SAXSdb — 8vsv

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Spike glycoprotein E1

Eastern equine encephalitis virus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 16 其他聚合物 6 PDB 声明：16-meric（16）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 802–1201 链 B； UniProt 802–1201 链 C； UniProt 802–1201 链 D； UniProt 802–1201 链 E； UniProt 802–1201 链 F； UniProt 802–1201	未记录	IgG EEEV-373 Heavy chain × 2 IgG EEEV-373 Light chain. × 2 E2 glycoprotein × 6 （A9XR09） beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8VSV	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7N69 Pre-fusion state 2 of EEEV with localized reconstruction 提交 2021-06-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 802–1242（441 aa）链 B 325–744（420 aa）链 C 802–1242（441 aa）链 D 325–744（420 aa）链 E 802–1242（441 aa）链 F 325–744（420 aa）链 G 802–1242（441 aa）链 H 325–744（420 aa）链 I 802–1242（441 aa）链 J 325–744（420 aa）链 K 802–1242（441 aa）链 L 325–744（420 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 5.5；pH 5.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot for 3.3 seconds before plunging	分辨率 14.10 Å
7N6A Pre-fusion state 1 of EEEV with localized reconstruction 提交 2021-06-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 802–1242（441 aa）链 B 325–744（420 aa）链 C 802–1242（441 aa）链 D 325–744（420 aa）链 E 802–1242（441 aa）链 F 325–744（420 aa）链 G 802–1242（441 aa）链 H 325–744（420 aa）链 I 802–1242（441 aa）链 J 325–744（420 aa）链 K 802–1242（441 aa）链 L 325–744（420 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 5.5；pH 5.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot for 3.3 seconds before plunging	分辨率 14.30 Å
7V0N Cryo-EM structure of SINV/EEEV in complex with Fab fragment of a moderately/weakly neutralizing human antibody IgG-21 提交 2022-05-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 A 802–1201（400 aa）链 B 802–1201（400 aa）链 C 802–1201（400 aa）链 D 802–1201（400 aa）链 a 325–666（342 aa）链 b 325–666（342 aa）链 c 325–666（342 aa）链 d 325–666（342 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.90 Å
7V0O Cryo-EM structure of SINV/EEEV in complex with Fab fragment of a moderately/weakly neutralizing human antibody IgG-94 提交 2022-05-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 A 802–1201（400 aa）链 B 802–1201（400 aa）链 C 802–1201（400 aa）链 D 802–1201（400 aa）链 a 325–666（342 aa）链 b 325–666（342 aa）链 c 325–666（342 aa）链 d 325–666（342 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.60 Å
7V0P Cryo-EM structure of SINV/EEEV in complex with Fab fragment of a potently neutralizing human antibody IgG-106 提交 2022-05-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 A 802–1201（400 aa）链 B 802–1201（400 aa）链 C 802–1201（400 aa）链 D 802–1201（400 aa）链 a 325–666（342 aa）链 b 325–666（342 aa）链 c 325–666（342 aa）链 d 325–666（342 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.20 Å
8XI4 Structure of Eastern Equine Encephalitis VLP in complex with the receptor VLDLR LA1-2 提交 2023-12-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：16-meric	链 A 802–1242（441 aa）链 B 325–744（420 aa）链 C 1–261（261 aa）链 D 802–1242（441 aa）链 E 325–744（420 aa）链 F 1–261（261 aa）链 G 802–1242（441 aa）链 H 325–744（420 aa）链 I 1–261（261 aa）链 J 802–1242（441 aa）链 K 325–744（420 aa）链 L 1–261（261 aa）	突变：K67N 突变：K67N 突变：K67N 突变：K67N	CA CALCIUM ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8XI5 Structure of Eastern Equine Encephalitis VLP in complex with the receptor VLDLR LA3-5 提交 