8vvm

Structure of FabS1CE1-EPR1-1 in complex with the erythropoietin receptor

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 117.6 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8vvm
沉积日期 deposition_date	2024-01-31
结构标题 title	Structure of FabS1CE1-EPR1-1 in complex with the erythropoietin receptor
关键词 keywords	proliferation, engineered antibody, high-affinity binding, enhanced crystallization, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	35.78 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.28 Å
零角强度 I(0) i0	201391000.00
分子量 molecular_weight	112860.0 kDa
排除体积 excluded_volume	140610 Å³
包络体积 envelope_volume	192050 Å³
水化壳体积 shell_volume	46715 Å³
包络直径 envelope_diameter	124.5 Å
壳层 Rg shell_rg	40.49 Å
包络 Rg envelope_rg	34.99 Å
形状 Rg shape_rg	35.25 Å
总 Rg total_rg	35.75 Å
总原子数 total_atoms	7937
残基数 n_residues	1052
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	117.6 Å
Rg (实空间) rg_real	35.77 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.76 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0140e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.9270e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	35.78 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	201400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8840
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	42.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.331
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.340
角度范围 angular_range	— – 0.2200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	16770000.0000
实空间数据点数 n_real_points	45
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.882; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.843

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	S1CE1 VARIANT OF FAB-EPR-1 heavy chain
分子量 formula_weight	24024.0 kDa
突变 mutation	E162G
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	7951

EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFNLRSYYMHWVRQAPGKGLEWVASISPYYSYTYYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARHGYGAMDYWGQGTLVTVFNQIKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPGPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	S1CE1 VARIANT OF FAB-EPR-1 light chain
分子量 formula_weight	23049.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,C

DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSVSSAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASSLYSGVPSRFSGSRSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQSSYSLITFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVSWYVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTQGTTSVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	Erythropoietin receptor
分子量 formula_weight	25680.0 kDa
突变 mutation	residues 22-250
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

APPPNLPDPKFESKAALLAARGPEELLCFTERLEDLVCFWEEAASAGVGPGNYSFSYQLEDEPWKLCRLHQAPTARGAVRFWCSLPTADTSSFVPLELRVTAASGAPRYHRVIHINEVVLLDAPVGLVARLADESGHVVLRWLPPPETPMTSHIRYEVDVSAGNGAGSVQRVEILEGRTECVLSNLRGRTRYTFAVRARMAEPSFGGFWSAWSEPVSLLTPSDLDPHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 5 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 6 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 7 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	73.165 Å
晶胞边长 b length_b	91.612 Å
晶胞边长 c length_c	216.735 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	84.380 Å
R 因子 r_factor	0.2216
R_work r_work	0.2191
R_free r_free	0.2727

fit	/app/data/saxs_computation/vv/8vvm/8vvm.fit
pddf	/app/data/pr_computation/vv/8vvm/8vvm.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/vv/8vvm/8vvm.dat

Structure of FabS1CE1-EPR1-1 in complex with the erythropoietin receptor

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)