SAXSdb — 8x0y

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8x0y
沉积日期 deposition_date	2023-11-06
结构标题 title	Crystal structure of JM-1A in complex with SARS-CoV-2 RBD
关键词 keywords	Antibody, broad neutralization, class 1/2, Omicron variants, vaccine, VIRAL PROTEIN, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.90 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.57 Å
零角强度 I(0) i0	287315000.00
分子量 molecular_weight	136010.0 kDa
排除体积 excluded_volume	169620 Å³
包络体积 envelope_volume	220650 Å³
水化壳体积 shell_volume	51300 Å³
包络直径 envelope_diameter	136.4 Å
壳层 Rg shell_rg	41.64 Å
包络 Rg envelope_rg	36.70 Å
形状 Rg shape_rg	36.50 Å
总 Rg total_rg	37.13 Å
总原子数 total_atoms	9585
残基数 n_residues	1245
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	129.7 Å
Rg (实空间) rg_real	36.99 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.19 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.8730e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.6580e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.94 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	287300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8543
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	45.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.471
峰度 Kurtosis kurtosis	0.073
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	51390000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.746; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.952; Smooth: 0.910

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Spike protein S1
分子量 formula_weight	22002.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,A
原子数 atom_count	10627

TNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFPLQSYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPK

来源 Source

来源生物 organism	Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2697049
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	Heavy chain of JM-1A Fab
分子量 formula_weight	23049.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,G

QVQLQQSGPGLVKPSGTLSLTCAVSGASISSGDWWSWVRQSPGRGLEWIGGIFHSGTTNYSPSLKSRVTMSVDQPKNQFSLHLTSVTAADTAVYYCARMRGIFDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 3 polymer

描述 description	Light chain of JM-1A Fab
分子量 formula_weight	23061.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,I

DIQLTQSPSSLSVSVGDRVTITCRASQAISNSLAWYQQKPGKAPKLLLYAASTLESGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQHYYSTPFFGGGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 4 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	570.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1042

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	148.359 Å
晶胞边长 b length_b	107.030 Å
晶胞边长 c length_c	87.340 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	100.75 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.940 Å
最低分辨率 resolution_low	19.920 Å
R 因子 r_factor	0.1954
R_work r_work	0.1939
R_free r_free	0.2234

fit	/app/data/saxs_computation/x0/8x0y/8x0y.fit
pddf	/app/data/pr_computation/x0/8x0y/8x0y.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/x0/8x0y/8x0y.dat

Crystal structure of JM-1A in complex with SARS-CoV-2 RBD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 branched

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)