← 返回搜索
8v2r

CryoEM of ssDNA bound CHMP1B/IST1 copolymer assembly

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 159.2 Å Quality: REASONABLE
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Charged multivesicular body protein 1b

Homo sapiens

UniProt Q7LBR1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 192 PDB 声明：192-meric（192） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–199 突变：M136V IST1 homolog × 96 （P53990） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.01 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8V2R Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3JC1 Electron cryo-microscopy of the IST1-CHMP1B ESCRT-III copolymer 提交 2015-11-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 68 PDB 声明：68-meric
链 Ab 4–163（160 aa） 片段：UNP residues 4-163
链 Ad 4–163（160 aa） 片段：UNP residues 4-163
链 Af 4–163（160 aa） 片段：UNP residues 4-163
链 Ah 4–163（160 aa） 片段：UNP residues 4-163
链 Aj 4–163（160 aa） 片段：UNP residues 4-163
链 Al 4–163（160 aa） 片段：UNP residues 4-163
链 An 4–163（160 aa） 片段：UNP residues 4-163
链 Ap 4–163（160 aa） 片段：UNP residues 4-163
链 Ar 4–163（160 aa） 片段：UNP residues 4-163
链 At 4–163（160 aa） 片段：UNP residues 4-163
链 Av 4–163（160 aa） 片段：UNP residues 4-163
链 Ax 4–163（160 aa） 片段：UNP residues 4-163
链 Az 4–163（160 aa） 片段：UNP residues 4-163
链 Bb 4–163（160 aa） 片段：UNP residues 4-163
链 Bd 4–163（160 aa） 片段：UNP residues 4-163
链 Bf 4–163（160 aa） 片段：UNP residues 4-163
链 Bh 4–163（160 aa） 片段：UNP residues 4-163
链 Bj 4–163（160 aa） 片段：UNP residues 4-163
链 Bl 4–163（160 aa） 片段：UNP residues 4-163
链 Bn 4–163（160 aa） 片段：UNP residues 4-163
链 Bp 4–163（160 aa） 片段：UNP residues 4-163
链 Br 4–163（160 aa） 片段：UNP residues 4-163
链 Bt 4–163（160 aa） 片段：UNP residues 4-163
链 Bv 4–163（160 aa） 片段：UNP residues 4-163
链 Bx 4–163（160 aa） 片段：UNP residues 4-163
链 Bz 4–163（160 aa） 片段：UNP residues 4-163
链 Cb 4–163（160 aa） 片段：UNP residues 4-163
链 Cd 4–163（160 aa） 片段：UNP residues 4-163
链 Cf 4–163（160 aa） 片段：UNP residues 4-163
链 Ch 4–163（160 aa） 片段：UNP residues 4-163
链 Cj 4–163（160 aa） 片段：UNP residues 4-163
链 Cl 4–163（160 aa） 片段：UNP residues 4-163
链 Cn 4–163（160 aa） 片段：UNP residues 4-163
链 Cp 4–163（160 aa） 片段：UNP residues 4-163
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 25 mM Tris, pH 8.0, 25 mM sodium chloride；pH 8；25 mM Tris, pH 8.0, 25 mM sodium chloride
cryo-EM玻璃化条件 Deposited 3.5 uL sample, blotted 3-6 seconds (0 mm offset)；冷冻剂 ETHANE；Deposited 3.5 uL sample, blotted 3-6 seconds (0 mm offset), and plunged into liquid ethane (VITROBOT MARK III).
分辨率 4.00 Å
4TXQ Crystal structure of LIP5 N-terminal domain complexed with CHMP1B MIM 提交 2014-07-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 176–199（24 aa） 片段：UNP residues 176-199
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；277.15 K；Protein mixture was added in 1:1 ratio with a solution of 16% MPD, 0.1 M Tris and equilibrated against a mother liquid of 8% MPD, 0.1 M Tris
分辨率 2.21 Å R-free 0.227
4TXQ Crystal structure of LIP5 N-terminal domain complexed with CHMP1B MIM 提交 2014-07-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 176–199（24 aa） 片段：UNP residues 176-199
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；277.15 K；Protein mixture was added in 1:1 ratio with a solution of 16% MPD, 0.1 M Tris and equilibrated against a mother liquid of 8% MPD, 0.1 M Tris
分辨率 2.21 Å R-free 0.227
4TXR Crystal structure of LIP5 N-terminal domain complexed with CHMP1B MIM and CHMP5 MIM 提交 2014-07-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 176–199（24 aa） 片段：UNP residues 176-199
未记录 ACT ACETATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277.15 K；19% PEG 4000, 0.025 M sodium acetate
分辨率 1.00 Å R-free 0.180
6E8G CryoEM reconstruction of IST1-CHMP1B copolymer filament bound to ssDNA at 2.9 Angstrom resolution 提交 2018-07-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 72 PDB 声明：72-meric
链 AA 1–199（199 aa）
链 AB 1–199（199 aa）
链 B 1–199（199 aa）
链 CA 1–199（199 aa）
链 CB 1–199（199 aa）
链 D 1–199（199 aa）
链 EA 1–199（199 aa）
链 EB 1–199（199 aa）
链 F 1–199（199 aa）