2023-12-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：20-meric	链 A 802–1242（441 aa）链 B 325–744（420 aa）链 C 1–261（261 aa）链 D 802–1242（441 aa）链 E 325–744（420 aa）链 F 1–261（261 aa）链 G 802–1242（441 aa）链 H 325–744（420 aa）链 I 1–261（261 aa）链 J 802–1242（441 aa）链 K 325–744（420 aa）链 L 1–261（261 aa）	突变：K67N 突变：K67N 突变：K67N 突变：K67N	CA CALCIUM ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8YS2 Overall structure of Eastern Equine Encephalitis virus VLP in complex with the receptor VLDLR LA1-2 提交 2024-03-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 960 PDB 声明：960-meric	链 A 802–1242（441 aa）链 B 325–744（420 aa）链 C 1–261（261 aa）链 D 802–1242（441 aa）链 E 325–744（420 aa）链 F 1–261（261 aa）链 G 802–1242（441 aa）链 H 325–744（420 aa）链 I 1–261（261 aa）链 J 802–1242（441 aa）链 K 325–744（420 aa）链 L 1–261（261 aa）	突变：K67N 突变：K67N 突变：K67N 突变：K67N	CA CALCIUM ION × 480	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.20 Å
8YS4 Overall structure of Eastern Equine Encephalitis virus VLP in complex with the receptor VLDLR LA3-5 提交 2024-03-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 1200 PDB 声明：1200-meric	链 A 802–1242（441 aa）链 B 325–744（420 aa）链 C 1–261（261 aa）链 D 802–1242（441 aa）链 E 325–744（420 aa）链 F 1–261（261 aa）链 G 802–1242（441 aa）链 H 325–744（420 aa）链 I 1–261（261 aa）链 J 802–1242（441 aa）链 K 325–744（420 aa）链 L 1–261（261 aa）	突变：K67N 突变：K67N 突变：K67N 突变：K67N	CA CALCIUM ION × 480	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.80 Å
9AY1 Cryo-EM structure of SINV/EEEV in complex with a potently neutralizing human antibody IgG EEEV-373 提交 2024-03-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 600 PDB 声明：600-meric	链 A 802–1201（400 aa）链 B 802–1201（400 aa）链 C 802–1201（400 aa）链 D 802–1201（400 aa）	未记录	BMA beta-D-mannopyranose × 60 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 240	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.60 Å
9AY1 Cryo-EM structure of SINV/EEEV in complex with a potently neutralizing human antibody IgG EEEV-373 提交 2024-03-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 802–1201（400 aa）链 B 802–1201（400 aa）链 C 802–1201（400 aa）链 D 802–1201（400 aa）	未记录	BMA beta-D-mannopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.60 Å
9AY1 Cryo-EM structure of SINV/EEEV in complex with a potently neutralizing human antibody IgG EEEV-373 提交 2024-03-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：50-meric	链 A 802–1201（400 aa）链 B 802–1201（400 aa）链 C 802–1201（400 aa）链 D 802–1201（400 aa）	未记录	BMA beta-D-mannopyranose × 5 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 20	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.60 Å
9AY1 Cryo-EM structure of SINV/EEEV in complex with a potently neutralizing human antibody IgG EEEV-373 提交 2024-03-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 4 其他组合异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric	链 A 802–1201（400 aa）链 B 802–1201（400 aa）链 C 802–1201（400 aa）链 D 802–1201（400 aa）	未记录	BMA beta-D-mannopyranose × 6 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.60 Å
9AY1 Cryo-EM structure of SINV/EEEV in complex with a potently neutralizing human antibody IgG EEEV-373 提交 2024-03-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 5 其他组合异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 802–1201（400 aa）链 B 802–1201（400 aa）链 C 802–1201（400 aa）链 D 802–1201（400 aa）	未记录	BMA beta-D-mannopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.60 Å

