SAXSdb — 8wm9

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Frizzled-4

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–537 链 B； UniProt 1–537	未记录	Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2 × 1 （O14641） Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 10	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.53 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8WM9	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5BPB Crystal structure of the cysteine-rich domain of human Frizzled 4 - Crystal Form I 提交 2015-05-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 42–179（138 aa）片段：UNP residues 42-179	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；1.6 M tri-sodium citrate, pH 6.5	分辨率 2.20 Å R-free 0.223
5BPB Crystal structure of the cysteine-rich domain of human Frizzled 4 - Crystal Form I 提交 2015-05-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 42–179（138 aa）片段：UNP residues 42-179	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；1.6 M tri-sodium citrate, pH 6.5	分辨率 2.20 Å R-free 0.223
5BPB Crystal structure of the cysteine-rich domain of human Frizzled 4 - Crystal Form I 提交 2015-05-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 42–179（138 aa）片段：UNP residues 42-179	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；1.6 M tri-sodium citrate, pH 6.5	分辨率 2.20 Å R-free 0.223
5BPB Crystal structure of the cysteine-rich domain of human Frizzled 4 - Crystal Form I 提交 2015-05-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 42–179（138 aa）片段：UNP residues 42-179	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；1.6 M tri-sodium citrate, pH 6.5	分辨率 2.20 Å R-free 0.223
5BPQ Crystal structure of the cysteine-rich domain of human Frizzled 4 - Crystal Form II 提交 2015-05-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 42–179（138 aa）片段：cysteine-rich domain, UNP residues 42-179	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.1 M HEPES, pH 7.5, 0.1 M NaCl, 1.6 M ammonium sulfate	分辨率 2.40 Å R-free 0.243
5BPQ Crystal structure of the cysteine-rich domain of human Frizzled 4 - Crystal Form II 提交 2015-05-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 42–179（138 aa）片段：cysteine-rich domain, UNP residues 42-179	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.1 M HEPES, pH 7.5, 0.1 M NaCl, 1.6 M ammonium sulfate	分辨率 2.40 Å R-free 0.243
5BPQ Crystal structure of the cysteine-rich domain of human Frizzled 4 - Crystal Form II 提交 2015-05-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 42–179（138 aa）片段：cysteine-rich domain, UNP residues 42-179	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.1 M HEPES, pH 7.5, 0.1 M NaCl, 1.6 M ammonium sulfate	分辨率 2.40 Å R-free 0.243
5BPQ Crystal structure of the cysteine-rich domain of human Frizzled 4 - Crystal Form II 提交 2015-05-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 42–179（138 aa）片段：cysteine-rich domain, UNP residues 42-179	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.1 M HEPES, pH 7.5, 0.1 M NaCl, 1.6 M ammonium sulfate	分辨率 2.40 Å R-free 0.243
5BQC Crystal structure of Norrin in complex with the cysteine-rich domain of Frizzled 4 and sucrose octasulfate 提交 2015-05-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 42–179（138 aa）片段：residues 42-179	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.1 M Tris, pH 8.0, 0.15 M NaCl, 8% PEG8000	分辨率 3.00 Å R-free 0.268