链 GA 1–199（199 aa）
链 GB 1–199（199 aa）
链 H 1–199（199 aa）
链 IA 1–199（199 aa）
链 IB 1–199（199 aa）
链 J 1–199（199 aa）
链 KA 1–199（199 aa）
链 KB 1–199（199 aa）
链 L 1–199（199 aa）
链 MA 1–199（199 aa）
链 MB 1–199（199 aa）
链 N 1–199（199 aa）
链 OA 1–199（199 aa）
链 OB 1–199（199 aa）
链 P 1–199（199 aa）
链 QA 1–199（199 aa）
链 QB 1–199（199 aa）
链 R 1–199（199 aa）
链 SA 1–199（199 aa）
链 SB 1–199（199 aa）
链 T 1–199（199 aa）
链 UA 1–199（199 aa）
链 UB 1–199（199 aa）
链 W 1–199（199 aa）
链 WA 1–199（199 aa）
链 Y 1–199（199 aa）
链 YA 1–199（199 aa）
突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；0 mm offset with 10 sec wait time and 2-4 sec blot
分辨率 2.90 Å
6TZ4 CryoEM reconstruction of membrane-bound ESCRT-III filament composed of CHMP1B+IST1 (right-handed) 提交 2019-08-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 72 PDB 声明：72-meric
链 02 1–199（199 aa）
链 A 1–199（199 aa）
链 BA 1–199（199 aa）
链 BB 1–199（199 aa）
链 C 1–199（199 aa）
链 DA 1–199（199 aa）
链 DB 1–199（199 aa）
链 E 1–199（199 aa）
链 FA 1–199（199 aa）
链 FB 1–199（199 aa）
链 G 1–199（199 aa）
链 HA 1–199（199 aa）
链 HB 1–199（199 aa）
链 I 1–199（199 aa）
链 JA 1–199（199 aa）
链 JB 1–199（199 aa）
链 K 1–199（199 aa）
链 LA 1–199（199 aa）
链 LB 1–199（199 aa）
链 M 1–199（199 aa）
链 NA 1–199（199 aa）
链 NB 1–199（199 aa）
链 O 1–199（199 aa）
链 PA 1–199（199 aa）
链 PB 1–199（199 aa）
链 Q 1–199（199 aa）
链 RA 1–199（199 aa）
链 RB 1–199（199 aa）
链 S 1–199（199 aa）
链 TA 1–199（199 aa）
链 V 1–199（199 aa）
链 VA 1–199（199 aa）
链 X 1–199（199 aa）
链 XA 1–199（199 aa）
链 Z 1–199（199 aa）
链 ZA 1–199（199 aa）
突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Grids were blotted with Whatman No. 1 filter paper for 4-8 seconds with a 0 mm offset at 19C and 100 percent humidity before plunging into liquid ethane
分辨率 3.20 Å
6TZ5 CryoEM reconstruction of membrane-bound ESCRT-III filament composed of CHMP1B+IST1 (left-handed) 提交 2019-08-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 68 PDB 声明：68-meric
链 AA 1–199（199 aa）
链 AB 1–199（199 aa）
链 B 1–199（199 aa）
链 CA 1–199（199 aa）
链 CB 1–199（199 aa）
链 D 1–199（199 aa）
链 EA 1–199（199 aa）
链 EB 1–199（199 aa）
链 F 1–199（199 aa）
链 GA 1–199（199 aa）
链 GB 1–199（199 aa）
链 H 1–199（199 aa）
链 IA 1–199（199 aa）
链 IB 1–199（199 aa）
链 J 1–199（199 aa）
链 KA 1–199（199 aa）
链 KB 1–199（199 aa）
链 L 1–199（199 aa）
链 MA 1–199（199 aa）
链 MB 1–199（199 aa）
链 N 1–199（199 aa）
链 OA 1–199（199 aa）
链 OB 1–199（199 aa）
链 P 1–199（199 aa）
链 QA 1–199（199 aa）
链 QB 1–199（199 aa）
链 R 1–199（199 aa）
链 SA 1–199（199 aa）
链 T 1–199（199 aa）
链 UA 1–199（199 aa）
链 W 1–199（199 aa）
链 WA 1–199（199 aa）
链 Y 1–199（199 aa）
链 YA 1–199（199 aa）
突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Grids were blotted with Whatman No. 1 filter paper for 4-8 seconds with a 0 mm offset at 19C and 100 percent humidity before plunging into liquid ethane
分辨率 3.10 Å
6TZ9 CryoEM reconstruction of membrane-bound ESCRT-III filament composed of CHMP1B only 提交 2019-08-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 26 PDB 声明：26-meric
链 A 1–199（199 aa）
链 AA 1–199（199 aa）
链 B 1–199（199 aa）
链 C 1–199（199 aa）
链 D 1–199（199 aa）
链 E 1–199（199 aa）
链 F 1–199（199 aa）
链 G 1–199（199 aa）
链 H 1–199（199 aa）
链 I 1–199（199 aa）
链 J 1–199（199 aa）
链 K 1–199（199 aa）
链 L 1–199（199 aa）
链 M 1–199（199 aa）
链 N 1–199（199 aa）
链 O 1–199（199 aa）
链 P 1–199（199 aa）
链 Q 1–199（199 aa）
链 R 1–199（199 aa）
链 S 1–199（199 aa）
链 T 1–199（199 aa）
链 V 1–199（199 aa）
链 W 1–199（199 aa）
链 X 1–199（199 aa）
链 Y 1–199（199 aa）
链 Z 1–199（199 aa）
突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Grids were blotted with Whatman No. 1 filter paper for 4-8 seconds with a 0 mm offset at 19C and 100 percent humidity before plunging into liquid ethane
分辨率 6.20 Å
8V2Q CHMP1B/IST1 ssRNA bound copolymer 提交 2023-11-23 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 182 PDB 声明：182-meric
链 A 1–199（199 aa）
突变：M136V 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.95 Å
8V2S CHMP1B/IST1 dsDNA bound copolymer 提交 2023-11-23 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 192 PDB 声明：192-meric
链 A 1–199（199 aa）
突变：M136V 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.72 Å

