SAXSdb — 8suo

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8suo
沉积日期 deposition_date	2023-05-12
结构标题 title	BA.2/AZD1061/AZD3152 structure analysis
关键词 keywords	monoclonal antibody, broadly neutralizing, ACE-2 blocking, RBD binding, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	42.01 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	42.13 Å
零角强度 I(0) i0	203512000.00
分子量 molecular_weight	115980.0 kDa
排除体积 excluded_volume	144780 Å³
包络体积 envelope_volume	200780 Å³
水化壳体积 shell_volume	41634 Å³
包络直径 envelope_diameter	144.1 Å
壳层 Rg shell_rg	44.66 Å
包络 Rg envelope_rg	41.84 Å
形状 Rg shape_rg	42.04 Å
总 Rg total_rg	42.53 Å
总原子数 total_atoms	8175
残基数 n_residues	1075
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	144.0 Å
Rg (实空间) rg_real	42.28 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.47 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0350e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.0160e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	42.01 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	203500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5617
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	37.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.407
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.626
角度范围 angular_range	— – 0.1900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	14780000.0000
实空间数据点数 n_real_points	39
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.780; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.046; Positv: 1.000; Valcen: 0.820; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	AZD1061 heavy chain
分子量 formula_weight	24834.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I
原子数 atom_count	8175

EVQLVESGGGLVKPGGSLRLSCAASGFTFRDVWMSWVRQAPGKGLEWVGRIKSKIDGGTTDYAAPVKGRFTISRDDSKNTLYLQMNSLKTEDTAVYYCTTAGSYYYDTVGPGLPEGKFDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 2 polymer

描述 description	AZD1061 light chain
分子量 formula_weight	24077.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

DIVMTQSPDSLAVSLGERATINCKSSQSVLYSSNNKNYLAWYQQKPGQPPKLLMYWASTRESGVPDRFSGSGSGAEFTLTISSLQAEDVAIYYCQQYYSTLTFGGGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 3 polymer

描述 description	AZD3152 heavy chain
分子量 formula_weight	24117.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

EVQLVESGGGLVQPGRSLRLSCAASGFPFDDYAIHWVRLAPGKGLEWVSSISWDSGSIGYADSVKGRFTISRDNAKNSLYLQMNSLRAEDTALYYCAKGAFPGYSSGWYYGLEVWGQGTTVTVSSASTKGPSVFPLAPSSXXXXXGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 4 polymer

描述 description	AZD3152 light chain
分子量 formula_weight	22572.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

QSVVTQPPSASGSLGQSVTISCTGTSSDVGGYNYVSWYQQHPGKAPKLMIFEVSKRPSGVPDRFSGSKSGNTASLTVSGLQAEDEADYYCSSYAGNKGVFGGGTKLTVLGQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADSSPVKAGVETTTPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTECS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 5 polymer

描述 description	Spike protein S1
分子量 formula_weight	22039.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

TNLCPFDEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNFAPFFAFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGNEVSQIAPGQTGNIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNKLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGNKPCNGVAGFNCYFPLRSYGFRPTYGVGHQPYRVVVLSFELLHAPATVCGP

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	67.690 Å
晶胞边长 b length_b	138.000 Å
晶胞边长 c length_c	188.720 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.300 Å
最低分辨率 resolution_low	30.002 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2789
R_free r_free	0.3320

fit	/app/data/saxs_computation/su/8suo/8suo.fit
pddf	/app/data/pr_computation/su/8suo/8suo.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/su/8suo/8suo.dat

BA.2/AZD1061/AZD3152 structure analysis

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)