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8wyt

Partially closed Falcilysin bound to MK-4815, from MK-4815-treated dataset

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 94.9 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Falcilysin

Plasmodium falciparum 3D7

UniProt Q76NL8

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 59–1193 未记录 H8F 2-(aminomethyl)-3,5-ditert-butyl-phenol × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；20 mM Na HEPES, 300 mM NaCl, 0.5 mM TCEP, pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8WYT Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3S5H Crystal structures of falcilysin, a M16 metalloprotease from the malaria parasite Plasmodium falciparum 提交 2011-05-23 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–1193（1193 aa）
未记录 CO COBALT (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；298 K；11% PEG6000,10%PEG400,0.1M ADA, 20mM Mg acetate,20 mM Co acetate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 1.60 Å R-free 0.257
3S5I Crystal structures of falcilysin, a M16 metalloprotease from the malaria parasite Plasmodium falciparum 提交 2011-05-23 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–1193（1193 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；11% PEG6000, 10%PEG400, 0.1M ADA, 20mM Mg acetate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 100K
分辨率 1.74 Å R-free 0.197
3S5K Crystal structures of falcilysin, a M16 metalloprotease from the malaria parasite Plasmodium falciparum 提交 2011-05-23 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–1193（1193 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；298 K；20% PEG6000, 0.1M MES, 5 M Zn acetate,0.1% - mercaptoethanol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.20 Å R-free 0.316
3S5M Crystal structures of falcilysin, a M16 metalloprotease from the malaria parasite Plasmodium falciparum 提交 2011-05-23 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–1193（1193 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；298 K；11% PEG6000, 10% PEG400, 0.1M ADA, 20 mM Mg acetate, 20 mM Zn acetate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 1.55 Å R-free 0.214
7DI7 Falcilysin in complex with chloroquine 提交 2020-11-18 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 59–1193（1135 aa）
未记录 ACT ACETATE ION × 2 CLQ N4-(7-CHLORO-QUINOLIN-4-YL)-N1,N1-DIETHYL-PENTANE-1,4-DIAMINE × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M sodium acetate trihydrate pH 8.0, 20% w/v PEG 3,350
分辨率 1.82 Å R-free 0.198
7DIA Falcilysin in complex with mefloquine 提交 2020-11-18 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 59–1193（1135 aa）
未记录 H8O (S)-[2,8-bis(trifluoromethyl)quinolin-4-yl]-[(2S)-piperidin-2-yl]methanol × 1 GOL GLYCEROL × 1 ACT ACETATE ION × 3 YMZ (11R,12S)- Mefloquine × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M sodium acetate trihydrate pH 7.0, 20% w/v PEG 3,350
分辨率 1.55 Å R-free 0.197
7DIJ Falcilysin in complex with MK-4815 提交 2020-11-19 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 59–1193（1135 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 1 ACT ACETATE ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 H8F 2-(aminomethyl)-3,5-ditert-butyl-phenol × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Tris pH 8.5, 25% w/v PEG 3,350
分辨率 1.90 Å R-free 0.206
8HO4 Falcilysin in complex with MMV000848 提交 2022-12-09 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 59–1193（1135 aa）
未记录 XUH (2R)-1-(9H-carbazol-9-yl)-3-(cyclopentylamino)propan-2-ol × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293.15 K；0.05 M Sodium HEPES, 0.05M MOPS pH 7.5, 0.03 M sodium nitrate, 0.03 M sodium phosphate dibasic, 0.03 M ammonium sulfate, 20% (v/v) PEG 500 MME, 10% (w/v) PEG 20,000
分辨率 1.96 Å R-free 0.206
8HO5 Falcilysin in complex with MMV665806 提交 2022-12-09 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 59–1193（1135 aa）
未记录 XUN (2S)-1-(2,3-dimethyl-1H-indol-1-yl)-3-{[(1S,2S)-2-methylcyclohexyl]amino}propan-2-ol × 1 GOL GLYCEROL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293.15 K；0.039M Bicine, 0.061M TRIZMA base pH 8.5, 0.03 M sodium nitrate, 0.03 M sodium phosphate dibasic, 0.03 M ammonium sulfate, 20% (v/v) PEG 500 MME, 10% (w/v) PEG 20,000
分辨率 2.00 Å R-free 0.189
8WXW Falcilysin in complex with hemoglobin alpha chain peptide 提交 2023-10-30 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 59–1193（1135 aa）
突变：E132Q GOL GLYCEROL × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；4% w/v PEG 1500, 20% v/v glycerol
分辨率 1.86 Å R-free 0.210
8WXZ Falcilysin in complex with hemoglobin beta chain peptide 提交 2023-10-30 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 59–1193（1135 aa）
突变：E132Q PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 ACY ACETIC ACID × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.12M monosaccharides, 0.1M imidazole/MES monohydrate pH 6.5, 20% v/v PEG 500, 10% w/v PEG 20000
分辨率 2.30 Å R-free 0.251
8WYU Open Falcilysin, from MK-4815-treated dataset 提交 2023-10-31 构建体不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 61–1193（1133 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM Na HEPES, 300 mM NaCl, 0.5 mM TCEP, pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
8WYX Partially closed falcilysin, from free falcilysin dataset 提交 2023-10-31 构建体不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 59–1192（1134 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM Na HEPES, 300 mM NaCl, 0.5 mM TCEP, pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
8WYY Open falcilysin, from free falcilysin dataset 提交 2023-10-31 构建体不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 61–1193（1133 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM Na HEPES, 300 mM NaCl, 0.5 mM TCEP, pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å

共 14 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FCLN_PLAF7
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 24–1158； UniProt 59–1193

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8wyt

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8wyt
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8wyt
沉积日期 deposition_date2023-10-31
结构标题 titlePartially closed Falcilysin bound to MK-4815, from MK-4815-treated dataset
关键词 keywordsfalcilysin partially closed conformation, MK-4815 binding, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier31.64 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron30.35 Å
零角强度 I(0) i0230839000.00
分子量 molecular_weight125080.0 kDa
排除体积 excluded_volume158340 ų
包络体积 envelope_volume199560 ų
水化壳体积 shell_volume52546 ų
包络直径 envelope_diameter103.3 Å
壳层 Rg shell_rg39.39 Å
包络 Rg envelope_rg29.61 Å
形状 Rg shape_rg30.34 Å
总 Rg total_rg31.23 Å
总原子数 total_atoms8826
残基数 n_residues1070
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax94.9 Å
Rg (实空间) rg_real31.35 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.43 Å
I(0) (实空间) i0_real2.3080e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.7750e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal31.47 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal230900000.0000
解质量估计 total_estimate0.8938
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary43.7 Å
偏度 Skewness skewness0.003
峰度 Kurtosis kurtosis-0.495
角度范围 angular_range— – 0.2500 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha60300000.0000
实空间数据点数 n_real_points51
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.903; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.959; Smooth: 0.948
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)