8tfl

Ricin in complex with Fab SylH3

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 138.9 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ricin A chain

物种未注明

UniProt P02879

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 4 其他聚合物 2 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 40–299 链 B; UniProt 316–576 未记录 SylH3 Fab light chain × 1 SylH3 Fab heavy chain × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose × 2 2PE NONAETHYLENE GLYCOL × 1 NDG 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;295 K;1.5 M ammonium fluoride and 20% PEG 3,350 分辨率 2.89 Å R-free 0.287

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 100 个其他 PDB 条目、126 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RICI_RICCO
Isoform
PDB实体 3, 4
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–260; UniProt 40–299 作者链 B; PDB构建体 1–261; UniProt 316–576

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8tfl

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8tfl
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8tfl
沉积日期 deposition_date2023-07-11
结构标题 titleRicin in complex with Fab SylH3
关键词 keywordsRicin toxin, monoclonal antibody, TOXIN; TOXIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier39.51
回转半径 Rg (电子) rg_electron39.84
零角强度 I(0) i0171092000.00
分子量 molecular_weight104800.0 kDa
排除体积 excluded_volume130450 ų
包络体积 envelope_volume173240 ų
水化壳体积 shell_volume38137 ų
包络直径 envelope_diameter139.0
壳层 Rg shell_rg42.48
包络 Rg envelope_rg39.84
形状 Rg shape_rg39.83
总 Rg total_rg40.05
总原子数 total_atoms7382
残基数 n_residues938
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax138.9
Rg (实空间) rg_real40.07
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.46
I(0) (实空间) i0_real1.7110e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.9380e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal39.73
I(0) (倒空间) i0_reciprocal171000000.0000
解质量估计 total_estimate0.7316
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary31.2
偏度 Skewness skewness0.522
峰度 Kurtosis kurtosis-0.502
角度范围 angular_range— – 0.2000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha19870000.0000
实空间数据点数 n_real_points41
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.653; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.547; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)