8v8u

PI3Ka H1047R co-crystal structure with inhibitor in cryptic pocket near H1047R (compound 12).

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 195.9 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha isoform

Homo sapiens

UniProt P42336

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–1068 突变:H1047R Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha × 1 (P27986) 1LT (2S)-N~1~-{4-methyl-5-[2-(1,1,1-trifluoro-2-methylpropan-2-yl)pyridin-4-yl]-1,3-thiazol-2-yl}pyrrolidine-1,2-dicarboxamide × 1 YQB (3S)-9-[(1R)-1-(2-carboxyanilino)ethyl]-3-cyano-7-methyl-4-oxo-2-(piperidin-1-yl)-3,4-dihydropyrido[1,2-a]pyrimidin-5-ium × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;291 K;0.3-0.6 M Sodium Formate, 0.1 M Citrate pH 5.0 分辨率 2.93 Å R-free 0.255
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–1068 突变:H1047R Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha × 1 (P27986) 1LT (2S)-N~1~-{4-methyl-5-[2-(1,1,1-trifluoro-2-methylpropan-2-yl)pyridin-4-yl]-1,3-thiazol-2-yl}pyrrolidine-1,2-dicarboxamide × 1 YQB (3S)-9-[(1R)-1-(2-carboxyanilino)ethyl]-3-cyano-7-methyl-4-oxo-2-(piperidin-1-yl)-3,4-dihydropyrido[1,2-a]pyrimidin-5-ium × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;291 K;0.3-0.6 M Sodium Formate, 0.1 M Citrate pH 5.0 分辨率 2.93 Å R-free 0.255

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 134 个其他 PDB 条目、144 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PK3CA_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 5–1072; UniProt 1–1068 作者链 C; PDB构建体 5–1072; UniProt 1–1068

Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha

Homo sapiens

UniProt P27986

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 322–600 未记录 Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha isoform × 1 (P42336) 1LT (2S)-N~1~-{4-methyl-5-[2-(1,1,1-trifluoro-2-methylpropan-2-yl)pyridin-4-yl]-1,3-thiazol-2-yl}pyrrolidine-1,2-dicarboxamide × 1 YQB (3S)-9-[(1R)-1-(2-carboxyanilino)ethyl]-3-cyano-7-methyl-4-oxo-2-(piperidin-1-yl)-3,4-dihydropyrido[1,2-a]pyrimidin-5-ium × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;291 K;0.3-0.6 M Sodium Formate, 0.1 M Citrate pH 5.0 分辨率 2.93 Å R-free 0.255
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 322–600 未记录 Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha isoform × 1 (P42336) 1LT (2S)-N~1~-{4-methyl-5-[2-(1,1,1-trifluoro-2-methylpropan-2-yl)pyridin-4-yl]-1,3-thiazol-2-yl}pyrrolidine-1,2-dicarboxamide × 1 YQB (3S)-9-[(1R)-1-(2-carboxyanilino)ethyl]-3-cyano-7-methyl-4-oxo-2-(piperidin-1-yl)-3,4-dihydropyrido[1,2-a]pyrimidin-5-ium × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;291 K;0.3-0.6 M Sodium Formate, 0.1 M Citrate pH 5.0 分辨率 2.93 Å R-free 0.255

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 103 个其他 PDB 条目、115 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 P85A_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–279; UniProt 322–600 作者链 D; PDB构建体 1–279; UniProt 322–600

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8v8u

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8v8u
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8v8u
沉积日期 deposition_date2023-12-06
结构标题 titlePI3Ka H1047R co-crystal structure with inhibitor in cryptic pocket near H1047R (compound 12).
关键词 keywordsH1047R, PI3K, PI3Ka, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier51.27
回转半径 Rg (电子) rg_electron51.23
零角强度 I(0) i01377000000.00
分子量 molecular_weight311840.0 kDa
排除体积 excluded_volume391320 ų
包络体积 envelope_volume543510 ų
水化壳体积 shell_volume88828 ų
包络直径 envelope_diameter210.2
壳层 Rg shell_rg54.65
包络 Rg envelope_rg50.65
形状 Rg shape_rg51.20
总 Rg total_rg51.45
总原子数 total_atoms21902
残基数 n_residues2645
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax195.9
Rg (实空间) rg_real51.45
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.21
I(0) (实空间) i0_real1.3770e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.9190e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal51.12
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1376000000.0000
解质量估计 total_estimate0.5848
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary56.9
偏度 Skewness skewness0.525
峰度 Kurtosis kurtosis-0.005
角度范围 angular_range— – 0.1550 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha191100000.0000
实空间数据点数 n_real_points32
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.600; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.003; Positv: 1.000; Valcen: 0.828; Smooth: 0.963

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)