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8u4s

Structure of trimeric CXCR4 in complex with REGN7663 Fab

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 119.1 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

C-X-C chemokine receptor type 4

Homo sapiens

UniProt P61073

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 2–352 链 G； UniProt 2–352 链 R； UniProt 2–352 未记录 REGN7663 Fab light chain × 3 REGN7663 Fab heavy chain × 3 CLR CHOLESTEROL × 6 D21 (2R)-1-(hexadecanoyloxy)-3-(phosphonooxy)propan-2-yl (9Z)-octadec-9-enoate × 3 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.35 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8U4S Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
22XC Structure of CXCR4 in complex with a de-novo designed mini-protein antagonist 提交 2026-01-26 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 2–352（351 aa）
链 G 2–352（351 aa）
链 R 2–352（351 aa）
未记录 CLR CHOLESTEROL × 3 D21 (2R)-1-(hexadecanoyloxy)-3-(phosphonooxy)propan-2-yl (9Z)-octadec-9-enoate × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.28 Å
2K03 Structure of SDF1 in complex with the CXCR4 N-terminus containing a sulfotyrosine at postition 21 提交 2008-01-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–38（38 aa） 片段：N-terminus, residues 1-38
链 D 1–38（38 aa） 片段：N-terminus, residues 1-38
突变：C28A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：C28A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；308 K；离子强度（mmCIF原始值）21；压力 AMBIENT
NMR样品组成 .338 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CXCL12/SDF1-alpha, .970 mM CXCR4, 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1.07 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CXCR4, 0.67 mM CXCL12/SDF1-alpha, 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2K04 Structure of SDF1 in complex with the CXCR4 N-terminus containing no sulfotyrosines 提交 2008-01-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–38（38 aa） 片段：N-terminus, residues 1-38
链 D 1–38（38 aa） 片段：N-terminus, residues 1-38
突变：C28A 突变：C28A 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；308 K；离子强度（mmCIF原始值）21；压力 AMBIENT
NMR样品组成 .31 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CXCL12/SDF1-alpha, .775 mM CXCR4, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CXCR4, 0.625 mM CXCL12/SDF1-alpha, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2K05 Structure of SDF1 in complex with the CXCR4 N-terminus containing sulfotyrosines at postitions 7, 12 and 21 提交 2008-01-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–38（38 aa） 片段：N-terminus, residues 1-38
链 D 1–38（38 aa） 片段：N-terminus, residues 1-38
突变：C28A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：C28A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；308 K；离子强度（mmCIF原始值）21；压力 AMBIENT
NMR样品组成 .338 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CXCL12/SDF1-alpha, .97 mM CXCR4, 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1.07 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CXCR4, 0.67 mM CXCL12/SDF1-alpha, 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2N55 Structure of constitutively monomeric CXCL12 in complex with the CXCR4 N-terminus 提交 2015-07-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–38（38 aa）
突变：C28A 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.02；压力 ambient
NMR样品组成 2 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein_1, 25 mM [U-2H] MES, 10 % [U-99% 2H] D2O, 0.02 % sodium azide, 2 mM protein_2, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein_2, 25 mM [U-2H] MES, 0.02 % sodium azide, 10 % [U-99% 2H] D2O, 2 mM protein_1, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
3ODU The 2.5 A structure of the CXCR4 chemokine receptor in complex with small molecule antagonist IT1t 提交 2010-08-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–229（228 aa） 片段：CXCR4 residues 2-229, LYSOZYME residues 1002-1161, CXCR4 residues 230-319
链 A 230–319（90 aa） 片段：CXCR4 residues 2-229, LYSOZYME residues 1002-1161, CXCR4 residues 230-319
链 B 2–229（228 aa） 片段：CXCR4 residues 2-229, LYSOZYME residues 1002-1161, CXCR4 residues 230-319