共 10 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POLS_EEEVF
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–400； UniProt 802–1201 作者链 B； PDB构建体 1–400； UniProt 802–1201 作者链 C； PDB构建体 1–400； UniProt 802–1201 作者链 D； PDB构建体 1–400； UniProt 802–1201 作者链 E； PDB构建体 1–400； UniProt 802–1201 作者链 F； PDB构建体 1–400； UniProt 802–1201

E2 glycoprotein

Eastern equine encephalitis virus

UniProt A9XR09

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 16 其他聚合物 6 PDB 声明：16-meric（16）与蛋白拷贝数一致	链 a； UniProt 1–338 链 b； UniProt 1–338 链 c； UniProt 1–338 链 d； UniProt 1–338 链 e； UniProt 1–338 链 f； UniProt 1–338	未记录	IgG EEEV-373 Heavy chain × 2 IgG EEEV-373 Light chain. × 2 Spike glycoprotein E1 × 6 （Q4QXJ7） beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8VSV	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9AY1 Cryo-EM structure of SINV/EEEV in complex with a potently neutralizing human antibody IgG EEEV-373 提交 2024-03-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 600 PDB 声明：600-meric	链 a 1–338（338 aa）链 b 1–338（338 aa）链 c 1–338（338 aa）链 d 1–338（338 aa）	未记录	BMA beta-D-mannopyranose × 60 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 240	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.60 Å
9AY1 Cryo-EM structure of SINV/EEEV in complex with a potently neutralizing human antibody IgG EEEV-373 提交 2024-03-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 a 1–338（338 aa）链 b 1–338（338 aa）链 c 1–338（338 aa）链 d 1–338（338 aa）	未记录	BMA beta-D-mannopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.60 Å
9AY1 Cryo-EM structure of SINV/EEEV in complex with a potently neutralizing human antibody IgG EEEV-373 提交 2024-03-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：50-meric	链 a 1–338（338 aa）链 b 1–338（338 aa）链 c 1–338（338 aa）链 d 1–338（338 aa）	未记录	BMA beta-D-mannopyranose × 5 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 20	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.60 Å
9AY1 Cryo-EM structure of SINV/EEEV in complex with a potently neutralizing human antibody IgG EEEV-373 提交 2024-03-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 4 其他组合异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric	链 a 1–338（338 aa）链 b 1–338（338 aa）链 c 1–338（338 aa）链 d 1–338（338 aa）	未记录	BMA beta-D-mannopyranose × 6 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.60 Å
9AY1 Cryo-EM structure of SINV/EEEV in complex with a potently neutralizing human antibody IgG EEEV-373 提交 2024-03-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 5 其他组合异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 a 1–338（338 aa）链 b 1–338（338 aa）链 c 1–338（338 aa）链 d 1–338（338 aa）	未记录	BMA beta-D-mannopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.60 Å
9YAW Localized reconstruction of the asymmetric unit of SINV/EEEV in complex with Fab EEEV-33 at arm 4 at pH 5.6. 提交 2025-09-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：14-meric	链 a 2–419（418 aa）链 b 1–419（419 aa）链 c 1–419（419 aa）链 d 2–419（418 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 5.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
9YB3 Localized reconstruction of the asymmetric unit of SINV/EEEV. 提交 2025-09-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric	链 a 2–419（418 aa）链 b 1–419（419 aa）链 c 1–419（419 aa）链 d 2–419（418 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
9YB4 Localized reconstruction of the asymmetric unit of the low pH treated back neutralized SINV/EEEV. 提交 2025-09-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric	链 a 2–419（418 aa）链 b 1–419（419 aa）链 c 1–419（419 aa）链 d 2–419（418 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å

共 4 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A9XR09_EEEV
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 a； PDB构建体 1–338； UniProt 1–338 作者链 b； PDB构建体 1–338； UniProt 1–338 作者链 c； PDB构建体 1–338； UniProt 1–338 作者链 d； PDB构建体 1–338； UniProt 1–338 作者链 e； PDB构建体 1–338； UniProt 1–338 作者链 f； PDB构建体 1–338； UniProt 1–338