共 9 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CHM1B_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–199； UniProt 1–199

IST1 homolog

Homo sapiens

UniProt P53990

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 192 PDB 声明：192-meric（192） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1–364 未记录 Charged multivesicular body protein 1b × 96 （Q7LBR1） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.01 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8V2R Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3FRR Structure of human IST1(NTD) - (residues 1-189)(P21) 提交 2009-01-08 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–189（189 aa） 片段：UNP residues 1-189
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；296 K；35% pentaethritol propexylate 180mM KCl 50 mM HEPES, pH 7.6 7% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K
分辨率 1.80 Å R-free 0.247
3FRS Structure of human IST1(NTD) (residues 1-189)(p43212) 提交 2009-01-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 5–189（185 aa） 片段：UNP residues 1-189
未记录 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；296 K；10mM Tris-HCL, pH 8.0, 350mM NaCl, 1mM DTT, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K
分辨率 2.61 Å R-free 0.298
3JC1 Electron cryo-microscopy of the IST1-CHMP1B ESCRT-III copolymer 提交 2015-11-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 68 PDB 声明：68-meric
链 Aa 6–187（182 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 6-187)
链 Ac 6–187（182 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 6-187)
链 Ae 6–187（182 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 6-187)
链 Ag 6–187（182 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 6-187)
链 Ai 6–187（182 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 6-187)
链 Ak 6–187（182 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 6-187)
链 Am 6–187（182 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 6-187)
链 Ao 6–187（182 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 6-187)
链 Aq 6–187（182 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 6-187)
链 As 6–187（182 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 6-187)
链 Au 6–187（182 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 6-187)
链 Aw 6–187（182 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 6-187)
链 Ay 6–187（182 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 6-187)
链 Ba 6–187（182 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 6-187)
链 Bc 6–187（182 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 6-187)
链 Be 6–187（182 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 6-187)
链 Bg 6–187（182 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 6-187)
链 Bi 6–187（182 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 6-187)
链 Bk 6–187（182 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 6-187)
链 Bm 6–187（182 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 6-187)
链 Bo 6–187（182 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 6-187)
链 Bq 6–187（182 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 6-187)
链 Bs 6–187（182 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 6-187)
链 Bu 6–187（182 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 6-187)
链 Bw 6–187（182 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 6-187)
链 By 6–187（182 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 6-187)
链 Ca 6–187（182 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 6-187)
链 Cc 6–187（182 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 6-187)
链 Ce 6–187（182 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 6-187)
链 Cg 6–187（182 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 6-187)
链 Ci 6–187（182 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 6-187)
链 Ck 6–187（182 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 6-187)
链 Cm 6–187（182 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 6-187)
链 Co 6–187（182 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 6-187)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 25 mM Tris, pH 8.0, 25 mM sodium chloride；pH 8；25 mM Tris, pH 8.0, 25 mM sodium chloride
cryo-EM玻璃化条件 Deposited 3.5 uL sample, blotted 3-6 seconds (0 mm offset)；冷冻剂 ETHANE；Deposited 3.5 uL sample, blotted 3-6 seconds (0 mm offset), and plunged into liquid ethane (VITROBOT MARK III).
分辨率 4.00 Å
4U7E The crystal structure of the complex of LIP5 NTD and IST1 MIM 提交 2014-07-30 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 341–364（24 aa） 片段：UNP residues 341-364
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277.15 K；30% (w/v) PEG5000MME, 0.1 M ammonium sulfate , 0.1 M MES
分辨率 1.60 Å R-free 0.201
4U7I Structure of the complex of Spartin MIT and IST1 MIM 提交 2014-07-30 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 341–364（24 aa） 片段：UNP residues 341-364
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.3；277 K；2.9 M Na-malonate
分辨率 1.79 Å R-free 0.220
4U7Y Structure of the complex of VPS4B MIT and IST1 MIM 提交 2014-07-31 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 341–364（24 aa） 片段：UNP residues 341-364
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.3；299 K；2.58 M Na-malonate
分辨率 2.50 Å R-free 0.271