链 B 230–319（90 aa） 片段：CXCR4 residues 2-229, LYSOZYME residues 1002-1161, CXCR4 residues 230-319
突变：L125W, C1054T, C1097T 突变：L125W, C1054T, C1097T 突变：L125W, C1054T, C1097T 突变：L125W, C1054T, C1097T ITD (6,6-dimethyl-5,6-dihydroimidazo[2,1-b][1,3]thiazol-3-yl)methyl N,N'-dicyclohexylimidothiocarbamate × 2 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 5 OLA OLEIC ACID × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 5.5；293 K；Lipidic cubic phase made of monoolein and cholesterol, 20% PEG400, 0.3M Sodium malonate, 5mM Taurine, 0.1M Sodium citrate, pH 5.5, LIPIDIC CUBIC PHASE, temperature 293K
分辨率 2.50 Å R-free 0.282
3OE0 Crystal structure of the CXCR4 chemokine receptor in complex with a cyclic peptide antagonist CVX15 提交 2010-08-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–228（227 aa） 片段：CXCR4 residues 2-228, LYSOZYME residues 1002-1161, CXCR4 residues 231-319
链 A 231–319（89 aa） 片段：CXCR4 residues 2-228, LYSOZYME residues 1002-1161, CXCR4 residues 231-319
突变：L125W, T240P, C1054T, C1097T 突变：L125W, T240P, C1054T, C1097T 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 7；293 K；Lipidic cubic phase made of monoolein and cholesterol, 25% PEG400, 0.3M Potassium sodium tartrate, 0.1 M Tris pH 7.0, LIPIDIC CUBIC PHASE, temperature 293K
分辨率 2.90 Å R-free 0.267
3OE6 Crystal structure of the CXCR4 chemokine receptor in complex with a small molecule antagonist IT1t in I222 spacegroup 提交 2010-08-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–229（228 aa） 片段：CXCR4 residues 2-228, LYSOZYME residues 1002-1161, CXCR4 residues 231-325
链 A 230–325（96 aa） 片段：CXCR4 residues 2-228, LYSOZYME residues 1002-1161, CXCR4 residues 231-325
突变：L125W, C1054T, C1097T 突变：L125W, C1054T, C1097T ITD (6,6-dimethyl-5,6-dihydroimidazo[2,1-b][1,3]thiazol-3-yl)methyl N,N'-dicyclohexylimidothiocarbamate × 2 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 6 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 5.5；293 K；Lipidic cubic phase made of monoolein and cholesterol, 20-26% PEG400, 0.3M Sodium malonate, 5mM Nickel chloride, 0.1M Sodium citrate pH 5.0-5.5, LIPIDIC CUBIC PHASE, temperature 293K
分辨率 3.20 Å R-free 0.306
3OE8 Crystal structure of the CXCR4 chemokine receptor in complex with a small molecule antagonist IT1t in P1 spacegroup 提交 2010-08-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 2–229（228 aa） 片段：CXCR4 residues 2-229, LYSOZYME residues 1002-1161, CXCR4 residues 230-319
链 B 230–319（90 aa） 片段：CXCR4 residues 2-229, LYSOZYME residues 1002-1161, CXCR4 residues 230-319
链 C 2–229（228 aa） 片段：CXCR4 residues 2-229, LYSOZYME residues 1002-1161, CXCR4 residues 230-319
链 C 230–319（90 aa） 片段：CXCR4 residues 2-229, LYSOZYME residues 1002-1161, CXCR4 residues 230-319
突变：L125W, C1054T, C1097T 突变：L125W, C1054T, C1097T 突变：L125W, C1054T, C1097T 突变：L125W, C1054T, C1097T ITD (6,6-dimethyl-5,6-dihydroimidazo[2,1-b][1,3]thiazol-3-yl)methyl N,N'-dicyclohexylimidothiocarbamate × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 6；293 K；Lipidic cubic phase made of monoolein and cholesterol, 26% PEG400, 0.3M Sodium malonate, 5mM Strontium chloride, 0.1M MES pH 6.0, LIPIDIC CUBIC PHASE, temperature 293K
分辨率 3.10 Å R-free 0.295
3OE8 Crystal structure of the CXCR4 chemokine receptor in complex with a small molecule antagonist IT1t in P1 spacegroup 提交 2010-08-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 2–229（228 aa） 片段：CXCR4 residues 2-229, LYSOZYME residues 1002-1161, CXCR4 residues 230-319
链 A 230–319（90 aa） 片段：CXCR4 residues 2-229, LYSOZYME residues 1002-1161, CXCR4 residues 230-319
链 B 2–229（228 aa） 片段：CXCR4 residues 2-229, LYSOZYME residues 1002-1161, CXCR4 residues 230-319
链 B 230–319（90 aa） 片段：CXCR4 residues 2-229, LYSOZYME residues 1002-1161, CXCR4 residues 230-319
链 C 2–229（228 aa） 片段：CXCR4 residues 2-229, LYSOZYME residues 1002-1161, CXCR4 residues 230-319
链 C 230–319（90 aa） 片段：CXCR4 residues 2-229, LYSOZYME residues 1002-1161, CXCR4 residues 230-319
