8wej

Structure of human phagocyte NADPH oxidase in the activated state

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytochrome b-245 light chain

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 7 其他聚合物 1	Cytochrome b-245 heavy chain × 1 （P04839） Neutrophil cytosol factor 1 × 1 （P14598） Neutrophil cytosolic factor 2 (65kDa, chronic granulomatous disease, autosomal 2), isoform CRA_a × 1 （A0A024R936） Rac family small GTPase 1 × 1 （A0A8C8XFZ1） 7D5 Fab heavy chain × 1 7D5 Fab light chain × 1 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 MAGNESIUM ION × 2 NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CY24A_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–195； UniProt 1–195

Cytochrome b-245 heavy chain

Homo sapiens

UniProt P04839

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 7 其他聚合物 1	Cytochrome b-245 light chain × 1 （P13498） Neutrophil cytosol factor 1 × 1 （P14598） Neutrophil cytosolic factor 2 (65kDa, chronic granulomatous disease, autosomal 2), isoform CRA_a × 1 （A0A024R936） Rac family small GTPase 1 × 1 （A0A8C8XFZ1） 7D5 Fab heavy chain × 1 7D5 Fab light chain × 1 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 MAGNESIUM ION × 2 NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CY24B_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–570； UniProt 1–570

Neutrophil cytosol factor 1

Homo sapiens

UniProt P14598

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 7 其他聚合物 1	Cytochrome b-245 light chain × 1 （P13498） Cytochrome b-245 heavy chain × 1 （P04839） Neutrophil cytosolic factor 2 (65kDa, chronic granulomatous disease, autosomal 2), isoform CRA_a × 1 （A0A024R936） Rac family small GTPase 1 × 1 （A0A8C8XFZ1） 7D5 Fab heavy chain × 1 7D5 Fab light chain × 1 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 MAGNESIUM ION × 2 NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NCF1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–286； UniProt 1–286

Neutrophil cytosolic factor 2 (65kDa, chronic granulomatous disease, autosomal 2), isoform CRA_a

Homo sapiens

UniProt A0A024R936

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 7 其他聚合物 1	Cytochrome b-245 light chain × 1 （P13498） Cytochrome b-245 heavy chain × 1 （P04839） Neutrophil cytosol factor 1 × 1 （P14598） Rac family small GTPase 1 × 1 （A0A8C8XFZ1） 7D5 Fab heavy chain × 1 7D5 Fab light chain × 1 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 MAGNESIUM ION × 2 NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A024R936_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–306； UniProt 1–306

Rac family small GTPase 1

Homo sapiens

UniProt A0A8C8XFZ1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 7 其他聚合物 1	Cytochrome b-245 light chain × 1 （P13498） Cytochrome b-245 heavy chain × 1 （P04839） Neutrophil cytosol factor 1 × 1 （P14598） Neutrophil cytosolic factor 2 (65kDa, chronic granulomatous disease, autosomal 2), isoform CRA_a × 1 （A0A024R936） 7D5 Fab heavy chain × 1 7D5 Fab light chain × 1 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 MAGNESIUM ION × 2 NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	A0A8C8XFZ1_PANLE
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–192； UniProt 1–192

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8wej
沉积日期 deposition_date	2023-09-18
结构标题 title	Structure of human phagocyte NADPH oxidase in the activated state
关键词 keywords	NOX2, p22, CYBA, CYBB, TP1170, NOX, p67, Rac, p47, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8wej__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8wej__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8wej__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	48.95 Å
Rg（电子密度）	50.08 Å
总 Rg	49.87 Å
原子数	10658
残基数	1336
排除体积	191210 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8wej__assembly_1__model_1`	heptameric （7）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (15)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cytochrome b-245 light chain
分子量 formula_weight	21005.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	10659

MGQIEWAMWANEQALASGLILITGGIVATAGRFTQWYFGAYSIVAGVFVCLLEYPRGKRKKGSTMERWGQKYMTAVVKLFGPFTRNYYVRAVLHLLLSVPAGFLLATILGTACLAIASGIYLLAAVRGEQWTPIEPKPRERPQIGGTIKQPPSNPPPRPPAEARKKPSEEEAAAAAGGPPGGPQVNPIPVTDEVV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Cytochrome b-245 heavy chain
分子量 formula_weight	65412.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MGNWAVNEGLSIFVILVWLGLNVFLFVWYYRVYDIPPKFFYTRKLLGSALALARAPAACLNFNCMLILLPVCRNLLSFLRGSSACCSTRVRRQLDRNLTFHKMVAWMIALHSAIHTIAHLFNVEWCVNARVNNSDPYSVALSELGDRQNESYLNFARKRIKNPEGGLYLAVTLLAGITGVVITLCLILIITSSTKTIRRSYFEVFWYTHHLFVIFFIGLAIHGAERIVRGQTAESLAVHNITVCEQKISEWGKIKECPIPQFAGNPPMTWKWIVGPMFLYLCERLVRFWRSQQKVVITKVVTHPFKTIELQMKKKGFKMEVGQYIFVKCPKVSKLEWHPFTLTSAPEEDFFSIHIRIVGDWTEGLFNACGCDKQEFQDAWKLPKIAVDGPFGTASEDVFSYEVVMLVGAGIGVTPFASILKSVWYKYCNNATNLKLKKIYFYWLCRDTHAFEWFADLLQLLESQMQERNNAGFLSYNIYLTGWDESQANHFAVHHDEEKDVITGLKQKTLYGRPNWDNEFKTIASQHPNTRIGVFLCGPEALAETLSKQSISNSESGPRGVHFIFNKENF

