SAXSdb — 8urj

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Exportin-1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 6 RNA 1	Rev HIV-1 × 1 GTP-binding nuclear protein Ran × 2 （P62826） Rev HIV-1 × 1 HIV-1 RRE × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	XPO1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 7–1062； UniProt 1–1056 作者链 C； PDB构建体 7–1062； UniProt 1–1056

GTP-binding nuclear protein Ran

Homo sapiens

UniProt P62826

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 6 RNA 1	Exportin-1 × 2 （O14980） Rev HIV-1 × 1 Rev HIV-1 × 1 HIV-1 RRE × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RAN_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 5–181； UniProt 3–179 作者链 H； PDB构建体 5–181； UniProt 3–179

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8urj
沉积日期 deposition_date	2023-10-26
结构标题 title	Cryo-EM structure of the HIV-1 nuclear export complex
关键词 keywords	HIV Karyopherin Rev Crm1, RNA BINDING PROTEIN-RNA complex; RNA BINDING PROTEIN/RNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8urj__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8urj__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8urj__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	51.59 Å
Rg（电子密度）	51.73 Å
总 Rg	51.71 Å
原子数	40851
残基数	2642
排除体积	391350 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8urj__assembly_1__model_1`	heptameric （7）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Exportin-1
分子量 formula_weight	122268.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	40851

GAMGSGMPAIMTMLADHAARQLLDFSQKLDINLLDNVVNCLYHGEGAQQRMAQEVLTHLKEHPDAWTRVDTILEFSQNMNTKYYGLQILENVIKTRWKILPRNQCEGIKKYVVGLIIKTSSDPTCVEKEKVYIGKLNMILVQILKQEWPKHWPTFISDIVGASRTSESLCQNNMVILKLLSEEVFDFSSGQITQVKSKHLKDSMCNEFSQIFQLCQFVMENSQNAPLVHATLETLLRFLNWIPLGYIFETKLISTLIYKFLNVPMFRNVSLKCLTEIAGVSVSQYEEQFVTLFTLTMMQLKQMLPLNTNIRLAYSNGKDDEQNFIQNLSLFLCTFLKEHDQLIEKRLNLRETLMEALHYMLLVSEVEETEIFKICLEYWNHLAAELYRESPFSTSASPLLSGSQHFDVPPRRQLYLPMLFKVRLLMVSRMAKPEEVLVVENDQGEVVREFMKDTDSINLYKNMRETLVYLTHLDYVDTERIMTEKLHNQVNGTEWSWKNLNTLCWAIGSISGAMHEEDEKRFLVTVIKDLLGLCEQKRGKDNKAIIASNIMYIVGQYPRFLRAHWKFLKTVVNKLFEFMHETHDGVQDMACDTFIKIAQKCRRHFVQVQVGEVMPFIDEILNNINTIICDLQPQQVHTFYEAVGYMIGAQTDQTVQEHLIEKYMLLPNQVWDSIIQQATKNVDILKDPETVKQLGSILKTNVRACKAVGHPFVIQLGRIYLDMLNVYKCLSENISAAIQANGEMVTKQPLIRSMRTVKRETLKLISGWVSRSNDPQMVAENFVPPLLDAVLIDYQRNVPAAREPEVLSTMAIIVNKLGGHITAEIPQIFDAVFECTLNMINKDFEEYPEHRTNFFLLLQAVNSHCFPAFLAIPPTQFKLVLDSIIWAFKHTMRNVADTGLQILFTLLQNVAQEEAAAQSFYQTYFCDILQHIFSVVTDTSHTAGLTMHASILAYMFNLVEEGKISTSLNPGNPVNNQIFLQEYVANLLKSAFPHLQDAQVKLFVTGLFSLNQDIPAFKEHLRDFLVQIKEFAGEDTSDLFLEEREIALRQADEEKHKRQMSV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Rev HIV-1
分子量 formula_weight	10687.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

AMAGRSGDSDEDLLKAVRLIKFLYQSNPPPNPEGTRQARRNRRRRWRARQRQIHSISERIRSTYLGRSAEPVPLQTVDEMTKKFGTLTIDCN

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	GTP-binding nuclear protein Ran
分子量 formula_weight	20722.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.5.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H

GHMTAQGEPQVQFKLVLVGDGGTGKTTFVKRHLTGEFEKKYVATLGVEVHPLVFHTNRGPIKFNVWDTAGLEKFGGLRDGYYIQAQCAIIMFDVTSRVTYKNVPNWHRDLVRVCENIPIVLCGNKVDIKDRKVKAKSIVFHRKKNLQYYDISAKSNYNFEKPFLWLARKLIGDPNLEFVAM

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Rev HIV-1
分子量 formula_weight	10644.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

GAMAGRSGDSDEDLLKAVRLIKFLYQSNPPPNPEGTRQARRNRRRRWRERQRQIHSISERILSTYLGRSAEPVPLQTVDEMTKKFGTLTIDC

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	HIV-1 RRE
分子量 formula_weight	114996.1 kDa
突变 mutation	G262A G269A
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	G

UGAACCAUUAGGAAUAGCACCCACCAAGGCAAAGAGAAGAGUGGUGCAGAGAGAAAAAAGAGCAGUGGGAAUAGUAGGAGCUAUGUUCCUUGGGUUCUUGGGAGCAGCAGGAAGCACUAUGGGCGCAGUGUCAUUGACGCUGACGGUACAGGCCAGACAAUUAUUGUCUGGUAUAGUGCAACAGCAGAACAAUUUGCUGAGGGCUAUUGAGGCGCAACAACAUCUGUUGCAACUCACAGUCUGGGGCAUCAAGCAGCUCCAAGCAAGAAUCCUGGCUGUGGAAAGAUACCUAAGGGAUCAACAGCUCCUAGGGGAAUUCGGUUGCUCUGGAAAACUCAUUUGCACCACUGCUGUG

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.25 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	260885

Cryo-EM structure of the HIV-1 nuclear export complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Exportin-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

GTP-binding nuclear protein Ran

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8urj__assembly_1__model_1

8urj__assembly_1__model_1 | I(q)

8urj__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (1)

Cryo-EM structure of the HIV-1 nuclear export complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Exportin-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

GTP-binding nuclear protein Ran

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8urj__assembly_1__model_1

8urj__assembly_1__model_1 | I(q)

8urj__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (1)