8ton

Crystal Structure of Engineered Mouse Protocadherin-15 EC3-EC7 Connection

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 97.0 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protocadherin-15 EC3-EC7

Mus musculus

UniProt Q99PJ1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 262–396 链 A; UniProt 719–820 未记录 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;277 K;15% w/v PEG 20000, 0.1 M Tris HCl pH 8.5, 0.6 uM Spermine Tetrahydrochloride 分辨率 1.94 Å R-free 0.223

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 18 个其他 PDB 条目、25 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PCD15_MOUSE
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 4–138; UniProt 262–396 作者链 A; PDB构建体 139–240; UniProt 719–820

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8ton

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8ton
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8ton
沉积日期 deposition_date2023-08-03
结构标题 titleCrystal Structure of Engineered Mouse Protocadherin-15 EC3-EC7 Connection
关键词 keywordsHEARING, MECHANOTRANSDUCTION, CALCIUM-BINDING PROTEIN, CELL ADHESION; CELL ADHESION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier27.97
回转半径 Rg (电子) rg_electron27.94
零角强度 I(0) i010523100.00
分子量 molecular_weight25211.0 kDa
排除体积 excluded_volume31674 ų
包络体积 envelope_volume41542 ų
水化壳体积 shell_volume14043 ų
包络直径 envelope_diameter100.2
壳层 Rg shell_rg31.24
包络 Rg envelope_rg27.75
形状 Rg shape_rg27.94
总 Rg total_rg28.34
总原子数 total_atoms1779
残基数 n_residues224
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax97.0
Rg (实空间) rg_real28.49
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.11
I(0) (实空间) i0_real1.0520e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.6530e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal28.34
I(0) (倒空间) i0_reciprocal10520000.0000
解质量估计 total_estimate0.7280
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary18.7
偏度 Skewness skewness0.490
峰度 Kurtosis kurtosis-0.652
角度范围 angular_range— – 0.2850 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha884200.0000
实空间数据点数 n_real_points58
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.449; Stabil: 0.997; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.155; Smooth: 0.967

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)