8tw9

Cryo-EM structure of S. cerevisiae PolE-Ctf18-8-1-DNA

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chromosome transmission fidelity protein 18

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	Primer DNA × 1 Template DNA × 1 DNA polymerase epsilon catalytic subunit A × 1 （P21951） Chromosome transmission fidelity protein 8 × 1 （P38877） Sister chromatid cohesion protein DCC1 × 1 （P25559） IRON/SULFUR CLUSTER × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CTF18_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–26； UniProt 715–740

DNA polymerase epsilon catalytic subunit A

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P21951

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	Chromosome transmission fidelity protein 18 × 1 （P49956） Primer DNA × 1 Template DNA × 1 Chromosome transmission fidelity protein 8 × 1 （P38877） Sister chromatid cohesion protein DCC1 × 1 （P25559） IRON/SULFUR CLUSTER × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DPOE_YEAST
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–2222； UniProt 1–2222

Chromosome transmission fidelity protein 8

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P38877

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	Chromosome transmission fidelity protein 18 × 1 （P49956） Primer DNA × 1 Template DNA × 1 DNA polymerase epsilon catalytic subunit A × 1 （P21951） Sister chromatid cohesion protein DCC1 × 1 （P25559） IRON/SULFUR CLUSTER × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CTF8_YEAST
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–132； UniProt 2–133

Sister chromatid cohesion protein DCC1

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P25559

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	Chromosome transmission fidelity protein 18 × 1 （P49956） Primer DNA × 1 Template DNA × 1 DNA polymerase epsilon catalytic subunit A × 1 （P21951） Chromosome transmission fidelity protein 8 × 1 （P38877） IRON/SULFUR CLUSTER × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DCC1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–380； UniProt 1–380

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8tw9
沉积日期 deposition_date	2023-08-20
结构标题 title	Cryo-EM structure of S. cerevisiae PolE-Ctf18-8-1-DNA
关键词 keywords	Pol2, Ctf18-8-1, DNA, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8tw9__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8tw9__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8tw9__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	41.02 Å
Rg（电子密度）	40.63 Å
总 Rg	41.03 Å
原子数	13586
残基数	1680
排除体积	240410 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8tw9__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Chromosome transmission fidelity protein 18
分子量 formula_weight	3171.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C
原子数 atom_count	13586

TVKIWVKYNEGFSNAVRKNVTWNNLW

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;brewer's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Primer DNA
分子量 formula_weight	2737.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	P

TGTTGCTGC

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Template DNA
分子量 formula_weight	4568.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	T

