8tro

Rod from high-resolution phycobilisome quenched by OCP (local refinement)

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

C-phycocyanin alpha subunit

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 40	C-phycocyanin beta subunit × 18 （Q54714） Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG × 1 （P73093） Phycobilisome 32.1 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod 1 × 1 （P73203） Phycobilisome 32.1 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod 2 × 1 （P73204） Phycobilisome 8.9 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod × 1 （P73202） PHYCOCYANOBILIN × 54 water × 40	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PHCA_SYNY3
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 0； PDB构建体 1–162； UniProt 1–162 作者链 2； PDB构建体 1–162； UniProt 1–162 作者链 4； PDB构建体 1–162； UniProt 1–162 作者链 6； PDB构建体 1–162； UniProt 1–162 作者链 8； PDB构建体 1–162； UniProt 1–162 作者链 A； PDB构建体 1–162； UniProt 1–162 作者链 C； PDB构建体 1–162； UniProt 1–162 作者链 E； PDB构建体 1–162； UniProt 1–162 作者链 G； PDB构建体 1–162； UniProt 1–162 作者链 I； PDB构建体 1–162； UniProt 1–162 作者链 K； PDB构建体 1–162； UniProt 1–162 作者链 M； PDB构建体 1–162； UniProt 1–162 作者链 O； PDB构建体 1–162； UniProt 1–162 作者链 Q； PDB构建体 1–162； UniProt 1–162 作者链 S； PDB构建体 1–162； UniProt 1–162 作者链 U； PDB构建体 1–162； UniProt 1–162 作者链 W； PDB构建体 1–162； UniProt 1–162 作者链 Y； PDB构建体 1–162； UniProt 1–162

C-phycocyanin beta subunit

物种未注明

UniProt Q54714

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 40	C-phycocyanin alpha subunit × 18 （Q54715） Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG × 1 （P73093） Phycobilisome 32.1 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod 1 × 1 （P73203） Phycobilisome 32.1 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod 2 × 1 （P73204） Phycobilisome 8.9 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod × 1 （P73202） PHYCOCYANOBILIN × 54 water × 40	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PHCB_SYNY3
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 1； PDB构建体 1–172； UniProt 1–172 作者链 3； PDB构建体 1–172； UniProt 1–172 作者链 5； PDB构建体 1–172； UniProt 1–172 作者链 7； PDB构建体 1–172； UniProt 1–172 作者链 9； PDB构建体 1–172； UniProt 1–172 作者链 B； PDB构建体 1–172； UniProt 1–172 作者链 D； PDB构建体 1–172； UniProt 1–172 作者链 F； PDB构建体 1–172； UniProt 1–172 作者链 H； PDB构建体 1–172； UniProt 1–172 作者链 J； PDB构建体 1–172； UniProt 1–172 作者链 L； PDB构建体 1–172； UniProt 1–172 作者链 N； PDB构建体 1–172； UniProt 1–172 作者链 P； PDB构建体 1–172； UniProt 1–172 作者链 R； PDB构建体 1–172； UniProt 1–172 作者链 T； PDB构建体 1–172； UniProt 1–172 作者链 V； PDB构建体 1–172； UniProt 1–172 作者链 X； PDB构建体 1–172； UniProt 1–172 作者链 Z； PDB构建体 1–172； UniProt 1–172

Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG

物种未注明

UniProt P73093

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 40	C-phycocyanin alpha subunit × 18 （Q54715） C-phycocyanin beta subunit × 18 （Q54714） Phycobilisome 32.1 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod 1 × 1 （P73203） Phycobilisome 32.1 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod 2 × 1 （P73204） Phycobilisome 8.9 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod × 1 （P73202） PHYCOCYANOBILIN × 54 water × 40	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PYG_SYNY3
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 a； PDB构建体 1–249； UniProt 1–249

Phycobilisome 32.1 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod 1

物种未注明

UniProt P73203

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 40	C-phycocyanin alpha subunit × 18 （Q54715） C-phycocyanin beta subunit × 18 （Q54714） Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG × 1 （P73093） Phycobilisome 32.1 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod 2 × 1 （P73204） Phycobilisome 8.9 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod × 1 （P73202） PHYCOCYANOBILIN × 54 water × 40	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PYR1_SYNY3
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 b； PDB构建体 1–291； UniProt 1–291

Phycobilisome 32.1 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod 2

物种未注明

UniProt P73204

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 40	C-phycocyanin alpha subunit × 18 （Q54715） C-phycocyanin beta subunit × 18 （Q54714） Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG × 1 （P73093） Phycobilisome 32.1 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod 1 × 1 （P73203） Phycobilisome 8.9 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod × 1 （P73202） PHYCOCYANOBILIN × 54 water × 40	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PYR2_SYNY3
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 c； PDB构建体 1–273； UniProt 1–273

