8wej

Structure of human phagocyte NADPH oxidase in the activated state

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 185.1 Å Quality: REASONABLE

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytochrome b-245 light chain

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 7 其他聚合物 1 PDB 声明：heptameric（7）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–195	未记录	Cytochrome b-245 heavy chain × 1 （P04839） Neutrophil cytosol factor 1 × 1 （P14598） Neutrophil cytosolic factor 2 (65kDa, chronic granulomatous disease, autosomal 2), isoform CRA_a × 1 （A0A024R936） Rac family small GTPase 1 × 1 （A0A8C8XFZ1） 7D5 Fab heavy chain × 1 7D5 Fab light chain × 1 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 FDA DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.79 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8WEJ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1WLP Solution Structure Of The P22Phox-P47Phox Complex 提交 2004-06-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 148–167（20 aa）片段：Alpha Polypeptide (1-25)	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
7U8G Cryo-EM structure of the core human NADPH oxidase NOX2 提交 2022-03-08	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–195（195 aa）	未记录	POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；0.03% DDM, 150 mM NaCl, 20 mM Tris cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
7YXW Structure of the p22phox A200G mutant in complex with p47phox peptide 提交 2022-02-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 151–168（18 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 1.2 M sodium citrate tribasic dihydrate, 1:1 protein:precipitant ratio	分辨率 2.50 Å R-free 0.269
8GZ3 Structure of human phagocyte NADPH oxidase in the resting state 提交 2022-09-24	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–195（195 aa）	未记录	FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 LBN 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
8KEI Cryo-EM structure of NADPH oxidase 2 in complex with p22phox and EROS 提交 2023-08-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 3–135（133 aa）	未记录	POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 LBN 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.56 Å
8X2L Structure of human phagocyte NADPH oxidase in the resting state in the presence of 2 mM NADPH 提交 2023-11-09	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–195（195 aa）	未记录	FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.99 Å

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CY24A_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–195； UniProt 1–195

Cytochrome b-245 heavy chain

Homo sapiens

UniProt P04839

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 7 其他聚合物 1 PDB 声明：heptameric（7）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–570	未记录	Cytochrome b-245 light chain × 1 （P13498） Neutrophil cytosol factor 1 × 1 （P14598） Neutrophil cytosolic factor 2 (65kDa, chronic granulomatous disease, autosomal 2), isoform CRA_a × 1 （A0A024R936） Rac family small GTPase 1 × 1 （A0A8C8XFZ1） 7D5 Fab heavy chain × 1 7D5 Fab light chain × 1 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 FDA DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.79 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 8WEJ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3A1F The crystal structure of NADPH binding domain of gp91(phox) 提交 2009-04-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 385–570（186 aa）片段：UNP residues 385-570	未记录	NI NICKEL (II) ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；12% PEG 3350, 0.1M sodium acetate pH 5.6, 0.4M NiCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.277
7U8G Cryo-EM structure of the core human NADPH oxidase NOX2 提交 2022-03-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–570（569 aa）片段：N-terminal 2x streptag followed by EGFP and TEV + thrombin cleavage sites.	未记录	POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；0.03% DDM, 150 mM NaCl, 20 mM Tris cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
8GZ3 Structure of human phagocyte NADPH oxidase in the resting state 提交 2022-09-24	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 1–570（570 aa）	未记录	FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 LBN 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
8KEI Cryo-EM structure of NADPH oxidase 2 in complex with p22phox and EROS 提交 2023-08-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 6–570（565 aa）	未记录	POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 LBN 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.56 Å
8X2L Structure of human phagocyte NADPH oxidase in the resting state in the presence of 2 mM NADPH 提交 2023-11-09	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–570（570 aa）	未记录	FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.99 Å

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CY24B_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–570； UniProt 1–570

