8xrq

SARS-CoV-2 BA.1 spike RBD in complex bound with VacBB-639

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 85.0 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8xrq
沉积日期 deposition_date	2024-01-08
结构标题 title	SARS-CoV-2 BA.1 spike RBD in complex bound with VacBB-639
关键词 keywords	Antibody, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM COMPLEX, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.80 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.03 Å
零角强度 I(0) i0	34803900.00
分子量 molecular_weight	45380.0 kDa
排除体积 excluded_volume	56771 Å³
包络体积 envelope_volume	72703 Å³
水化壳体积 shell_volume	25865 Å³
包络直径 envelope_diameter	86.5 Å
壳层 Rg shell_rg	30.62 Å
包络 Rg envelope_rg	24.15 Å
形状 Rg shape_rg	23.96 Å
总 Rg total_rg	25.06 Å
总原子数 total_atoms	3210
残基数 n_residues	407
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	85.0 Å
Rg (实空间) rg_real	24.79 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.80 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.4800e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.0590e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.80 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	34800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6094
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.360
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.275
角度范围 angular_range	— – 0.3200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	10190000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.808; Stabil: 0.998; Sysdev: 0.184; Positv: 1.000; Valcen: 0.950; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Spike protein S1
分子量 formula_weight	25415.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3210

RVQPTESIVRFPNITNLCPFDEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNLAPFFTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGNIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNKLDSKVSGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGNKPCNGVAGFNCYFPLRSYSFRPTYGVGHQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKSTNLVKNKCVNF

来源 Source

来源生物 organism	Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2697049
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	Heavy chain of VacBB 639 Fab
分子量 formula_weight	13325.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

QVQLQESGPGLVKPSETLSLTCTVSGGSISSYYWSWIRQSPGKGLEWIGYVYNSGGTNYNPSLRSRVTISVDTSKNHFSLKLRSVTTADTGVYYCARDLGYSSGWPDAFDIWGQGKMVTVSA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	Light chain of VacBB 639 Fab
分子量 formula_weight	11664.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

EIVLTQSPATLSLSPGERATLSCTASQSVFSYLAWYQQKPGQAPRLLIYGAFNRATGIPARFSGSGSETDFTLTISSLEPEDFAVYYCQQHSNWPGTFGQGTKVEIK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	4.19 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	104464

fit	/app/data/saxs_computation/xr/8xrq/8xrq.fit
pddf	/app/data/pr_computation/xr/8xrq/8xrq.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/xr/8xrq/8xrq.dat

SARS-CoV-2 BA.1 spike RBD in complex bound with VacBB-639

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)