Phycobilisome 8.9 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod

物种未注明

UniProt P73202

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 40	C-phycocyanin alpha subunit × 18 （Q54715） C-phycocyanin beta subunit × 18 （Q54714） Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG × 1 （P73093） Phycobilisome 32.1 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod 1 × 1 （P73203） Phycobilisome 32.1 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod 2 × 1 （P73204） PHYCOCYANOBILIN × 54 water × 40	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PYS1_SYNY3
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 d； PDB构建体 1–83； UniProt 1–83

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8tro
沉积日期 deposition_date	2023-08-09
最后修订 last_revision	2024-04-17
结构标题 title	Rod from high-resolution phycobilisome quenched by OCP (local refinement)
关键词 keywords	Complex, light harvesting, pigment, PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8tro__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8tro__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8tro__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	60.40 Å
Rg（电子密度）	60.17 Å
总 Rg	60.25 Å
原子数	107046
残基数	6817
排除体积	957280 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8tro__assembly_1__model_1`	40-meric （40）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	C-phycocyanin alpha subunit
分子量 formula_weight	17602.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	18

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	0,2,4,6,8,A,C,E,G,I,K,M,O,Q,S,U,W,Y
原子数 atom_count	110442

MKTPLTEAVSTADSQGRFLSSTELQIAFGRLRQANAGLQAAKALTDNAQSLVNGAAQAVYNKFPYTTQTQGNNFAADQRGKDKCARDIGYYLRIVTYCLVAGGTGPLDEYLIAGIDEINRTFDLSPSWYVEALKYIKANHGLSGDARDEANSYLDYAINALS

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	C-phycocyanin beta subunit
分子量 formula_weight	18156.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	18

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1,3,5,7,9,B,D,F,H,J,L,N,P,R,T,V,X,Z

MFDVFTRVVSQADARGEYLSGSQLDALSATVAEGNKRIDSVNRITGNASAIVSNAARALFAEQPQLIQPGGNAYTSRRMAACLRDMEIILRYVTYATFTGDASVLEDRCLNGLRETYVALGVPGASVAAGVQKMKEAALDIVNDPNGITRGDCSAIVAEIAGYFDRAAAAVA

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG
分子量 formula_weight	28938.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	a

MALPLLNYAPKSQNVRVEGYEIGSEEKPVVFTTENILSSSDMDNLIEAAYRQIFFHAFKWDREKVLESQLRNGQITVRDFVRGLLLSNTFRNSFYEKNSNYRFVEHCVQKILGRDVYSEREKIAWSIVVATKGYQGLIDDLLNSDEYLNNFGYDTVPYQRRRNLPGREAGELPFNIKSPRYDAYHRRQLGFPQIVWQNEVRRFIPQEKKLTAGNPMNFLGMARSINPAANTIPKVSAQNINIEASVPRR

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Phycobilisome 32.1 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod 1
分子量 formula_weight	32558.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	b

MAITTAASRLGVAPYNESRPVELRPDFSLDDAKMVIRAVYRQVLGNDYIMDSERLKGAESLLTNGSISVREFVRTVAKSELYKKKFLYNNFQTRVIELNYKHLLGRAPFSEDEVIFHLDLYENQGFDADIDSYIDSVEYQENFGENIVPYYRFNNQVGDRTVGFTRMFRLYRGYANSDRSQLERSSSRLATELGQNTVSAIVGPSGSNAGWAYRPSRAGNTPAKALGGTVPFGQASKLFRVEITAISAPGYPKVRRSNKAVIVPFEQLNQTLQQINRLGGKVASITPASLS

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Phycobilisome 32.1 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod 2
分子量 formula_weight	30836.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	c

MTSLVSAQRLGIVAVDEAIPLELRSRSTEEEVDAVILAVYRQVLGNDHLMSQERLTSAESLLRGREISVRDFVRAVALSEVYRQKFFHSNPQNRFIELNYKHLLGRAPYDQSEIAFHTDLYHQGGYEAEINSYIDSVEYTENFGDWVVPYFRGFATQRNQKTVGFSRSFQVYRGYATSDRSQGNGSRSRLTRELARNTASPVYAGSTAESLRGTSAGSRNQMYRLQVIQGAAPGRGTRVRRGKAEYLVSYDNLSAKLQQINRQGDTVTMISLA

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Phycobilisome 8.9 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod
分子量 formula_weight	9333.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	d

MLGQSSLVGYSNTQAANRVFVYEVSGLRQTDANENSAHDIRRSGSVFIKVPYARMNDEMRRISRLGGTIVNIRPYQADSNEQN

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	PHYCOCYANOBILIN
分子量 formula_weight	588.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	54

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3396

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	1.90 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	435854

Rod from high-resolution phycobilisome quenched by OCP (local refinement)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

C-phycocyanin alpha subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

C-phycocyanin beta subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Phycobilisome 32.1 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Phycobilisome 32.1 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Phycobilisome 8.9 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8tro__assembly_1__model_1

8tro__assembly_1__model_1 | I(q)

8tro__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

7. 引用文献 (1)