8thn

KcsA M96V mutant with Y78ester in High K+

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 79.3 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

pH-gated potassium channel KcsA

Streptomyces lividans

UniProt P0A334

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 22–124 突变:M96V, Y78ester 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) KcsA Fab Heavy Chain × 1 KcsA Fab Light Chain × 1 K POTASSIUM ION × 4 TBA TETRABUTYLAMMONIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.25;291 K;27% PEG 400 (v/v), 50 mM magnesium acetate, 50 mM MES pH 6.25 分辨率 2.90 Å R-free 0.276

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 86 个其他 PDB 条目、96 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KCSA_STRLI
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–103; UniProt 22–124

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8thn

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8thn
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8thn
沉积日期 deposition_date2023-07-17
最后修订 last_revision2024-01-17
结构标题 titleKcsA M96V mutant with Y78ester in High K+
关键词 keywordsIon transport, Potassium ion channel, ester, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier30.03
回转半径 Rg (电子) rg_electron30.63
零角强度 I(0) i051801100.00
分子量 molecular_weight57314.0 kDa
排除体积 excluded_volume72001 ų
包络体积 envelope_volume93369 ų
水化壳体积 shell_volume28117 ų
包络直径 envelope_diameter129.6
壳层 Rg shell_rg33.78
包络 Rg envelope_rg32.29
形状 Rg shape_rg30.59
总 Rg total_rg31.04
总原子数 total_atoms4039
残基数 n_residues533
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax79.3
Rg (实空间) rg_real27.21
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.18
I(0) (实空间) i0_real4.8960e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.9110e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal30.40
I(0) (倒空间) i0_reciprocal51790000.0000
解质量估计 total_estimate0.6850
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary29.9
偏度 Skewness skewness0.370
峰度 Kurtosis kurtosis-0.455
角度范围 angular_range— – 0.2650 −1
当前正则化参数 α current_alpha1.4200
最高正则化参数 α highest_alpha5020000.0000
实空间数据点数 n_real_points54
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.001; Oscil: 0.985; Stabil: 0.987; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.988; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)