Neutrophil cytosol factor 1

Homo sapiens

UniProt P14598

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 7 其他聚合物 1 PDB 声明：heptameric（7）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–286	未记录	Cytochrome b-245 light chain × 1 （P13498） Cytochrome b-245 heavy chain × 1 （P04839） Neutrophil cytosolic factor 2 (65kDa, chronic granulomatous disease, autosomal 2), isoform CRA_a × 1 （A0A024R936） Rac family small GTPase 1 × 1 （A0A8C8XFZ1） 7D5 Fab heavy chain × 1 7D5 Fab light chain × 1 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 FDA DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.79 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 8WEJ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1GD5 SOLUTION STRUCTURE OF THE PX DOMAIN FROM HUMAN P47PHOX NADPH OXIDASE 提交 2000-09-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–128（128 aa）片段：PX DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.5；293 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 1 NMR样品组成 0.6mM PX domain U-15N,13C; 5mM Na-MES buffer; 95% H2O, 5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
1K4U Solution structure of the C-terminal SH3 domain of p67phox complexed with the C-terminal tail region of p47phox 提交 2001-10-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 P 359–390（32 aa）片段：TAIL PEPTIDE (RESIDUES 359-390)	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.1；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM KCl；压力 1 NMR样品组成 0.7mM p67SH3(C) U-15N,13C; 0.77mM p47 tail peptide; 5mM MOPSO buffer; 30 mM d10-DTT; 100mM KCl \| 90% H2O, 10% D2O; 100% D2O NMR样品组成 0.5mM p47 tail peptide U-15N,13C; 0.55mM p67SH3(C); 5mM MOPSO buffer; 30mM d10-DTT; 100mM KCl \| 90% H2O, 10% D2O; 100% D2O	分辨率未提供
1KQ6 p47phox PX domain 提交 2002-01-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–141（141 aa）片段：PX domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；291 K；PEG 550 DME, glycerol, ammonium sulfate, natrium citrate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.18 Å R-free 0.185
1NG2 Structure of autoinhibited p47phox 提交 2002-12-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 156–340（185 aa）片段：residues 156-340	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；291 K；PEG 3000, sodium citrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.70 Å R-free 0.233
1NG2 Structure of autoinhibited p47phox 提交 2002-12-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 156–340（185 aa）片段：residues 156-340	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；291 K；PEG 3000, sodium citrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.70 Å R-free 0.233
1O7K human p47 PX domain complex with sulphates 提交 2002-11-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–123（123 aa）片段：PX DOMAIN, RESIDUES 1-123 链 B 1–123（123 aa）片段：PX DOMAIN, RESIDUES 1-123 链 C 1–123（123 aa）片段：PX DOMAIN, RESIDUES 1-123	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；1 M AMMONIUM SULPHATE, 0.1M TRIS PH 8.5, 12% GLYCEROL	分辨率 2.00 Å R-free 0.254
1OV3 Structure of the p22phox-p47phox complex 提交 2003-03-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 156–285（130 aa）片段：Residues 156-285 链 B 156–285（130 aa）片段：Residues 156-285	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；1 M Na-Citrate, 0.1 M Na-cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.80 Å R-free 0.275
1OV3 Structure of the p22phox-p47phox complex 提交 2003-03-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 156–285（130 aa）片段：Residues 156-285 链 B 156–285（130 aa）片段：Residues 156-285	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；1 M Na-Citrate, 0.1 M Na-cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.80 Å R-free 0.275
1UEC Crystal structure of autoinhibited form of tandem SH3 domain of p47phox 提交 2003-05-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 151–340（190 aa）片段：autoinhibited tandem SH3 domain, redidues 151-340	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.4；293 K；16% PEG 6000, 0.1M soduim citrate, 50mM sodium fluoride, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.82 Å R-free 0.236
1UEC Crystal structure of autoinhibited form of tandem SH3 domain of p47phox 提交 2003-05-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 151–340（190 aa）片段：autoinhibited tandem SH3 domain, redidues 151-340	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.4；293 K；16% PEG 6000, 0.1M soduim citrate, 50mM sodium fluoride, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.82 Å R-free 0.236
1W70 SH3 domain of p40phox complexed with C-terminal polyProline region of p47phox 提交 2004-08-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 360–372（13 aa）片段：POLYPROLINE MOTIF, RESIDUES 360-372	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；VAPOR DIFFUSION AT 20 DEGRE C AT 14MG/ML OF P40PHOX SH3 WITH A1/5 RATIO WITH POLYPROLINE PEPTIDE, 20 MM HEPES PH 7.5, 150 MM NACL MIXED WITH 100 MM NA-CITRATE/CITRIC ACID PH5, 2.4 M SA	分辨率 1.46 Å R-free 0.207
1W70 SH3 domain of p40phox complexed with C-terminal polyProline region of p47phox 提交 2004-08-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 360–372（13 aa）片段：POLYPROLINE MOTIF, RESIDUES 360-372	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 3 TFA trifluoroacetic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；VAPOR DIFFUSION AT 20 DEGRE C AT 14MG/ML OF P40PHOX SH3 WITH A1/5 RATIO WITH POLYPROLINE PEPTIDE, 20 MM HEPES PH 7.5, 150 MM NACL MIXED WITH 100 MM NA-CITRATE/CITRIC ACID PH5, 2.4 M SA	分辨率 1.46 Å R-free 0.207
1WLP Solution Structure Of The P22Phox-P47Phox Complex 提交 2004-06-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 151–286（136 aa）片段：Tandem SH3 domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
7YXW Structure of the p22phox A200G mutant in complex with p47phox peptide 提交 2022-02-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 156–285（130 aa）	突变：A200G	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 1.2 M sodium citrate tribasic dihydrate, 1:1 protein:precipitant ratio	分辨率 2.50 Å R-free 0.269