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8vsv
沉积日期 deposition_date	2024-01-24
结构标题 title	Cryo-EM structure of SINV/EEEV in complex with a potently neutralizing intact human antibody EEEV-373
关键词 keywords	;Cryo-EM, Single particle averaging, virus neutralization, intact human antibody, quaternary epitope, intra-virion crosslink, Virus-Immune system complex., VIRUS ;; VIRUS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	— Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	107.40 Å
零角强度 I(0) i0	4650400000.00
分子量 molecular_weight	542870.0 kDa
排除体积 excluded_volume	661980 Å³
包络体积 envelope_volume	1407200 Å³
水化壳体积 shell_volume	111490 Å³
包络直径 envelope_diameter	324.1 Å
壳层 Rg shell_rg	102.90 Å
包络 Rg envelope_rg	98.54 Å
形状 Rg shape_rg	107.30 Å
总 Rg total_rg	107.80 Å
总原子数 total_atoms	38222
残基数 n_residues	5312
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	273.7 Å
Rg (实空间) rg_real	101.20 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.29 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.4790e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.5390e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	95.58 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	4502000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7789
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	58.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.224
峰度 Kurtosis kurtosis	-1.197
角度范围 angular_range	— – 0.0700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.8129
最高正则化参数 α highest_alpha	112800000.0000
实空间数据点数 n_real_points	15
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.711; Stabil: 0.870; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.385; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	IgG EEEV-373 Heavy chain
分子量 formula_weight	24386.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1,3
原子数 atom_count	38222

QVQLVESGGGVVQPGRSLRLSCAASGFTFSSHVMYWVRQAPGKGLEWVAVITYDGGNKYYADSVRGRLTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCASPRGDSGSYYDIDYFDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	IgG EEEV-373 Light chain.
分子量 formula_weight	23296.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	2,4

DIQMTQSPSAMSASVGDRVTITCRASQGISNYLAWFQQKPGKVPKRLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTEFTLTISSLQPEDFATYYCLQHNTSPSPFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKLYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Spike glycoprotein E1
分子量 formula_weight	43628.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F

YEHTAVMPNKVGIPYKALVERPGYAPVHLQIQLVNTRIIPSTNLEYITCKYKTKVPSPVVKCCGATQCTSKPHPDYQCQVFTGVYPFMWGGAYCFCDTENTQMSEAYVERSEECSIDHAKAYKVHTGTVQAMVNITYGSVSWRSADVYVNGETPAKIGDAKLIIGPLSSAWSPFDNKVVVYGHEVYNYDFPEYGTGKAGSFGDLQSRTSTSNDLYANTNLKLQRPQAGIVHTPFTQAPSGFERWKRDKGAPLNDVAPFGCSIALEPLRAENCAVGSIPISIDIPDAAFTRISETPTVSDLECKITECTYASDFGGIATVAYKSSKAGNCPIHSPSGVAVIKENDVTLAESGSFTFHFSTANIHPAFKLQVCTSAVTCKGDCKPPKDHIVDYPAQHTESFT

来源 Source

来源生物 organism	Eastern equine encephalitis virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11021
宿主生物 host_organism	Mesocricetus auratus

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	E2 glycoprotein
分子量 formula_weight	37921.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	a,b,c,d,e,f

DLDTHFTQYKLARPYIADCPNCGHSRCDSPIAIEEVRGDAHAGVIRIQTSAMFGLKTDGVDLAYMSFMNGKTQKSIKIDNLHVRTSAPCSLVSHHGYYILAQCPPGDTVTVGFHDGPNRHTCTVAHKVEFRPVGREKYRHPPEHGVELPCNRYTHKRADQGHYVEMHQPGLVADHSLLSIHSAKVKITVPSGAQVKYYCKCPDVREGITSSDHTTTCTDVKQCRAYLIDNKKWVYNSGRLPRGEGDTFKGKLHVPFVPVKAKCIATLAPEPLVEHKHRTLILHLHPDHPTLLTTRSLGSDANPTRQWIERPTTVNFTVTGEGLEYTWGNHPPKRVWAQ

来源 Source

来源生物 organism	Eastern equine encephalitis virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11021
宿主生物 host_organism	Mesocricetus auratus

实体 5 Entity 5 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

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8. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.80 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	271460

fit	/app/data/saxs_computation/vs/8vsv/8vsv.fit
pddf	/app/data/pr_computation/vs/8vsv/8vsv.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/vs/8vsv/8vsv.dat

Cryo-EM structure of SINV/EEEV in complex with a potently neutralizing intact human antibody EEEV-373

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Spike glycoprotein E1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

E2 glycoprotein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 branched

实体 6 Entity 6 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)