8x9s

Identification, structure and agonist design of an androgen membrane receptor.

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 117.9 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

Rattus norvegicus

UniProt P54311

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 2–340 未记录 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P63212) Adhesion G-protein coupled receptor D1 × 1 (Q6QNK2) Gs protein alpha subunit × 1 DHT 5-ALPHA-DIHYDROTESTOSTERONE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.49 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 161 个其他 PDB 条目、162 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GBB1_RAT
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 6–344; UniProt 2–340

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

Bos taurus

UniProt P63212

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 1–71 未记录 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P54311) Adhesion G-protein coupled receptor D1 × 1 (Q6QNK2) Gs protein alpha subunit × 1 DHT 5-ALPHA-DIHYDROTESTOSTERONE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.49 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 215 个其他 PDB 条目、216 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GBG2_BOVIN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–71; UniProt 1–71

Adhesion G-protein coupled receptor D1

Homo sapiens

UniProt Q6QNK2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 R; UniProt 277–874 未记录 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P54311) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P63212) Gs protein alpha subunit × 1 DHT 5-ALPHA-DIHYDROTESTOSTERONE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.49 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 AGRD1_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 R; PDB构建体 1–598; UniProt 277–874

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8x9s

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8x9s
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8x9s
沉积日期 deposition_date2023-12-01
结构标题 titleIdentification, structure and agonist design of an androgen membrane receptor.
关键词 keywordsComplex, agonist, GPCR, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier34.21
回转半径 Rg (电子) rg_electron34.15
零角强度 I(0) i0142324000.00
分子量 molecular_weight96226.0 kDa
排除体积 excluded_volume120810 ų
包络体积 envelope_volume167710 ų
水化壳体积 shell_volume41912 ų
包络直径 envelope_diameter117.9
壳层 Rg shell_rg39.47
包络 Rg envelope_rg34.01
形状 Rg shape_rg34.13
总 Rg total_rg34.65
总原子数 total_atoms6774
残基数 n_residues892
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax117.9
Rg (实空间) rg_real34.26
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.94
I(0) (实空间) i0_real1.4230e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.1680e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal34.23
I(0) (倒空间) i0_reciprocal142300000.0000
解质量估计 total_estimate0.8738
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary35.9
偏度 Skewness skewness0.382
峰度 Kurtosis kurtosis-0.341
角度范围 angular_range— – 0.2300 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0002
最高正则化参数 α highest_alpha43020000.0000
实空间数据点数 n_real_points47
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.829; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.975; Smooth: 0.894

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)