TTTTTAGCAGCAACA

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	DNA polymerase epsilon catalytic subunit A
分子量 formula_weight	255992.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.7,3.1.11.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MMFGKKKNNGGSSTARYSAGNKYNTLSNNYALSAQQLLNASKIDDIDSMMGFERYVPPQYNGRFDAKDIDQIPGRVGWLTNMHATLVSQETLSSGSNGGGNSNDGERVTTNQGISGVDFYFLDEEGGSFKSTVVYDPYFFIACNDESRVNDVEELVKKYLESCLKSLQIIRKEDLTMDNHLLGLQKTLIKLSFVNSNQLFEARKLLRPILQDNANNNVQRNIYNVAANGSEKVDAKHLIEDIREYDVPYHVRVSIDKDIRVGKWYKVTQQGFIEDTRKIAFADPVVMAFDIETTKPPLKFPDSAVDQIMMISYMIDGEGFLITNREIISEDIEDFEYTPKPEYPGFFTIFNENDEVALLQRFFEHIRDVRPTVISTFNGDFFDWPFIHNRSKIHGLDMFDEIGFAPDAEGEYKSSYCSHMDCFRWVKRDSYLPQGSQGLKAVTQSKLGYNPIELDPELMTPYAFEKPQHLSEYSVSDAVATYYLYMKYVHPFIFSLCTIIPLNPDETLRKGTGTLCEMLLMVQAYQHNILLPNKHTDPIERFYDGHLLESETYVGGHVESLEAGVFRSDLKNEFKIDPSAIDELLQELPEALKFSVEVENKSSVDKVTNFEEIKNQITQKLLELKENNIRNELPLIYHVDVASMYPNIMTTNRLQPDSIKAERDCASCDFNRPGKTCARKLKWAWRGEFFPSKMDEYNMIKRALQNETFPNKNKFSKKKVLTFDELSYADQVIHIKKRLTEYSRKVYHRVKVSEIVEREAIVCQRENPFYVDTVKSFRDRRYEFKGLAKTWKGNLSKIDPSDKHARDEAKKMIVLYDSLQLAHKVILNSFYGYVMRKGSRWYSMEMAGITCLTGATIIQMARALVERVGRPLELDTDGIWCILPKSFPETYFFTLENGKKLYLSYPCSMLNYRVHQKFTNHQYQELKDPLNYIYETHSENTIFFEVDGPYKAMILPSSKEEGKGIKKRYAVFNEDGSLAELKGFELKRRGELQLIKNFQSDIFKVFLEGDTLEGCYSAVASVCNRWLDVLDSHGLMLEDEDLVSLICENRSMSKTLKEYEGQKSTSITTARRLGDFLGEDMVKDKGLQCKYIISSKPFNAPVTERAIPVAIFSADIPIKRSFLRRWTLDPSLEDLDIRTIIDWGYYRERLGSAIQKIITIPAALQGVSNPVPRVEHPDWLKRKIATKEDKFKQTSLTKFFSKTKNVPTMGKIKDIEDLFEPTVEEDNAKIKIARTTKKKAVSKRKRNQLTNEEDPLVLPSEIPSMDEDYVGWLNYQKIKWKIQARDRKRRDQLFGNTNSSRERSALGSMIRKQAESYANSTWEVLQYKDSGEPGVLEVFVTINGKVQNITFHIPKTIYMKFKSQTMPLQKIKNCLIEKSSASLPNNPKTSNPAGGQLFKITLPESVFLEEKENCTSIFNDENVLGVFEGTITPHQRAIMDLGASVTFRSKAMGALGKGIQQGFEMKDLSMAENERYLSGFSMDIGYLLHFPTSIGYEFFSLFKSWGDTITILVLKPSNQAQEINASSLGQIYKQMFEKKKGKIETYSYLVDIKEDINFEFVYFTDISKLYRRLSQETTKLKEERGLQFLLLLQSPFITKLLGTIRLLNQMPIVKLSLNEVLLPQLNWQPTLLKKLVNHVLSSGSWISHLIKLSQYSNIPICNLRLDSMDYIIDVLYARKLKKENIVLWWNEKAPLPDHGGIQNDFDLNTSWIMNDSEFPKINNSGVYDNVVLDVGVDNLTVNTILTSALINDAEGSDLVNNNMGIDDKDAVINSPSEFVHDAFSNDALNVLRGMLKEWWDEALKENSTADLLVNSLASWVQNPNAKLFDGLLRYHVHNLTKKALLQLVNEFSALGSTIVYADRNQILIKTNKYSPENCYAYSQYMMKAVRTNPMFSYLDLNIKRYWDLLIWMDKFNFSGLACIEIEEKENQDYTAVSQWQLKKFLSPIYQPEFEDWMMIILDSMLKTKQSYLKLNSGTQRPTQIVNVKKQDKEDSVENSLNGFSHLFSKPLMKRVKKLFKNQQEFILDPQYEADYVIPVLPGSHLNVKNPLLELVKSLCHVMLLSKSTILEIRTLRKELLKIFELREFAKVAEFKDPSLSLVVPDFLCEYCFFISDIDFCKAAPESIFSCVRCHKAFNQVLLQEHLIQKLRSDIESYLIQDLRCSRCHKVKRDYMSAHCPCAGAWEGTLPRESIVQKLNVFKQVAKYYGFDILLSCIADLTI

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;brewer's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Chromosome transmission fidelity protein 8
分子量 formula_weight	15058.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

PSVDIDASQWQKLTQSREKQTTVITPLGMMMLEIQGELELPKDFASLARRDSPNEGRFSEQDGETLIRFGSLQIDGERATLFVGKKQRLLGKVTKLDVPMGIMHFNSKDNKVELVDVMKYKVIFKDRPLPIM

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;brewer's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Sister chromatid cohesion protein DCC1
分子量 formula_weight	44133.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MSINLHSAPEYDPSYKLIQLTPELLDIIQDPVQNHQLRFKSLDKDKSEVVLCSHDKTWVLKQRKHSNTVLLMREFVPEQPITFDETLLFGLSKPYMDVVGFAKTESEFETRETHGELNLNSVPIYNGELDFSDKIMKRSSTKVIGTLEELLENSPCSALEGISKWHKIGGSVKDGVLCILSQDFLFKALHVLLMSAMAESLDLQHLNVEDTHHAVGKDIEDEFNPYTREIIETVLNKFAVQEQEAENNTWRLRIPFIAQWYGIQALRKYVSGISMPIDEFLIKWKSLFPPFFPCDIDIDMLRGYHFKPTDKTVQYIAKSTLPMDPKERFKVLFRLQSQWDLEDIKPLIEELNSRGMKIDSFIMKYARRKRLGKKTVVTSR

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;brewer's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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分辨率 resolution	3.60 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	385806

Cryo-EM structure of S. cerevisiae PolE-Ctf18-8-1-DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chromosome transmission fidelity protein 18

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA polymerase epsilon catalytic subunit A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Chromosome transmission fidelity protein 8

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Sister chromatid cohesion protein DCC1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8tw9__assembly_1__model_1

8tw9__assembly_1__model_1 | I(q)

8tw9__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Cryo-EM structure of S. cerevisiae PolE-Ctf18-8-1-DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chromosome transmission fidelity protein 18

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA polymerase epsilon catalytic subunit A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Chromosome transmission fidelity protein 8

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Sister chromatid cohesion protein DCC1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8tw9__assembly_1__model_1

8tw9__assembly_1__model_1 | I(q)

8tw9__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)