SAXSdb — 8vya

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SARS-CoV-2 Omicron variant spike glycoprotein N-terminal heptad repeat domain (Q954H)

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 6	water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SPIKE_SARS2
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–56； UniProt 912–966 作者链 B； PDB构建体 2–56； UniProt 912–966 作者链 C； PDB构建体 2–56； UniProt 912–966 作者链 D； PDB构建体 2–37； UniProt 1168–1203 作者链 E； PDB构建体 2–37； UniProt 1168–1203 作者链 F； PDB构建体 2–37； UniProt 1168–1203

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8vya
沉积日期 deposition_date	2024-02-07
结构标题 title	SARS-CoV-2 Omicron Variant Spike Glycoprotein Fusion Core (Q954H)
关键词 keywords	SARS-CoV-2, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8vya__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8vya__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8vya__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	23.41 Å
Rg（电子密度）	23.49 Å
总 Rg	24.07 Å
原子数	3963
残基数	256
排除体积	34879 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8vya__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	SARS-CoV-2 Omicron variant spike glycoprotein N-terminal heptad repeat domain (Q954H)
分子量 formula_weight	5982.7 kDa
突变 mutation	Q954H
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	4022

XTQNVLYENQKLIANQFNSAIGKIQDSLSSTASALGKLQDVVNHNAQALNTLVKQLX

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	SARS-CoV-2 Omicron variant spike glycoprotein C-terminal heptad repeat domain
分子量 formula_weight	4035.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,F

XDISGINASVVNIQKEIDRLNEVAKNLNESLIDLQELX

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	59

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晶胞边长 a length_a	51.375 Å
晶胞边长 b length_b	56.686 Å
晶胞边长 c length_c	84.347 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.120 Å
最低分辨率 resolution_low	43.880 Å
R 因子 r_factor	0.2191
R_work r_work	0.2156
R_free r_free	0.2498

SARS-CoV-2 Omicron Variant Spike Glycoprotein Fusion Core (Q954H)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SARS-CoV-2 Omicron variant spike glycoprotein N-terminal heptad repeat domain (Q954H)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8vya__assembly_1__model_1

8vya__assembly_1__model_1 | I(q)

8vya__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

7. 引用文献 (1)

SARS-CoV-2 Omicron Variant Spike Glycoprotein Fusion Core (Q954H)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SARS-CoV-2 Omicron variant spike glycoprotein N-terminal heptad repeat domain (Q954H)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8vya__assembly_1__model_1

8vya__assembly_1__model_1 | I(q)

8vya__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

7. 引用文献 (1)