5BQE Crystal structure of Norrin in complex with the cysteine-rich domain of Frizzled 4 -Methylated form 提交 2015-05-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 42–179（138 aa）片段：residues 42-179	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PG0 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.1 M Bicine, pH 9.0, 10% PEG6000	分辨率 2.30 Å R-free 0.221
5CL1 Complex structure of Norrin with human Frizzled 4 提交 2015-07-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 38–160（123 aa）片段：UNP residues 38-160 链 D 38–160（123 aa）片段：UNP residues 38-160	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；200 mM ammonium sulfate, 100 mM sodium cacodylate trihydrate (pH 6.5), 15% w/v polyethylene glycol 8,000	分辨率 3.80 Å R-free 0.310
5CM4 Crystal structure of human Frizzled 4 Cysteine-Rich Domain (CRD) 提交 2015-07-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 40–164（125 aa）片段：UNP residues 40-164	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；1.8 M ammonium sulfate, 0.1 M tri-Na citrate pH 5.6 and 0.2 M Na/K tartrate	分辨率 2.40 Å R-free 0.255
5CM4 Crystal structure of human Frizzled 4 Cysteine-Rich Domain (CRD) 提交 2015-07-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 40–164（125 aa）片段：UNP residues 40-164	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；1.8 M ammonium sulfate, 0.1 M tri-Na citrate pH 5.6 and 0.2 M Na/K tartrate	分辨率 2.40 Å R-free 0.255
5UWG The crystal structure of Fz4-CRD in complex with palmitoleic acid 提交 2017-02-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 40–164（125 aa）片段：Cysteine Rich Domain (UNP residues 40-164)	未记录	PAM PALMITOLEIC ACID × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 3.5；293 K；0.1 M citric acid pH 3.5, 28% w/v polyethylene glycol 8,000	分辨率 2.56 Å R-free 0.267
5UWG The crystal structure of Fz4-CRD in complex with palmitoleic acid 提交 2017-02-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 40–164（125 aa）片段：Cysteine Rich Domain (UNP residues 40-164)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 3.5；293 K；0.1 M citric acid pH 3.5, 28% w/v polyethylene glycol 8,000	分辨率 2.56 Å R-free 0.267
6BD4 Crystal structure of human apo-Frizzled4 receptor 提交 2017-10-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 178–419（242 aa）链 A 428–517（90 aa）	突变：M309L, C450I, C507F, S508Y 突变：M309L, C450I, C507F, S508Y	ZN ZINC ION × 1 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 4 OLA OLEIC ACID × 5 SO4 SULFATE ION × 3 UNX UNKNOWN LIGAND × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 6；293 K；100 mM sodium cacodylate trihydrate (pH 6.0), 80 mM Magnesium Sulfate, 30% PEG400, 1.5-2.5% v/v (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol	分辨率 2.40 Å R-free 0.233
6NE1 Designed repeat protein in complex with Fz4 提交 2018-12-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 42–161（120 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.2 M ammonium chloride, pH 6.3 and 20% PEG3,350	分辨率 3.01 Å R-free 0.293
8WMA Fzd4/DEP complex (local refined) 提交 2023-10-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–537（537 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.47 Å

