8sr2

particulate methane monooxygenase incubated with 4,4,4-trifluorobutanol

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 123.4 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8sr2
沉积日期 deposition_date	2023-05-05
结构标题 title	particulate methane monooxygenase incubated with 4,4,4-trifluorobutanol
关键词 keywords	metalloenzyme, membrane protein, nanodiscs, oxidoreductase; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	40.80 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	39.45 Å
零角强度 I(0) i0	1176710000.00
分子量 molecular_weight	318600.0 kDa
排除体积 excluded_volume	412190 Å³
包络体积 envelope_volume	467800 Å³
水化壳体积 shell_volume	90686 Å³
包络直径 envelope_diameter	128.2 Å
壳层 Rg shell_rg	50.37 Å
包络 Rg envelope_rg	39.49 Å
形状 Rg shape_rg	39.45 Å
总 Rg total_rg	39.97 Å
总原子数 total_atoms	24960
残基数 n_residues	2577
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	123.4 Å
Rg (实空间) rg_real	40.53 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.58 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1770e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9190e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	40.80 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1177000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8856
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	56.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.053
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.432
角度范围 angular_range	— – 0.1950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	321400000.0000
实空间数据点数 n_real_points	40
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.895; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.960; Smooth: 0.864

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

描述 description	Particulate methane monooxygenase alpha subunit
分子量 formula_weight	46129.7 kDa
EC 编号 ec_number	1.14.18.3
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E,I
原子数 atom_count	25361

MKTIKDRIAKWSAIGLLSAVAATAFYAPSASAHGEKSQAAFMRMRTIHWYDLSWSKEKVKINETVEIKGKFHVFEGWPETVDEPDVAFLNVGMPGPVFIRKESYIGGQLVPRSVRLEIGKTYDFRVVLKARRPGDWHVHTMMNVQGGGPIIGPGKWITVEGSMSEFRNPVTTLTGQTVDLENYNEGNTYFWHAFWFAIGVAWIGYWSRRPIFIPRLLMVDAGRADELVSATDRKVAMGFLAATILIVVMAMSSANSKYPITIPLQAGTMRGMKPLELPAPTVSVKVEDATYRVPGRAMRMKLTITNHGNSPIRLGEFYTASVRFLDSDVYKDTTGYPEDLLAEDGLSVSDNSPLAPGETRTVDVTASDAAWEVYRLSDIIYDPDSRFAGLLFFFDATGNRQVVQIDAPLIPSFM

Entity 2 polymer

描述 description	Particulate methane monooxygenase beta subunit
分子量 formula_weight	28445.1 kDa
EC 编号 ec_number	1.14.18.3
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,J,F

MSAAQSAVRSHAEAVQVSRTIDWMALFVVFFVIVGSYHIHAMLTMGDWDFWSDWKDRRLWVTVTPIVLVTFPAAVQSYLWERYRLPWGATVCVLGLLLGEWINRYFNFWGWTYFPINFVFPASLVPGAIILDTVLMLSGSYLFTAIVGAMGWGLIFYPGNWPIIAPLHVPVEYNGMLMSIADIQGYNYVRTGTPEYIRMVEKGTLRTFGKDVAPVSAFFSAFMSILIYFMWHFIGRWFSNERFLQST

Entity 3 polymer

描述 description	Ammonia monooxygenase/methane monooxygenase, subunit C family protein
分子量 formula_weight	29839.3 kDa
EC 编号 ec_number	1.14.13.25
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G,K

MAATTIGGAAAAEAPLLDKKWLTFALAIYTVFYLWVRWYEGVYGWSAGLDSFAPEFETYWMNFLYTEIVLEIVTASILWGYLWKTRDRNLAALTPREELRRNFTHLVWLVAYAWAIYWGASYFTEQDGTWHQTIVRDTDFTPSHIIEFYLSYPIYIITGFAAFIYAKTRLPFFAKGISLPYLVLVVGPFMILPNVGLNEWGHTFWFMEELFVAPLHYGFVIFGWLALAVMGTLTQTFYSFAQGGLGQSLCEAVDEGLIAK

Entity 4 non-polymer

描述 description	COPPER (II) ION
分子量 formula_weight	63.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

Entity 5 non-polymer

描述 description	DECANE
分子量 formula_weight	142.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	18

Entity 6 non-polymer

描述 description	DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE
分子量 formula_weight	622.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	18

Entity 7 non-polymer

描述 description	1,2-DIDECANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
分子量 formula_weight	566.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

Entity 8 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 9 non-polymer

描述 description	1,2-dihexanoyl-sn-glycero-3-phosphocholine
分子量 formula_weight	454.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	401

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.36 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	615783

fit	/app/data/saxs_computation/sr/8sr2/8sr2.fit
pddf	/app/data/pr_computation/sr/8sr2/8sr2.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/sr/8sr2/8sr2.dat

particulate methane monooxygenase incubated with 4,4,4-trifluorobutanol

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 non-polymer

Entity 10 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)