突变：L125W, C1054T, C1097T 突变：L125W, C1054T, C1097T 突变：L125W, C1054T, C1097T 突变：L125W, C1054T, C1097T 突变：L125W, C1054T, C1097T 突变：L125W, C1054T, C1097T ITD (6,6-dimethyl-5,6-dihydroimidazo[2,1-b][1,3]thiazol-3-yl)methyl N,N'-dicyclohexylimidothiocarbamate × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 6；293 K；Lipidic cubic phase made of monoolein and cholesterol, 26% PEG400, 0.3M Sodium malonate, 5mM Strontium chloride, 0.1M MES pH 6.0, LIPIDIC CUBIC PHASE, temperature 293K
分辨率 3.10 Å R-free 0.295
3OE8 Crystal structure of the CXCR4 chemokine receptor in complex with a small molecule antagonist IT1t in P1 spacegroup 提交 2010-08-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–229（228 aa） 片段：CXCR4 residues 2-229, LYSOZYME residues 1002-1161, CXCR4 residues 230-319
链 A 230–319（90 aa） 片段：CXCR4 residues 2-229, LYSOZYME residues 1002-1161, CXCR4 residues 230-319
突变：L125W, C1054T, C1097T 突变：L125W, C1054T, C1097T ITD (6,6-dimethyl-5,6-dihydroimidazo[2,1-b][1,3]thiazol-3-yl)methyl N,N'-dicyclohexylimidothiocarbamate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 6；293 K；Lipidic cubic phase made of monoolein and cholesterol, 26% PEG400, 0.3M Sodium malonate, 5mM Strontium chloride, 0.1M MES pH 6.0, LIPIDIC CUBIC PHASE, temperature 293K
分辨率 3.10 Å R-free 0.295
3OE9 Crystal structure of the chemokine CXCR4 receptor in complex with a small molecule antagonist IT1t in P1 spacegroup 提交 2010-08-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–228（227 aa） 片段：CXCR4 residues 2-228, LYSOZYME residues 1002-1161, CXCR4 residues 231-319
链 A 231–319（89 aa） 片段：CXCR4 residues 2-228, LYSOZYME residues 1002-1161, CXCR4 residues 231-319
链 B 2–228（227 aa） 片段：CXCR4 residues 2-228, LYSOZYME residues 1002-1161, CXCR4 residues 231-319
链 B 231–319（89 aa） 片段：CXCR4 residues 2-228, LYSOZYME residues 1002-1161, CXCR4 residues 231-319
突变：L125W, T240P, C1054T, C1097T 突变：L125W, T240P, C1054T, C1097T 突变：L125W, T240P, C1054T, C1097T 突变：L125W, T240P, C1054T, C1097T ITD (6,6-dimethyl-5,6-dihydroimidazo[2,1-b][1,3]thiazol-3-yl)methyl N,N'-dicyclohexylimidothiocarbamate × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 6；293 K；Lipidic cubic phase made of monoolein and cholesterol, 27-35% PEG400, 0.27-0.33M Sodium malonate, 5mM Hexamine cobalt chloride, 0.1M MES pH 6.0, LIPIDIC CUBIC PHASE, temperature 293K
分辨率 3.10 Å R-free 0.284
4RWS Crystal structure of CXCR4 and viral chemokine antagonist vMIP-II complex (PSI Community Target) 提交 2014-12-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–228（227 aa） 片段：CXCR4 residues 2-228, LYSOZYME residues 1002-1161, CXCR4 residues 231-319
链 A 231–319（89 aa） 片段：CXCR4 residues 2-228, LYSOZYME residues 1002-1161, CXCR4 residues 231-319
突变：L125W, T240P, D187C, C1054T, C1097T 突变：L125W, T240P, D187C, C1054T, C1097T 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 5.5；293 K；100 mM sodium citrate pH 5.5, 28% PEG 400, 120 mM ammonium phosphate dibasic, 2-6% polypropylene P400, Lipidic cubic phase, temperature 293K
分辨率 3.10 Å R-free 0.274
8GP3 Structure of beta-arrestin1 in complex with a phosphopeptide corresponding to the human C-X-C chemokine receptor type 4, CXCR4 提交 2022-08-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 U 336–352（17 aa）
链 V 336–352（17 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blotted for 3 seconds before plunging.
分辨率 4.80 Å
8I0Q Structure of beta-arrestin1 in complex with a phosphopeptide corresponding to the human C-X-C chemokine receptor type 4, CXCR4 (Local refine) 提交 2023-01-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 U 336–352（17 aa）
链 V 336–352（17 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blotted for 3 seconds before plunging.
分辨率 4.45 Å
8K3Z Cryo-EM structure of CXCR4 in complex with CXCL12 提交 2023-07-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 25–320（296 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.81 Å
8U4N Structure of Apo CXCR4/Gi complex 提交 2023-09-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 R 2–352（351 aa）
未记录 CLR CHOLESTEROL × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.72 Å
8U4O Structure of CXCL12-bound CXCR4/Gi complex 提交 2023-09-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 R 2–352（351 aa）
未记录 CLR CHOLESTEROL × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.29 Å