共 10 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FZD4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–537； UniProt 1–537 作者链 B； PDB构建体 1–537； UniProt 1–537

Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2

Homo sapiens

UniProt O14641

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–736	未记录	Frizzled-4 × 2 （Q9ULV1） Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 10	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.53 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8WM9	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2REY Crystal structure of the PDZ domain of human dishevelled 2 (homologous to Drosophila dsh) 提交 2007-09-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 260–354（95 aa）片段：PDZ domain: Residues 261-355	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.2M Ammonium acetate, 0.1M Bis-tris pH 5.5, 25% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.55 Å R-free 0.240
3CBX The Dvl2 PDZ Domain in Complex with the C1 Inhibitory Peptide 提交 2008-02-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 264–354（91 aa）片段：PDZ domain (UNP residues 264-354) 链 B 264–354（91 aa）片段：PDZ domain (UNP residues 264-354)	突变：C341S 突变：C341S	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.8；292 K；60% 2-Methyl-2,4-pentanediol, 0.1 M sodium acetate, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 1.70 Å R-free 0.227
3CBY The Dvl2 PDZ Domain in Complex with the N1 Inhibitory Peptide 提交 2008-02-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 264–354（91 aa）片段：PDZ domain (UNP residues 264-354) 链 B 264–354（91 aa）片段：PDZ domain (UNP residues 264-354)	突变：C341S 突变：C341S	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；1.6 M tri-sodium citrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 1.50 Å R-free 0.182
3CBZ The Dvl2 PDZ Domain in Complex with the N2 Inhibitory Peptide 提交 2008-02-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 264–354（91 aa）片段：PDZ domain (UNP residues 264-354)	突变：C341S	PO4 PHOSPHATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；292 K；0.1 M HEPES, 0.8 M sodium phosphate, 0.8 M Potassium phosphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 1.38 Å R-free 0.166
3CC0 The Dvl2 PDZ Domain in Complex with the N3 Inhibitory Peptide 提交 2008-02-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 264–354（91 aa）片段：PDZ domain (UNP residues 264-354) 链 B 264–354（91 aa）片段：PDZ domain (UNP residues 264-354) 链 C 264–354（91 aa）片段：PDZ domain (UNP residues 264-354)	突变：C341S 突变：C341S 突变：C341S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；292 K；1.0 M Ammonium citrate tribasic, 0.1 M BIS-TRIS propane, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 1.75 Å R-free 0.238
4WIP DIX domain of human Dvl2 提交 2014-09-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 12–106（95 aa）片段：UNP residues 13-105 链 B 12–106（95 aa）片段：UNP residues 13-105 链 C 12–106（95 aa）片段：UNP residues 13-105	突变：Y27D 突变：Y27D 突变：Y27D	1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；292 K；grew in PEG400 (cryo condition) over night	分辨率 2.69 Å R-free 0.248
5LNP Domain-swapped dimer of human Dishevelled2 DEP domain: monoclinic crystal form crystallised from monomeric fraction 提交 2016-08-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 416–510（95 aa）片段：DEP domain, UNP residues 416-510 链 B 416–510（95 aa）片段：DEP domain, UNP residues 416-510 链 C 416–510（95 aa）片段：DEP domain, UNP residues 416-510 链 D 416–510（95 aa）片段：DEP domain, UNP residues 416-510	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M MES, pH=6.5 0.1 M NaCl 0.1 M Li2SO4 23 % PEG400	分辨率 1.99 Å R-free 0.246
5SUY Domain-swapped dimer of human Dishevelled2 DEP domain: monoclinic crystal form crystallised from dimeric fraction 提交 2016-08-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 416–510（95 aa）片段：UNP residues 416-510 链 B 416–510（95 aa）片段：UNP residues 416-510 链 C 416–510（95 aa）片段：UNP residues 416-510 链 D 416–510（95 aa）片段：UNP residues 416-510	未记录	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M MES 0.1 M NaCl 0.1 M Li2SO4 22-26% PEG400	分辨率 1.88 Å R-free 0.217
5SUZ Domain-swapped dimer of human Dishevelled2 DEP domain: C-centered monoclinic crystal form crystallised from monomeric fraction 提交 2016-08-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 416–509（94 aa）片段：UNP residues 416-509 链 B 416–509（94 aa）片段：UNP residues 416-509	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M MES, pH=6.5 0.2 M CaCl2 23% PEG350 MME	分辨率 1.84 Å R-free 0.263
6IW3 High resolution structure of Dvl2-DIX Y27W/C80S mutant 提交 2018-12-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 12–93（82 aa）片段：DIX-domain	突变：Y27W, C80S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；20% (w/v) PEG 6000, Tris-HCl pH 8.0, 200 mM lithium chloride	分辨率 1.64 Å R-free 0.229
6JCK Complex structure of Axin-DIX and Dvl2-DIX 提交 2019-01-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 12–93（82 aa）	突变：V67A,K68A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；25% (w/v) PEG1500, 0.1 M Malonate-Imidazole-Borate buffer pH 7.0	分辨率 3.09 Å R-free 0.290
8WMA Fzd4/DEP complex (local refined) 提交 2023-10-03	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–736（736 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.47 Å
8WWR Crystal structure of apo human dishevelled 2 (Dvl2) PDZ domain 提交 2023-10-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 261–354（94 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M Tri-sodium citrate, pH 5.6 20% (v/v) Isopropanol 20%(w/v) PEG4000	分辨率 1.75 Å R-free 0.253
8YR7 Crystal structure of human dishevelled 2 (Dvl2) PDZ domain fused with WGEF internal peptide motif 提交 2024-03-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 261–353（93 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；293 K；0.1M Sodium acetate (pH 4.5), 3M Sodium chloride	分辨率 3.00 Å R-free 0.335

共 14 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DVL2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–736； UniProt 1–736