4WZX ULK3 regulates cytokinetic abscission by phosphorylating ESCRT-III proteins 提交 2014-11-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 342–364（23 aa） 片段：MIT-interacting motif (UNP residues 342-364)
未记录 CO COBALT (II) ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；50mM MES pH 6.5, 5mM Cobalt chloride, 800mM ammonium sulfate
分辨率 1.39 Å R-free 0.180
6E8G CryoEM reconstruction of IST1-CHMP1B copolymer filament bound to ssDNA at 2.9 Angstrom resolution 提交 2018-07-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 72 PDB 声明：72-meric
链 A 1–366（366 aa）
链 BA 1–366（366 aa）
链 BB 1–366（366 aa）
链 C 1–366（366 aa）
链 DA 1–366（366 aa）
链 DB 1–366（366 aa）
链 E 1–366（366 aa）
链 FA 1–366（366 aa）
链 FB 1–366（366 aa）
链 G 1–366（366 aa）
链 HA 1–366（366 aa）
链 HB 1–366（366 aa）
链 I 1–366（366 aa）
链 JA 1–366（366 aa）
链 JB 1–366（366 aa）
链 K 1–366（366 aa）
链 LA 1–366（366 aa）
链 LB 1–366（366 aa）
链 M 1–366（366 aa）
链 NA 1–366（366 aa）
链 NB 1–366（366 aa）
链 O 1–366（366 aa）
链 PA 1–366（366 aa）
链 PB 1–366（366 aa）
链 Q 1–366（366 aa）
链 RA 1–366（366 aa）
链 RB 1–366（366 aa）
链 S 1–366（366 aa）
链 TA 1–366（366 aa）
链 TB 1–366（366 aa）
链 V 1–366（366 aa）
链 VA 1–366（366 aa）
链 X 1–366（366 aa）
链 XA 1–366（366 aa）
链 Z 1–366（366 aa）
链 ZA 1–366（366 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；0 mm offset with 10 sec wait time and 2-4 sec blot
分辨率 2.90 Å
6TZ4 CryoEM reconstruction of membrane-bound ESCRT-III filament composed of CHMP1B+IST1 (right-handed) 提交 2019-08-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 72 PDB 声明：72-meric
链 01 1–189（189 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)
链 AA 1–189（189 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)
链 AB 1–189（189 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)
链 B 1–189（189 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)
链 CA 1–189（189 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)
链 CB 1–189（189 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)
链 D 1–189（189 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)
链 EA 1–189（189 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)
链 EB 1–189（189 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)
链 F 1–189（189 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)
链 GA 1–189（189 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)
链 GB 1–189（189 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)
链 H 1–189（189 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)
链 IA 1–189（189 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)
链 IB 1–189（189 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)
链 J 1–189（189 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)
链 KA 1–189（189 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)
链 KB 1–189（189 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)
链 L 1–189（189 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)
链 MA 1–189（189 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)
链 MB 1–189（189 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)
链 N 1–189（189 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)
链 OA 1–189（189 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)
链 OB 1–189（189 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)
链 P 1–189（189 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)
链 QA 1–189（189 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)
链 QB 1–189（189 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)
链 R 1–189（189 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)
链 SA 1–189（189 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)
链 SB 1–189（189 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)
链 T 1–189（189 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)
链 UA 1–189（189 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)
链 W 1–189（189 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)
链 WA 1–189（189 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)
链 Y 1–189（189 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)
链 YA 1–189（189 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Grids were blotted with Whatman No. 1 filter paper for 4-8 seconds with a 0 mm offset at 19C and 100 percent humidity before plunging into liquid ethane
分辨率 3.20 Å
6TZ5 CryoEM reconstruction of membrane-bound ESCRT-III filament composed of CHMP1B+IST1 (left-handed) 提交 2019-08-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 68 PDB 声明：68-meric
链 A 1–189（189 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)
链 BA 1–189（189 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)
链 BB 1–189（189 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)
链 C 1–189（189 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)
链 DA 1–189（189 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)
链 DB 1–189（189 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)
链 E 1–189（189 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)
链 FA 1–189（189 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)
链 FB 1–189（189 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)
链 G 1–189（189 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)
链 HA 1–189（189 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)
链 HB 1–189（189 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)
链 I 1–189（189 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)
链 JA 1–189（189 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)