共 10 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NCF1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–286； UniProt 1–286

Neutrophil cytosolic factor 2 (65kDa, chronic granulomatous disease, autosomal 2), isoform CRA_a

Homo sapiens

UniProt A0A024R936

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 7 其他聚合物 1 PDB 声明：heptameric（7）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 1–306	未记录	Cytochrome b-245 light chain × 1 （P13498） Cytochrome b-245 heavy chain × 1 （P04839） Neutrophil cytosol factor 1 × 1 （P14598） Rac family small GTPase 1 × 1 （A0A8C8XFZ1） 7D5 Fab heavy chain × 1 7D5 Fab light chain × 1 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 FDA DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.79 Å

数据库中的同蛋白其他状态

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A024R936_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–306； UniProt 1–306

Rac family small GTPase 1

Homo sapiens

UniProt A0A8C8XFZ1

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 7 其他聚合物 1 PDB 声明：heptameric（7）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 1–192	未记录	Cytochrome b-245 light chain × 1 （P13498） Cytochrome b-245 heavy chain × 1 （P04839） Neutrophil cytosol factor 1 × 1 （P14598） Neutrophil cytosolic factor 2 (65kDa, chronic granulomatous disease, autosomal 2), isoform CRA_a × 1 （A0A024R936） 7D5 Fab heavy chain × 1 7D5 Fab light chain × 1 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 FDA DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.79 Å

数据库中的同蛋白其他状态

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A8C8XFZ1_PANLE
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–192； UniProt 1–192

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8wej
沉积日期 deposition_date	2023-09-18
结构标题 title	Structure of human phagocyte NADPH oxidase in the activated state
关键词 keywords	NOX2, p22, CYBA, CYBB, TP1170, NOX, p67, Rac, p47, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	48.95 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	50.08 Å
零角强度 I(0) i0	313699000.00
分子量 molecular_weight	151170.0 kDa
排除体积 excluded_volume	191210 Å³
包络体积 envelope_volume	248330 Å³
水化壳体积 shell_volume	47549 Å³
包络直径 envelope_diameter	191.1 Å
壳层 Rg shell_rg	44.73 Å
包络 Rg envelope_rg	50.17 Å
形状 Rg shape_rg	50.07 Å
总 Rg total_rg	49.87 Å
总原子数 total_atoms	10658
残基数 n_residues	1336
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	185.1 Å
Rg (实空间) rg_real	50.14 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	3.09 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.1370e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.0270e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	48.96 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	313200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7067
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	34.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.681
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.151
角度范围 angular_range	— – 0.1600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	15090000.0000
实空间数据点数 n_real_points	33
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.452; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.280; Smooth: 0.547

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (15)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cytochrome b-245 light chain
分子量 formula_weight	21005.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	10659

MGQIEWAMWANEQALASGLILITGGIVATAGRFTQWYFGAYSIVAGVFVCLLEYPRGKRKKGSTMERWGQKYMTAVVKLFGPFTRNYYVRAVLHLLLSVPAGFLLATILGTACLAIASGIYLLAAVRGEQWTPIEPKPRERPQIGGTIKQPPSNPPPRPPAEARKKPSEEEAAAAAGGPPGGPQVNPIPVTDEVV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Cytochrome b-245 heavy chain
分子量 formula_weight	65412.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MGNWAVNEGLSIFVILVWLGLNVFLFVWYYRVYDIPPKFFYTRKLLGSALALARAPAACLNFNCMLILLPVCRNLLSFLRGSSACCSTRVRRQLDRNLTFHKMVAWMIALHSAIHTIAHLFNVEWCVNARVNNSDPYSVALSELGDRQNESYLNFARKRIKNPEGGLYLAVTLLAGITGVVITLCLILIITSSTKTIRRSYFEVFWYTHHLFVIFFIGLAIHGAERIVRGQTAESLAVHNITVCEQKISEWGKIKECPIPQFAGNPPMTWKWIVGPMFLYLCERLVRFWRSQQKVVITKVVTHPFKTIELQMKKKGFKMEVGQYIFVKCPKVSKLEWHPFTLTSAPEEDFFSIHIRIVGDWTEGLFNACGCDKQEFQDAWKLPKIAVDGPFGTASEDVFSYEVVMLVGAGIGVTPFASILKSVWYKYCNNATNLKLKKIYFYWLCRDTHAFEWFADLLQLLESQMQERNNAGFLSYNIYLTGWDESQANHFAVHHDEEKDVITGLKQKTLYGRPNWDNEFKTIASQHPNTRIGVFLCGPEALAETLSKQSISNSESGPRGVHFIFNKENF

