8u1l

Cryo-EM structure of the RAF1-HSP90-CDC37 complex in the closed state

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 128.3 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Heat shock protein 83

物种未注明

UniProt A0A7E5VSK5

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–722 链 B; UniProt 1–722 突变:0 RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase × 1 (P04049) Hsp90 co-chaperone Cdc37, N-terminally processed × 1 (Q16543) ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.3 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;Grids were blotted for 4.5 seconds before plunging 分辨率 3.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A7E5VSK5_TRINI
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–722; UniProt 1–722 作者链 B; PDB构建体 1–722; UniProt 1–722

RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase

Homo sapiens

UniProt P04049

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 2–648 未记录 Heat shock protein 83 × 2 (A0A7E5VSK5) Hsp90 co-chaperone Cdc37, N-terminally processed × 1 (Q16543) ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.3 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;Grids were blotted for 4.5 seconds before plunging 分辨率 3.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 74 个其他 PDB 条目、83 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RAF1_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 3–649; UniProt 2–648

Hsp90 co-chaperone Cdc37, N-terminally processed

Homo sapiens

UniProt Q16543

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–378 突变:0 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Heat shock protein 83 × 2 (A0A7E5VSK5) RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase × 1 (P04049) ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.3 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;Grids were blotted for 4.5 seconds before plunging 分辨率 3.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 17 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CDC37_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–378; UniProt 1–378

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8u1l

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8u1l
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8u1l
沉积日期 deposition_date2023-09-01
结构标题 titleCryo-EM structure of the RAF1-HSP90-CDC37 complex in the closed state
关键词 keywordsCRAF, RAF1, HSP90, CDC37, SIGNALING PROTEIN-CHAPERONE complex; SIGNALING PROTEIN/CHAPERONE
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier39.48
回转半径 Rg (电子) rg_electron38.90
零角强度 I(0) i0482863000.00
分子量 molecular_weight179330.0 kDa
排除体积 excluded_volume224710 ų
包络体积 envelope_volume301730 ų
水化壳体积 shell_volume64034 ų
包络直径 envelope_diameter132.0
壳层 Rg shell_rg45.08
包络 Rg envelope_rg38.61
形状 Rg shape_rg38.87
总 Rg total_rg39.35
总原子数 total_atoms12595
残基数 n_residues1542
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax128.3
Rg (实空间) rg_real39.40
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.09
I(0) (实空间) i0_real4.8290e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.5770e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal39.45
I(0) (倒空间) i0_reciprocal482900000.0000
解质量估计 total_estimate0.8887
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary48.1
偏度 Skewness skewness0.296
峰度 Kurtosis kurtosis-0.376
角度范围 angular_range— – 0.2000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha76570000.0000
实空间数据点数 n_real_points41
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.890; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.880

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)