8tmy

Crystal structure of SARS-CoV-2 spike stem helix peptide in complex with neutralizing antibody CHM-16

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 138.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8tmy
沉积日期 deposition_date	2023-07-31
结构标题 title	Crystal structure of SARS-CoV-2 spike stem helix peptide in complex with neutralizing antibody CHM-16
关键词 keywords	Antibody, SARS-CoV-2, Coronavirus, IMMUNE SYSTEM, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	41.27 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	41.04 Å
零角强度 I(0) i0	320723000.00
分子量 molecular_weight	143610.0 kDa
排除体积 excluded_volume	178740 Å³
包络体积 envelope_volume	249660 Å³
水化壳体积 shell_volume	52568 Å³
包络直径 envelope_diameter	144.9 Å
壳层 Rg shell_rg	44.34 Å
包络 Rg envelope_rg	40.43 Å
形状 Rg shape_rg	41.03 Å
总 Rg total_rg	41.24 Å
总原子数 total_atoms	10119
残基数 n_residues	1308
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	138.3 Å
Rg (实空间) rg_real	41.36 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.13 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.2070e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.7580e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	41.27 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	320700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8826
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	47.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.381
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.348
角度范围 angular_range	— – 0.1900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	30150000.0000
实空间数据点数 n_real_points	39
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.894; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.797

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	;Stem helix peptide of Spike protein S2' ;
分子量 formula_weight	2981.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,N,S
原子数 atom_count	10123

PLQPELDSFKEELDKYFKNHTSPDV

Entity 2 polymer

描述 description	Neutralizing antibody CHM-16 Heavy Chain
分子量 formula_weight	23568.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,A,C

EEQLVESGGGLVQPGGSLRLSCTASGFTLSTYFMFWVRQPPGKGLEWVSGINLGGDKTWSTDSVKGRFTTSKENAKNTLYLQMDSLRPEDTAVYYCARLRSQRGFDHWGQGALVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSC

来源 Source

来源生物 organism	Macaca mulatta
通用名 common_name	Rhesus monkey
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9544
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	Neutralizing antibody CHM-16 Light Chain
分子量 formula_weight	23322.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,B,D

DIQMTQSPSSLSASVGDRVTFTCRASQGVNNWLAWYQQKPGKAPKLLIYRASNLETGVPSRFSGSGSGTEFTLTISSLQPEDIATYYCQQHDNFPYTFGQGTKVVIRRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTQGTTSVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Macaca mulatta
通用名 common_name	Rhesus monkey
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9544
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 non-polymer

描述 description	CITRATE ANION
分子量 formula_weight	189.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	73.456 Å
晶胞边长 b length_b	73.677 Å
晶胞边长 c length_c	330.624 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 2 21 21
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.070 Å
最低分辨率 resolution_low	33.060 Å
R 因子 r_factor	0.2460
R_work r_work	0.2432
R_free r_free	0.2863

fit	/app/data/saxs_computation/tm/8tmy/8tmy.fit
pddf	/app/data/pr_computation/tm/8tmy/8tmy.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/tm/8tmy/8tmy.dat

Crystal structure of SARS-CoV-2 spike stem helix peptide in complex with neutralizing antibody CHM-16

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)