8w8k

Crystal structures of HSP90 and the compound Ganetespid in the "closed" conformation

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 91.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Heat shock protein HSP 90-alpha

Homo sapiens

UniProt P07900

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 9–236 未记录 TUH 5-[2,4-dihydroxy-5-(propan-2-yl)phenyl]-4-(1-methyl-1H-indol-5-yl)-2,4-dihydro-3H-1,2,4-triazol-3-one × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.5;277 K;100 mM Bis-Tris, pH 8.5, 20% PEG 3355, 200 mM NaF 分辨率 2.25 Å R-free 0.220
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 9–236 未记录 TUH 5-[2,4-dihydroxy-5-(propan-2-yl)phenyl]-4-(1-methyl-1H-indol-5-yl)-2,4-dihydro-3H-1,2,4-triazol-3-one × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.5;277 K;100 mM Bis-Tris, pH 8.5, 20% PEG 3355, 200 mM NaF 分辨率 2.25 Å R-free 0.220

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 438 个其他 PDB 条目、529 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HS90A_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 14–241; UniProt 9–236 作者链 B; PDB构建体 14–241; UniProt 9–236

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8w8k

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8w8k
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8w8k
沉积日期 deposition_date2023-09-03
结构标题 titleCrystal structures of HSP90 and the compound Ganetespid in the "closed" conformation
关键词 keywordsHSP90, ATPase, NTD, Inhibitor, CHAPERONE; CHAPERONE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier27.23
回转半径 Rg (电子) rg_electron26.44
零角强度 I(0) i036244200.00
分子量 molecular_weight47377.0 kDa
排除体积 excluded_volume59687 ų
包络体积 envelope_volume73399 ų
水化壳体积 shell_volume24390 ų
包络直径 envelope_diameter91.2
壳层 Rg shell_rg31.95
包络 Rg envelope_rg26.53
形状 Rg shape_rg26.44
总 Rg total_rg27.08
总原子数 total_atoms3339
残基数 n_residues418
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax91.2
Rg (实空间) rg_real27.45
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.80
I(0) (实空间) i0_real3.6240e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.6940e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal27.39
I(0) (倒空间) i0_reciprocal36240000.0000
解质量估计 total_estimate0.8463
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary26.8
偏度 Skewness skewness0.500
峰度 Kurtosis kurtosis-0.411
角度范围 angular_range— – 0.2900 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha6533000.0000
实空间数据点数 n_real_points59
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.772; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.863; Smooth: 0.818

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)