8x91

P/Q type calcium channel in complex with omega-conotoxin MVIIC

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 209.2 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-3

Homo sapiens

UniProt P54284

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 4 其他聚合物 5 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–484 未记录 Omega-conotoxin MVIIC × 1 (P37300) Voltage-dependent calcium channel subunit alpha-2/delta-1 × 1 (P54289) Voltage-dependent P/Q-type calcium channel subunit alpha-1A × 1 (O00555) ;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 ;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 3 CLR CHOLESTEROL × 5 PT5 [(2R)-1-octadecanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phospho ryl]oxy-propan-2-yl] (8Z)-icosa-5,8,11,14-tetraenoate × 1 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 3 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.11 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 15 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CACB3_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–484; UniProt 1–484

Omega-conotoxin MVIIC

物种未注明

UniProt P37300

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 4 其他聚合物 5 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 X; UniProt 3–28 未记录 Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-3 × 1 (P54284) Voltage-dependent calcium channel subunit alpha-2/delta-1 × 1 (P54289) Voltage-dependent P/Q-type calcium channel subunit alpha-1A × 1 (O00555) ;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 ;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 3 CLR CHOLESTEROL × 5 PT5 [(2R)-1-octadecanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phospho ryl]oxy-propan-2-yl] (8Z)-icosa-5,8,11,14-tetraenoate × 1 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 3 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.11 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 O17C_CONMA
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 X; PDB构建体 1–26; UniProt 3–28

Voltage-dependent calcium channel subunit alpha-2/delta-1

Homo sapiens

UniProt P54289

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 4 其他聚合物 5 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–1103 未记录 Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-3 × 1 (P54284) Omega-conotoxin MVIIC × 1 (P37300) Voltage-dependent P/Q-type calcium channel subunit alpha-1A × 1 (O00555) ;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 ;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 3 CLR CHOLESTEROL × 5 PT5 [(2R)-1-octadecanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phospho ryl]oxy-propan-2-yl] (8Z)-icosa-5,8,11,14-tetraenoate × 1 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 3 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.11 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 29 个其他 PDB 条目、29 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CA2D1_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–1103; UniProt 1–1103

Voltage-dependent P/Q-type calcium channel subunit alpha-1A

Homo sapiens

UniProt O00555

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 4 其他聚合物 5 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–2506 未记录 Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-3 × 1 (P54284) Omega-conotoxin MVIIC × 1 (P37300) Voltage-dependent calcium channel subunit alpha-2/delta-1 × 1 (P54289) ;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 ;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 3 CLR CHOLESTEROL × 5 PT5 [(2R)-1-octadecanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phospho ryl]oxy-propan-2-yl] (8Z)-icosa-5,8,11,14-tetraenoate × 1 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 3 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.11 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 3 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CAC1A_HUMAN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 44–2549; UniProt 1–2506

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8x91

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8x91
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8x91
沉积日期 deposition_date2023-11-29
结构标题 titleP/Q type calcium channel in complex with omega-conotoxin MVIIC
关键词 keywordsvoltage-gated calcium channel in complex with toxins, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier60.19
回转半径 Rg (电子) rg_electron60.02
零角强度 I(0) i01304990000.00
分子量 molecular_weight316270.0 kDa
排除体积 excluded_volume401750 ų
包络体积 envelope_volume629950 ų
水化壳体积 shell_volume93222 ų
包络直径 envelope_diameter227.4
壳层 Rg shell_rg54.93
包络 Rg envelope_rg61.06
形状 Rg shape_rg60.01
总 Rg total_rg59.90
总原子数 total_atoms22258
残基数 n_residues2690
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax209.2
Rg (实空间) rg_real60.92
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.48
I(0) (实空间) i0_real1.3050e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.9070e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal59.55
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1302000000.0000
解质量估计 total_estimate0.6144
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary64.4
偏度 Skewness skewness0.664
峰度 Kurtosis kurtosis0.134
角度范围 angular_range— – 0.1300 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0002
最高正则化参数 α highest_alpha70730000.0000
实空间数据点数 n_real_points27
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.772; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.025; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.598

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (13)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)