链 JB 1–189（189 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)
链 K 1–189（189 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)
链 LA 1–189（189 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)
链 LB 1–189（189 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)
链 M 1–189（189 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)
链 NA 1–189（189 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)
链 NB 1–189（189 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)
链 O 1–189（189 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)
链 PA 1–189（189 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)
链 PB 1–189（189 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)
链 Q 1–189（189 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)
链 RA 1–189（189 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)
链 S 1–189（189 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)
链 TA 1–189（189 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)
链 V 1–189（189 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)
链 VA 1–189（189 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)
链 X 1–189（189 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)
链 XA 1–189（189 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)
链 Z 1–189（189 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)
链 ZA 1–189（189 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Grids were blotted with Whatman No. 1 filter paper for 4-8 seconds with a 0 mm offset at 19C and 100 percent humidity before plunging into liquid ethane
分辨率 3.10 Å
6TZA CryoEM reconstruction of ESCRT-III filament composed of IST1 NTD R16E K27E double mutant 提交 2019-08-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric
链 A 1–189（189 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)
链 B 1–189（189 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)
链 C 1–189（189 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)
链 D 1–189（189 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)
链 E 1–189（189 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)
链 F 1–189（189 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)
链 G 1–189（189 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)
链 H 1–189（189 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)
链 I 1–189（189 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)
链 J 1–189（189 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)
链 K 1–189（189 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)
链 L 1–189（189 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)
链 M 1–189（189 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)
链 N 1–189（189 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)
突变：R16E K27E 突变：R16E K27E 突变：R16E K27E 突变：R16E K27E 突变：R16E K27E 突变：R16E K27E 突变：R16E K27E 突变：R16E K27E 突变：R16E K27E 突变：R16E K27E 突变：R16E K27E 突变：R16E K27E 突变：R16E K27E 突变：R16E K27E 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Grids were blotted with Whatman No. 1 filter paper for 4-8 seconds with a 0 mm offset at 19C and 100 percent humidity before plunging into liquid ethane.
分辨率 7.20 Å
7S7J Structure of Human SPASTIN-IST1 complex. 提交 2021-09-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 342–364（23 aa） 片段：UNP residues 342-364
未记录 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 CA CALCIUM ION × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；278 K；40% v/v PEG 300, 100 mM Sodium cacodylate / Hydrochloric acid pH=6.5, 200 mM Calcium Acetate
分辨率 1.15 Å R-free 0.157
8UC6 Calpain-7:IST1 Complex 提交 2023-09-25 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 335–379（45 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.2；294 K；Both proteins were purified and concentrated to 20 mg/ml in buffer containing 25 mM Tris, pH 7.2, 150 mM NaCl, 1 mM TCEP, 0.5 mM EDTA. The proteins were mixed in a 1:2 molar ratio (CAPN7:IST1). Crystals grew at 21 C (294 K) in Rigaku Wizard Cryo condition D5 (25% (v/v) 1,2-Porpanediol, 100 mM Sodium phosphate dibasic/Citric acid pH 4.2, 5% (w/v) PEG 3000, 10% (v/v) Glycerol. Crystals were transferred briefly to crystallization buffer supplemented with 25% added glycerol prior to plunging in liquid nitrogen
分辨率 2.70 Å R-free 0.285
8UC6 Calpain-7:IST1 Complex 提交 2023-09-25 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 335–379（45 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.2；294 K；Both proteins were purified and concentrated to 20 mg/ml in buffer containing 25 mM Tris, pH 7.2, 150 mM NaCl, 1 mM TCEP, 0.5 mM EDTA. The proteins were mixed in a 1:2 molar ratio (CAPN7:IST1). Crystals grew at 21 C (294 K) in Rigaku Wizard Cryo condition D5 (25% (v/v) 1,2-Porpanediol, 100 mM Sodium phosphate dibasic/Citric acid pH 4.2, 5% (w/v) PEG 3000, 10% (v/v) Glycerol. Crystals were transferred briefly to crystallization buffer supplemented with 25% added glycerol prior to plunging in liquid nitrogen
分辨率 2.70 Å R-free 0.285
8V2Q CHMP1B/IST1 ssRNA bound copolymer 提交 2023-11-23 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 182 PDB 声明：182-meric
链 B 1–364（364 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.95 Å
8V2S CHMP1B/IST1 dsDNA bound copolymer 提交 2023-11-23 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 192 PDB 声明：192-meric
链 B 1–364（364 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.72 Å

