SAXSdb — 8ubv

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

F-box/LRR-repeat protein 17

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 310–701 链 H； UniProt 310–701	片段：UNP residues 310-701	Transcription regulator protein BACH1 × 2 （O14867）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8UBV	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6W66 The structure of the F64A, S172A mutant Keap1-BTB domain in complex with SKP1-FBXL17 提交 2020-03-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 310–701（392 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；well solution 37.5 ul of 50 mM MgCl2, 100 mM HEPES pH 7.5, 30% (v/v) PEG MME 550 (E7 Hampton Index) + 12.5ul H2O mixed 1:1 with complex at 15mg/ml in 150 mM NaCl, 25 mM Tris/HCl pH 8.0	分辨率 3.21 Å R-free 0.290
6WCQ Structure of a substrate-bound DQC ubiquitin ligase 提交 2020-03-31	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 310–701（392 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 8.50 Å
8UAH Structure of BACH1 BTB domain-bound FBXL17 ubiquitin ligase 提交 2023-09-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 310–701（392 aa）片段：UNP residues 310-701	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
8UBT Structure of SCF-FBXL17-BACH1BTB E3 ligase complex 提交 2023-09-24	构建体不同突变/修饰不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 310–701（392 aa）片段：UNP residues 310-701	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
8UBU Cryo-EM structure of dimeric SCF-FBXL17-BACH1BTB E3 ligase complex close conformation 提交 2023-09-25	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 D 310–701（392 aa）片段：UNP residues 310-701 链 K 310–701（392 aa）片段：UNP residues 310-701	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.60 Å

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FXL17_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–392； UniProt 310–701 作者链 H； PDB构建体 1–392； UniProt 310–701

Transcription regulator protein BACH1

Homo sapiens

UniProt O14867

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 7–128 链 I； UniProt 7–128	片段：BTB domain (UNP residues 7-128)	F-box/LRR-repeat protein 17 × 2 （Q9UF56）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8UBV	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
29HH Cryo-EM structure of the CUL1-RBX1-SKP1-FBXO22 SCF ubiquition ligase in complex with NSD2, UNC10088 and Bach1 提交 2026-03-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 G 1–736（736 aa）链 H 1–736（736 aa）	未记录	A1J20 ~{N}-cyclopropyl-~{N}-[[4-[[2-(6-oxidanylhexanoyl)-1~{H}-isoquinolin-6-yl]carbamoyl]phenyl]methyl]-3-oxidanylidene-4~{H}-1,4-benzoxazine-7-carboxamide × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
2IHC Crystal structure of the bric-a-brac (BTB) domain of human BACH1 提交 2006-09-26	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 7–128（122 aa）链 B 7–128（122 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；20 % PEG3350, 200 mM MgCl2, 0.1M Tris buffer, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.44 Å R-free 0.278
2IHC Crystal structure of the bric-a-brac (BTB) domain of human BACH1 提交 2006-09-26	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 7–128（122 aa）链 D 7–128（122 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；20 % PEG3350, 200 mM MgCl2, 0.1M Tris buffer, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.44 Å R-free 0.278
2IHC Crystal structure of the bric-a-brac (BTB) domain of human BACH1 提交 2006-09-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 7–128（122 aa）链 B 7–128（122 aa）链 C 7–128（122 aa）链 D 7–128（122 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；20 % PEG3350, 200 mM MgCl2, 0.1M Tris buffer, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.44 Å R-free 0.278
8S7D Cryo-EM structure of SKP1-FBXO22 in complex with a BACH1 BTB dimer at 3.2A resolution 提交 2024-02-29	构建体不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 7–128（122 aa）链 B 7–128（122 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
8UA3 Cryo-EM Structure of FBOX22-BACH1BTB 提交 2023-09-20	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 7–128（122 aa）片段：BTB domain (UNP residues 7-128) 链 E 7–128（122 aa）片段：BTB domain (UNP residues 7-128)	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
8UA6 Cryo-EM Structure of SCF-FBOX22-BACH1BTB 提交 2023-09-20	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 7–128（122 aa）片段：BTB domain (UNP residues 7-128) 链 E 7–128（122 aa）片段：BTB domain (UNP residues 7-128)	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
8UAH Structure of BACH1 BTB domain-bound FBXL17 ubiquitin ligase 提交 2023-09-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 7–132（126 aa）片段：BTB domain (UNP residues 7-132)	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
8UBT Structure of SCF-FBXL17-BACH1BTB E3 ligase complex 提交 2023-09-24	构建体不同突变/修饰不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 7–128（122 aa）片段：BTB domain (UNP residues 7-128)	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
8UBU Cryo-EM structure of dimeric SCF-FBXL17-BACH1BTB E3 ligase complex close conformation 提交 2023-09-25	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 E 7–128（122 aa）片段：BTB domain (UNP residues 7-128) 链 L 7–128（122 aa）片段：BTB domain (UNP residues 7-128)	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.60 Å
9GP5 Homodimer of BACH1 F9A mutant BTB domain 提交 2024-09-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 7–128（122 aa）链 D 7–128（122 aa）	突变：F9A 突变：F9A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；0.02 M HEPES, 0.15 M NaCl, 5% (w/v) glycerol, 0.001 M TCEP	分辨率 1.90 Å R-free 0.226
9GR9 Homodimer of BACH1 BTB domain 提交 2024-09-11	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 7–128（122 aa）链 B 7–128（122 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；294 K；0.1 M Tris-HCL, 0.2 M Li2SO4, 30 % (w/v) PEG4000	分辨率 2.25 Å R-free 0.246
9GR9 Homodimer of BACH1 BTB domain 提交 2024-09-11	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 7–128（122 aa）链 D 7–128（122 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；294 K；0.1 M Tris-HCL, 0.2 M Li2SO4, 30 % (w/v) PEG4000	分辨率 2.25 Å R-free 0.246
9GRA Homodimer of BACH1 BTB domain in complex with 2-Methyl-2,4-pentanediol 提交 2024-09-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 7–128（122 aa）链 B 7–128（122 aa）	未记录	MRD (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；294 K；0.16 M Ammonium sulfate, 0.08 M Tris-HCl, 14.4 % (w/v) PEG3350, 6 % (v/v) MPD	分辨率 1.47 Å R-free 0.234