8U4P Structure of AMD3100-bound CXCR4/Gi complex 提交 2023-09-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 R 2–352（351 aa）
未记录 CLR CHOLESTEROL × 1 VH6 Plerixafor × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.15 Å
8U4Q Structure of REGN7663 Fab-bound CXCR4/Gi complex 提交 2023-09-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 R 2–352（351 aa）
未记录 CLR CHOLESTEROL × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.36 Å
8U4R Structure of REGN7663-Fab bound CXCR4 提交 2023-09-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 R 2–352（351 aa）
未记录 CLR CHOLESTEROL × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8U4T Structure of tetrameric CXCR4 in complex with REGN7663 Fab 提交 2023-09-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 AA 2–352（351 aa）
链 I 2–352（351 aa）
链 Q 2–352（351 aa）
链 R 2–352（351 aa）
未记录 CLR CHOLESTEROL × 16 D21 (2R)-1-(hexadecanoyloxy)-3-(phosphonooxy)propan-2-yl (9Z)-octadec-9-enoate × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.38 Å
8YU7 Cryo-EM structure of CXCR4 tetramer 提交 2024-03-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–352（351 aa）
链 B 2–352（351 aa）
链 C 2–352（351 aa）
链 D 2–352（351 aa）
未记录 CLR CHOLESTEROL × 20 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.01 Å
8ZPL Cryo-EM strucutre of CXCR4 complexed with antagonist HF51116 提交 2024-05-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 R 1–224（224 aa）
链 R 241–319（79 aa）
未记录 CLR CHOLESTEROL × 2 A1D8K (2S)-N-[[4-[[3-(cyclohexylamino)propylamino]methyl]phenyl]methyl]-5-(diaminomethylideneamino)-2-(pyridin-2-ylmethylamino)pentanamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.01 Å
8ZPM Cryo-EM strucutre of CXCR4 complexed with antagonist AMD070 提交 2024-05-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 R 1–224（224 aa）
链 R 241–319（79 aa）
未记录 A1D8L Mavorixafor × 1 CLR CHOLESTEROL × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
8ZPN Cryo-EM strucutre of CXCR4 complexed with antagonist AMD3100 提交 2024-05-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 R 1–224（224 aa）
链 R 241–319（79 aa）
未记录 CLR CHOLESTEROL × 1 VH6 Plerixafor × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.31 Å
9MDU Human CXCR4 tetramer 提交 2024-12-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–352（352 aa）
链 B 1–352（352 aa）
链 C 1–352（352 aa）
链 D 1–352（352 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
9ME1 hCXCR4-CXCL12 complex with 1:1 stoichiometry 提交 2024-12-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric
链 A 1–352（352 aa）
链 B 1–352（352 aa）
链 C 1–352（352 aa）
链 D 1–352（352 aa）
链 E 1–352（352 aa）
链 I 1–352（352 aa）
链 K 1–352（352 aa）
链 L 1–352（352 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.37 Å
9MEJ Global structure of hCXCR4 and HIV-2 gp120 提交 2024-12-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–352（352 aa）
链 B 1–352（352 aa）
链 C 1–352（352 aa）
链 D 1–352（352 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.99 Å
9MEN CryoEM structure of hCXCR4 tetramer bound to HIV-2/gp120/V3 loop 提交 2024-12-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–352（352 aa）
链 B 1–352（352 aa）
链 C 1–352（352 aa）
链 D 1–352（352 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.57 Å
9MET CXCR4-HIV-2/gp120-CD4 提交 2024-12-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 M 1–352（352 aa）
链 N 1–352（352 aa）
链 O 1–352（352 aa）
链 S 1–352（352 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.65 Å
9MEU CXCR4 tetramer bound to 4 CXCL12 dimers 提交 2024-12-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–352（352 aa）
链 B 1–352（352 aa）
链 C 1–352（352 aa）
链 D 1–352（352 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.46 Å
9UPU Cryo-EM strucutre of CXCR4 complexed with agonist SDV1a 提交 2025-04-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 R 1–337（337 aa）
未记录 CLR CHOLESTEROL × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
9UPV Cryo-EM structure of CXCR4 complexed with agonist SDVX1 提交 2025-04-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 R 1–337（337 aa）
未记录 CLR CHOLESTEROL × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å

