphocholine
分子量 formula_weight	454.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	TRIFLUOROETHANOL
分子量 formula_weight	100.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 10 Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	353

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.16 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	500000

particulate methane monooxygenase crosslinked with 2,2,2-trifluoroethanol bound

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Particulate methane monooxygenase alpha subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Particulate methane monooxygenase beta subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ammonia monooxygenase/methane monooxygenase, subunit C family protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8sqw__assembly_1__model_1

8sqw__assembly_1__model_1 | I(q)

8sqw__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 water

7. 引用文献 (1)

particulate methane monooxygenase crosslinked with 2,2,2-trifluoroethanol bound

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Particulate methane monooxygenase alpha subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Particulate methane monooxygenase beta subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ammonia monooxygenase/methane monooxygenase, subunit C family protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8sqw__assembly_1__model_1

8sqw__assembly_1__model_1 | I(q)

8sqw__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 water

7. 引用文献 (1)