8xwa

Structure of CXCR2 bound to CXCL1 (Ligand-receptor focused map)

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 93.2 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Growth-regulated alpha protein

Homo sapiens

UniProt P09341

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 35–107 链 E; UniProt 35–107 未记录 C-X-C chemokine receptor type 2 × 1 (P25025) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.48 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GROA_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–73; UniProt 35–107 作者链 E; PDB构建体 1–73; UniProt 35–107

C-X-C chemokine receptor type 2

Homo sapiens

UniProt P25025

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 R; UniProt 2–360 未记录 Growth-regulated alpha protein × 2 (P09341) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.48 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 20 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CXCR2_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 R; PDB构建体 58–416; UniProt 2–360

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8xwa

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8xwa
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8xwa
沉积日期 deposition_date2024-01-16
结构标题 titleStructure of CXCR2 bound to CXCL1 (Ligand-receptor focused map)
关键词 keywordsGPCR, Arrestin, SIGNALING PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; SIGNALING PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier27.64
回转半径 Rg (电子) rg_electron27.43
零角强度 I(0) i032033200.00
分子量 molecular_weight47040.0 kDa
排除体积 excluded_volume60542 ų
包络体积 envelope_volume78142 ų
水化壳体积 shell_volume25735 ų
包络直径 envelope_diameter97.0
壳层 Rg shell_rg32.62
包络 Rg envelope_rg27.89
形状 Rg shape_rg27.40
总 Rg total_rg28.20
总原子数 total_atoms3301
残基数 n_residues426
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax93.2
Rg (实空间) rg_real28.03
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.84
I(0) (实空间) i0_real3.2030e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.6800e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal27.92
I(0) (倒空间) i0_reciprocal32030000.0000
解质量估计 total_estimate0.6171
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary24.5
偏度 Skewness skewness0.627
峰度 Kurtosis kurtosis-0.236
角度范围 angular_range— – 0.2850 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha10010000.0000
实空间数据点数 n_real_points58
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.681; Stabil: 0.999; Sysdev: 0.177; Positv: 1.000; Valcen: 0.722; Smooth: 0.724

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)