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Neutrophil cytosol factor 1
分子量 formula_weight	32813.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MGDTFIRHIALLGFEKRFVPSQHYVYMFLVKWQDLSEKVVYRRFTEIYEFHKTLKEMFPIEAGAINPENRIIPHLPAPKWFDGQRAAENRQGTLTEYCSTLMSLPTKISRCPHLLDFFKVRPDDLKLPTDNQTKKPETYLMPKDGKSTATDITGPIILQTYRAIANYEKTSGSEMALSTGDVVEVVEKSESGWWFCQMKAKRGWIPASFLEPLDSPDETEDPEPNYAGEPYVAIKAYTAVEGDEVSLLEGEAVEVIHKLLDGWWVIRKDDVTGYFPSMYLQKSGQD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Neutrophil cytosolic factor 2 (65kDa, chronic granulomatous disease, autosomal 2), isoform CRA_a
分子量 formula_weight	34978.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MSLVEAISLWNEGVLAADKKDWKGALDAFSAVQDPHSRICFNIGCMYTILKNMTEAEKAFTRSINRDKHLAVAYFQRGMLYYQTEKYDLAIKDLKEALIQLRGNQLIDYKILGLQFKLFACEVLYNIAFMYAKKEEWKKAEEQLALATSMKSEPRHSKIDKAMECVWKQKLYEPVVIPVGRLFRPNERQVAQLAKKDYLGKATVVASVVDQDSFSGFAPLQPQAAEPPPRPKTPEIFRALEGEAHRVLFGFVPETKEELQVMPGNIVFVLKKGNDNWATVMFNGQKGLVPCNYLEPVELRIHPQQQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Rac family small GTPase 1
分子量 formula_weight	21463.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MQAIKCVVVGDGAVGKTCLLISYTTNAFPGEYIPTVFDNYSANVMVDGKPVNLGLWDTAGLEDYDRLRPLSYPQTDVFLICFSLVSPASFENVRAKWYPEVRHHCPNTPIILVGTKLDLRDDKDTIEKLKEKKLTPITYPQGLAMAKEIGAVKYLECSALTQRGLKTVFDEAIRAVLCPPPVKKRKRKCLLL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	7D5 Fab heavy chain
分子量 formula_weight	27603.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MKKNIAFLLASMFVFSIATNAYADVQLQESGPGLVKPSQSLSLTCSVTGYSLTSGSFWSWIRQFPGNKLEWMGYITYDGTSHFNPSLKSRFSITRDTSKNQFFLKLNSVTTEDTATYYCTRDPYRYDAMDFWGQGTSVTVSSAKTTPPSVYPLAPGSAAQTNSMVTLGCLVKGYFPEPVTVTWNSGSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVPSSTWPSETVTCNVAHPASSTKVDKKIVPRDLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	7D5 Fab light chain
分子量 formula_weight	26238.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

MKKNIAFLLASMFVFSIATNAYADIQLTQTTSSLSASLGDRVTISCRASQDISNYLNWYQQKPDGTVKLLIYYTSKLHSGVPSRFTASGSGRDYSLAISNLEQEDIATYFCQQVFSLPWTFGGGTKLEIKRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRNE

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 8 Entity 8 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 12 Entity 12 non-polymer

描述 description	NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
分子量 formula_weight	745.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 13 Entity 13 non-polymer

描述 description	DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	787.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 14 Entity 14 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	523.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 15 Entity 15 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.79 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	209359

fit	/app/data/saxs_computation/we/8wej/8wej.fit
pddf	/app/data/pr_computation/we/8wej/8wej.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/we/8wej/8wej.dat

Structure of human phagocyte NADPH oxidase in the activated state

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytochrome b-245 light chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Cytochrome b-245 heavy chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Neutrophil cytosol factor 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Neutrophil cytosolic factor 2 (65kDa, chronic granulomatous disease, autosomal 2), isoform CRA_a

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Rac family small GTPase 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (15)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 8 Entity 8 branched

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

实体 12 Entity 12 non-polymer

实体 13 Entity 13 non-polymer

实体 14 Entity 14 non-polymer

实体 15 Entity 15 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)