8we8

Human L-type voltage-gated calcium channel Cav1.2 in the presence of calciseptine, amlodipine and pinaverium at 2.9 Angstrom resolution

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 206.7 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1C

Homo sapiens

UniProt Q13936

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 4 其他聚合物 5 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–2201 未记录 Voltage-dependent calcium channel subunit alpha-2/delta-1 × 1 (P54289) Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-3 × 1 (P54284) Calciseptin × 1 (P22947) ;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 ;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 CA CALCIUM ION × 2 CLR CHOLESTEROL × 5 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 PT5 [(2R)-1-octadecanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phospho ryl]oxy-propan-2-yl] (8Z)-icosa-5,8,11,14-tetraenoate × 1 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 1 6UB amlodipine × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 23 个其他 PDB 条目、39 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CAC1C_HUMAN
Isoform Q13936-4
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–2201; UniProt 1–2201

Voltage-dependent calcium channel subunit alpha-2/delta-1

Homo sapiens

UniProt P54289

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 4 其他聚合物 5 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–1103 未记录 Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1C × 1 (Q13936) Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-3 × 1 (P54284) Calciseptin × 1 (P22947) ;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 ;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 CA CALCIUM ION × 2 CLR CHOLESTEROL × 5 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 PT5 [(2R)-1-octadecanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phospho ryl]oxy-propan-2-yl] (8Z)-icosa-5,8,11,14-tetraenoate × 1 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 1 6UB amlodipine × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 29 个其他 PDB 条目、29 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CA2D1_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–1103; UniProt 1–1103

Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-3

Homo sapiens

UniProt P54284

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 4 其他聚合物 5 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–484 未记录 Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1C × 1 (Q13936) Voltage-dependent calcium channel subunit alpha-2/delta-1 × 1 (P54289) Calciseptin × 1 (P22947) ;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 ;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 CA CALCIUM ION × 2 CLR CHOLESTEROL × 5 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 PT5 [(2R)-1-octadecanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phospho ryl]oxy-propan-2-yl] (8Z)-icosa-5,8,11,14-tetraenoate × 1 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 1 6UB amlodipine × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 15 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CACB3_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–484; UniProt 1–484

Calciseptin

物种未注明

UniProt P22947

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 4 其他聚合物 5 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–60 未记录 Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1C × 1 (Q13936) Voltage-dependent calcium channel subunit alpha-2/delta-1 × 1 (P54289) Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-3 × 1 (P54284) ;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 ;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 CA CALCIUM ION × 2 CLR CHOLESTEROL × 5 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 PT5 [(2R)-1-octadecanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phospho ryl]oxy-propan-2-yl] (8Z)-icosa-5,8,11,14-tetraenoate × 1 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 1 6UB amlodipine × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 3SLS_DENPO
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–60; UniProt 1–60

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8we8

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8we8
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8we8
沉积日期 deposition_date2023-09-17
结构标题 titleHuman L-type voltage-gated calcium channel Cav1.2 in the presence of calciseptine, amlodipine and pinaverium at 2.9 Angstrom resolution
关键词 keywordsCav1.2, Channels, Calcium Ion-Selective, TRANSPORT PROTEIN, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier58.80
回转半径 Rg (电子) rg_electron58.85
零角强度 I(0) i01203880000.00
分子量 molecular_weight302690.0 kDa
排除体积 excluded_volume384420 ų
包络体积 envelope_volume601490 ų
水化壳体积 shell_volume90690 ų
包络直径 envelope_diameter226.5
壳层 Rg shell_rg54.09
包络 Rg envelope_rg60.16
形状 Rg shape_rg58.86
总 Rg total_rg58.67
总原子数 total_atoms21309
残基数 n_residues2593
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax206.7
Rg (实空间) rg_real59.50
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.26
I(0) (实空间) i0_real1.2040e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.7210e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal58.18
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1201000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8319
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary61.2
偏度 Skewness skewness0.689
峰度 Kurtosis kurtosis0.208
角度范围 angular_range— – 0.1350 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0007
最高正则化参数 α highest_alpha82280000.0000
实空间数据点数 n_real_points28
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.757; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.864; Smooth: 0.674

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (13)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)