8xni

Crystal structure of trypsin in-complex with E-64

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 56.7 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cationic trypsin

物种未注明

UniProt P00760

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–246 未记录 CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 3 E64 N-[N-[1-HYDROXYCARBOXYETHYL-CARBONYL]LEUCYLAMINO-BUTYL]-GUANIDINE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.8;293 K;0.1 M HEPES (pH = 7.8), 16% PEG 3350, and 0.1-0.4 M Li2SO4 分辨率 2.30 Å R-free 0.248

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 608 个其他 PDB 条目、770 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TRY1_BOVIN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–246; UniProt 1–246

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8xni

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8xni
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8xni
沉积日期 deposition_date2023-12-30
最后修订 last_revision2024-12-04
结构标题 titleCrystal structure of trypsin in-complex with E-64
关键词 keywordsHYDROLASE, trypsin inhibitor, E-64, HYDROLASE-INHIBITOR complex; HYDROLASE/INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier17.13
回转半径 Rg (电子) rg_electron16.01
零角强度 I(0) i010966300.00
分子量 molecular_weight23801.0 kDa
排除体积 excluded_volume29403 ų
包络体积 envelope_volume32192 ų
水化壳体积 shell_volume16531 ų
包络直径 envelope_diameter53.0
壳层 Rg shell_rg22.38
包络 Rg envelope_rg16.28
形状 Rg shape_rg15.99
总 Rg total_rg17.04
总原子数 total_atoms1657
残基数 n_residues220
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax56.7
Rg (实空间) rg_real17.01
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.34
I(0) (实空间) i0_real1.0970e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.4160e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal17.03
I(0) (倒空间) i0_reciprocal10970000.0000
解质量估计 total_estimate0.7907
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary23.1
偏度 Skewness skewness0.119
峰度 Kurtosis kurtosis-0.475
角度范围 angular_range— – 0.4650 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha3249000.0000
实空间数据点数 n_real_points77
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.769; Stabil: 0.989; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)