共 11 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BACH1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–122； UniProt 7–128 作者链 I； PDB构建体 1–122； UniProt 7–128

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ubv
沉积日期 deposition_date	2023-09-25
结构标题 title	Cryo-EM structure of dimeric FBXL17-BACH1BTB E3 ubiquitin ligase complex
关键词 keywords	FBXL17, BACH1, F-box protein, Cullin, E3 ligase, LIGASE; LIGASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	37.97 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	37.73 Å
零角强度 I(0) i0	131301000.00
分子量 molecular_weight	94327.0 kDa
排除体积 excluded_volume	118960 Å³
包络体积 envelope_volume	166250 Å³
水化壳体积 shell_volume	37613 Å³
包络直径 envelope_diameter	129.8 Å
壳层 Rg shell_rg	42.64 Å
包络 Rg envelope_rg	36.78 Å
形状 Rg shape_rg	37.70 Å
总 Rg total_rg	38.18 Å
总原子数 total_atoms	6603
残基数 n_residues	852
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	122.5 Å
Rg (实空间) rg_real	38.08 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.94 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3130e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9780e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.02 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	131300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8663
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	32.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.256
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.772
角度范围 angular_range	— – 0.2100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	19230000.0000
实空间数据点数 n_real_points	43
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.858; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.919; Smooth: 0.765

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	F-box/LRR-repeat protein 17
分子量 formula_weight	44505.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,H
原子数 atom_count	6603

CHREPPPETPDINQLPPSILLKIFSNLSLDERCLSASLVCKYWRDLCLDFQFWKQLDLSSRQQVTDELLEKIASRSQNIIEINISDCRSMSDNGVCVLAFKCPGLLRYTAYRCKQLSDTSIIAVASHCPLLQKVHVGNQDKLTDEGLKQLGSKCRELKDIHFGQCYKISDEGMIVIAKGCLKLQRIYMQENKLVTDQSVKAFAEHCPELQYVGFMGCSVTSKGVIHLTKLRNLSSLDLRHITELDNETVMEIVKRCKNLSSLNLCLNWIINDRCVEVIAKEGQNLKELYLVSCKITDYALIAIGRYSMTIETVDVGWCKEITDQGATLIAQSSKSLRYLGLMRCDKVNEVTVEQLVQQYPHITFSTVLQDCKRTLERAYQMGWTPNMSAASS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Transcription regulator protein BACH1
分子量 formula_weight	13839.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,I

SVFAYESSVHSTNVLLSLNDQRKKDVLCDVTIFVEGQRFRAHRSVLAACSSYFHSRIVGQADGELNITLPEEVTVKGFEPLIQFAYTAKLILSKENVDEVCKCVEFLSVHNIEESCFQFLKF

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.10 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	71155

fit	/app/data/saxs_computation/ub/8ubv/8ubv.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ub/8ubv/8ubv.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ub/8ubv/8ubv.dat

Cryo-EM structure of dimeric FBXL17-BACH1BTB E3 ubiquitin ligase complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

F-box/LRR-repeat protein 17

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Transcription regulator protein BACH1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)