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8wm9
沉积日期 deposition_date	2023-10-03
结构标题 title	Fzd4/DEP complex
关键词 keywords	GPCR complex, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.66 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.46 Å
零角强度 I(0) i0	86163900.00
分子量 molecular_weight	83188.0 kDa
排除体积 excluded_volume	108260 Å³
包络体积 envelope_volume	144030 Å³
水化壳体积 shell_volume	39457 Å³
包络直径 envelope_diameter	111.3 Å
壳层 Rg shell_rg	37.53 Å
包络 Rg envelope_rg	30.73 Å
形状 Rg shape_rg	30.47 Å
总 Rg total_rg	31.21 Å
总原子数 total_atoms	5879
残基数 n_residues	719
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	105.4 Å
Rg (实空间) rg_real	32.59 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.82 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.6160e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3520e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.62 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	86170000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8999
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	43.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.228
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.431
角度范围 angular_range	— – 0.2400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	17860000.0000
实空间数据点数 n_real_points	49
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.916; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.952

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Frizzled-4
分子量 formula_weight	60047.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5879

MAWRGAGPSVPGAPGGVGLSLGLLLQLLLLLGPARGFGDEEERRCDPIRISMCQNLGYNVTKMPNLVGHELQTDAELQLTTFTPLIQYGCSSQLQFFLCSVYVPMCTEKINIPIGPCGGMCLSVKRRCEPVLKEFGFAWPESLNCSKFPPQNDHNHMCMEGPGDEEVPLPHKTPIQPGEECHSVGTNSDQYIWVKRSLNCVLKCGYDAGLYSRSAKEFTDIWMAVWASLCFISTAFTVLTFLIDSSRFSYPERPIIFLSMCYNIYSIAYIVRLTVGRERISCDFEEAAEPVLIQEGLKNTGCAIIFLLLYFFGMASSIWWVILTLTWFLAAGLKWGHEAIEMHSSYFHIAAWAIPAVKTIVILIMRLVDADELTGLCYVGNQNLDALTGFVVAPLFTYLVIGTLFIAAGLVALFKIRSNLQKDGTKTDKLERLMVKIGVFSVLYTVPATIVIACYFYEISNWALFRYSADDSNMAVEMLKIFMSLLVGITSGMWIWSAKTLHTWQKFYNRLVNSGKVKREKRGNGWVKPGKGSETVV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2
分子量 formula_weight	79036.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MAGSSTGGGGVGETKVIYHLDEEETPYLVKIPVPAERITLGDFKSVLQRPAGAKYFFKSMDQDFGVVKEEISDDNARLPCFNGRVVSWLVSSDNPQPEMAPPVHEPRAELAPPAPPLPPLPPERTSGIGDSRPPSFHPNVSSSHENLEPETETESVVSLRRERPRRRDSSEHGAGGHRTGGPSRLERHLAGYESSSTLMTSELESTSLGDSDEEDTMSRFSSSTEQSSASRLLKRHRRRRKQRPPRLERTSSFSSVTDSTMSLNIITVTLNMEKYNFLGISIVGQSNERGDGGIYIGSIMKGGAVAADGRIEPGDMLLQVNDMNFENMSNDDAVRVLRDIVHKPGPIVLTVAKCWDPSPQAYFTLPRNEPIQPIDPAAWVSHSAALTGTFPAYPGSSSMSTITSGSSLPDGCEGRGLSVHTDMASVTKAMAAPESGLEVRDRMWLKITIPNAFLGSDVVDWLYHHVEGFPERREARKYASGLLKAGLIRHTVNKITFSEQCYYVFGDLSGGCESYLVNLSLNDNDGSSGASDQDTLAPLPGATPWPLLPTFSYQYPAPHPYSPQPPPYHELSSYTYGGGSASSQHSEGSRSSGSTRSDGGAGRTGRPEERAPESKSGSGSESEPSSRGGSLRRGGEASGTSDGGPPPSRGSTGGAPNLRAHPGLHPYGPPPGMALPYNPMMVVMMPPPPPPVPPAVQPPGAPPVRDLGSVPPELTASRQSFHMAMGNPSEFFVDVM

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
分子量 formula_weight	486.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

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8. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.53 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	95333

fit	/app/data/saxs_computation/wm/8wm9/8wm9.fit
pddf	/app/data/pr_computation/wm/8wm9/8wm9.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/wm/8wm9/8wm9.dat

Fzd4/DEP complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Frizzled-4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)