共 15 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IST1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–364； UniProt 1–364

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8v2r

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8v2r
下载 Download
▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8v2r
沉积日期 deposition_date2023-11-23
最后修订 last_revision2024-11-27
结构标题 titleCryoEM of ssDNA bound CHMP1B/IST1 copolymer assembly
关键词 keywordsnucleic acid binding protein in vitro, RNA BINDING PROTEIN, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier42.35 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron43.38 Å
零角强度 I(0) i027988900.00
分子量 molecular_weight41751.0 kDa
排除体积 excluded_volume52403 ų
包络体积 envelope_volume90132 ų
水化壳体积 shell_volume20752 ų
包络直径 envelope_diameter152.6 Å
壳层 Rg shell_rg39.89 Å
包络 Rg envelope_rg43.28 Å
形状 Rg shape_rg43.33 Å
总 Rg total_rg43.26 Å
总原子数 total_atoms2916
残基数 n_residues368
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax159.2 Å
Rg (实空间) rg_real43.39 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.92 Å
I(0) (实空间) i0_real2.7990e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.9230e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal42.36 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal27960000.0000
解质量估计 total_estimate0.6296
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary30.1 Å
偏度 Skewness skewness0.654
峰度 Kurtosis kurtosis-0.631
角度范围 angular_range— – 0.1850 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1279000.0000
实空间数据点数 n_real_points38
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.098; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.045; Smooth: 0.843
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

▶

8. 引用文献 (1)

▶

9. 文件与曲线 (10)