共 32 个其他 PDB 条目、34 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CXCR4_HUMAN
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 20–370； UniProt 2–352 作者链 G； PDB构建体 20–370； UniProt 2–352 作者链 R； PDB构建体 20–370； UniProt 2–352

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8u4s

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8u4s
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8u4s
沉积日期 deposition_date2023-09-11
结构标题 titleStructure of trimeric CXCR4 in complex with REGN7663 Fab
关键词 keywordsGPCR, chemokine receptor, trimer, oligomer, antibody, SIGNALING PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; SIGNALING PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier38.40 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron37.36 Å
零角强度 I(0) i0422535000.00
分子量 molecular_weight179770.0 kDa
排除体积 excluded_volume230060 ų
包络体积 envelope_volume299210 ų
水化壳体积 shell_volume64455 ų
包络直径 envelope_diameter120.8 Å
壳层 Rg shell_rg45.12 Å
包络 Rg envelope_rg37.13 Å
形状 Rg shape_rg37.31 Å
总 Rg total_rg38.06 Å
总原子数 total_atoms12684
残基数 n_residues1557
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax119.1 Å
Rg (实空间) rg_real38.11 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.78 Å
I(0) (实空间) i0_real4.2250e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.0290e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal38.29 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal422600000.0000
解质量估计 total_estimate0.8974
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary52.3 Å
偏度 Skewness skewness0.058
峰度 Kurtosis kurtosis-0.525
角度范围 angular_range— – 0.2050 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha47480000.0000
实空间数据点数 n_real_points42
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.918; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.976; Smooth: 0.933
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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8. 引用文献 (2)

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9. 文件与曲线 (10)