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Neutrophil cytosol factor 1
分子量 formula_weight	32813.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MGDTFIRHIALLGFEKRFVPSQHYVYMFLVKWQDLSEKVVYRRFTEIYEFHKTLKEMFPIEAGAINPENRIIPHLPAPKWFDGQRAAENRQGTLTEYCSTLMSLPTKISRCPHLLDFFKVRPDDLKLPTDNQTKKPETYLMPKDGKSTATDITGPIILQTYRAIANYEKTSGSEMALSTGDVVEVVEKSESGWWFCQMKAKRGWIPASFLEPLDSPDETEDPEPNYAGEPYVAIKAYTAVEGDEVSLLEGEAVEVIHKLLDGWWVIRKDDVTGYFPSMYLQKSGQD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Neutrophil cytosolic factor 2 (65kDa, chronic granulomatous disease, autosomal 2), isoform CRA_a
分子量 formula_weight	34978.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MSLVEAISLWNEGVLAADKKDWKGALDAFSAVQDPHSRICFNIGCMYTILKNMTEAEKAFTRSINRDKHLAVAYFQRGMLYYQTEKYDLAIKDLKEALIQLRGNQLIDYKILGLQFKLFACEVLYNIAFMYAKKEEWKKAEEQLALATSMKSEPRHSKIDKAMECVWKQKLYEPVVIPVGRLFRPNERQVAQLAKKDYLGKATVVASVVDQDSFSGFAPLQPQAAEPPPRPKTPEIFRALEGEAHRVLFGFVPETKEELQVMPGNIVFVLKKGNDNWATVMFNGQKGLVPCNYLEPVELRIHPQQQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Rac family small GTPase 1
分子量 formula_weight	21463.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MQAIKCVVVGDGAVGKTCLLISYTTNAFPGEYIPTVFDNYSANVMVDGKPVNLGLWDTAGLEDYDRLRPLSYPQTDVFLICFSLVSPASFENVRAKWYPEVRHHCPNTPIILVGTKLDLRDDKDTIEKLKEKKLTPITYPQGLAMAKEIGAVKYLECSALTQRGLKTVFDEAIRAVLCPPPVKKRKRKCLLL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	7D5 Fab heavy chain
分子量 formula_weight	27603.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MKKNIAFLLASMFVFSIATNAYADVQLQESGPGLVKPSQSLSLTCSVTGYSLTSGSFWSWIRQFPGNKLEWMGYITYDGTSHFNPSLKSRFSITRDTSKNQFFLKLNSVTTEDTATYYCTRDPYRYDAMDFWGQGTSVTVSSAKTTPPSVYPLAPGSAAQTNSMVTLGCLVKGYFPEPVTVTWNSGSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVPSSTWPSETVTCNVAHPASSTKVDKKIVPRDLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	7D5 Fab light chain
分子量 formula_weight	26238.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

MKKNIAFLLASMFVFSIATNAYADIQLTQTTSSLSASLGDRVTISCRASQDISNYLNWYQQKPDGTVKLLIYYTSKLHSGVPSRFTASGSGRDYSLAISNLEQEDIATYFCQQVFSLPWTFGGGTKLEIKRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRNE

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 8 Entity 8 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 12 Entity 12 non-polymer

描述 description	NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
分子量 formula_weight	745.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 13 Entity 13 non-polymer

描述 description	DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	787.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 14 Entity 14 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	523.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 15 Entity 15 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.79 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	209359

Structure of human phagocyte NADPH oxidase in the activated state

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytochrome b-245 light chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cytochrome b-245 heavy chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Neutrophil cytosol factor 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Neutrophil cytosolic factor 2 (65kDa, chronic granulomatous disease, autosomal 2), isoform CRA_a

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Rac family small GTPase 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8wej__assembly_1__model_1

8wej__assembly_1__model_1 | I(q)

8wej__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (15)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 8 Entity 8 branched

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

实体 12 Entity 12 non-polymer

实体 13 Entity 13 non-polymer

实体 14 Entity 14 non-polymer