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8y8z

Structure of NET-Maprotiline in outward-open state

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 108.4 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sodium-dependent noradrenaline transporter

Homo sapiens

UniProt P23975

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–617 链 E； UniProt 1–617 未记录 A1LX3 ~{N}-methyl-3-(1-tetracyclo[6.6.2.0^{2,7}.0^{9,14}]hexadeca-2(7),3,5,9,11,13-hexaenyl)propan-1-amine × 2 NA SODIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.29 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8Y8Z Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
8HFE Cryo-EM structure of human norepinephrine transporter NET in an inward-open state at resolution of 2.5 angstrom 提交 2022-11-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–617（617 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.50 Å
8HFF Cryo-EM structure of human norepinephrine transporter NET in the presence of norepinephrine in an inward-open state at resolution of 2.9 angstrom. 提交 2022-11-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–617（617 aa）
未记录 LNR L-NOREPINEPHRINE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.86 Å
8HFG Cryo-EM structure of human norepinephrine transporter NET in the presence of dopamine in an inward-open state at resolution of 3.0 angstrom. 提交 2022-11-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–617（617 aa）
未记录 LDP L-DOPAMINE × 2 CL CHLORIDE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8HFI Cryo-EM structure of human norepinephrine transporter NET in the presence of the antidepressant desipramine in an inward-open state at resolution of 2.5 angstrom. 提交 2022-11-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–617（617 aa）
未记录 DSM 3-(10,11-DIHYDRO-5H-DIBENZO[B,F]AZEPIN-5-YL)-N-METHYLPROPAN-1-AMINE × 1 CL CHLORIDE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.50 Å
8HFL Cryo-EM structure of human norepinephrine transporter NET in the presence of the antidepressant bupropion in an inward-open state at resolution of 3.0 angstrom. 提交 2022-11-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–617（617 aa）
未记录 1XR Bupropion × 1 CL CHLORIDE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8I3V Cryo-EM structure of human norepinephrine transporter NET in the presence of the antidepressant escitalopram in an inward-open state at resolution of 2.85 angstrom. 提交 2023-01-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–617（617 aa）
未记录 68P (1S)-1-[3-(dimethylamino)propyl]-1-(4-fluorophenyl)-1,3-dihydro-2-benzofuran-5-carbonitrile × 1 CL CHLORIDE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.85 Å
8WGR Cryo-EM structure of inward-open state human norepinephrine transporter NET bound with antidepressant desipramine in KCl condition. 提交 2023-09-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–617（617 aa）
未记录 DSM 3-(10,11-DIHYDRO-5H-DIBENZO[B,F]AZEPIN-5-YL)-N-METHYLPROPAN-1-AMINE × 2 CL CHLORIDE ION × 1 K POTASSIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.75 Å
8WGX Cryo-EM structure of inward-open state human norepinephrine transporter NET bound with norepinephrine in nanodisc. 提交 2023-09-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–617（617 aa）
未记录 LNR L-NOREPINEPHRINE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.47 Å
8WTU Cryo-EM structure of noradrenaline transporter in apo state 提交 2023-10-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 52–617（566 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
8WTV Cryo-EM structure of noradrenaline transporter in complex with noradrenaline 提交 2023-10-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 52–617（566 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 E5E Noradrenaline × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
8WTW Cryo-EM structure of noradrenaline transporter in complex with a x-MrlA analogue 提交 2023-10-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 52–617（566 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
8WTX Cryo-EM structure of noradrenaline transporter in complex with bupropion 提交 2023-10-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 52–617（566 aa）
未记录 Y60 (2~{R})-2-(~{tert}-butylamino)-1-(3-chlorophenyl)propan-1-one × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
8WTY Cryo-EM structure of noradrenaline transporter in complex with ziprasidone 提交 2023-10-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 52–617（566 aa）
未记录 XEF Ziprasidone × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
8XB2 Structure of radafaxine-bound state of the human Norepinephrine Transporter 提交 2023-12-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 54–617（564 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 YNT Radafaxine × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.04 Å
8XB3 Structural mechanism of substrate binding and inhibition of the human Norepinephrine Transporter 提交 2023-12-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 54–617（564 aa）
未记录 YMN Iobenguane × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
8XB4 Structure of apo state of the human Norepinephrine Transporter 提交 2023-12-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 54–617（564 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.92 Å
8Y90 Structure of NET-Nefopam in outward-open state 提交 2024-02-06 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–617（617 aa）
链 E 1–617（617 aa）
未记录 A1LX6 (1S)-5-methyl-1-phenyl-1,3,4,6-tetrahydro-2,5-benzoxazocine × 1 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.15 Å
8Y91 Structure of NET-nomifensine in outward-open state 提交 2024-02-06 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–617（617 aa）
链 D 1–617（617 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 A1LX5 (4S)-2-methyl-4-phenyl-3,4-dihydro-1H-isoquinolin-8-amine × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.13 Å
8Y92 structure of NET-Atomoxetine in outward-open state 提交 2024-02-06 配体/离子不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–617（617 aa）
链 B 1–617（617 aa）
未记录 A1LX4 (3R)-N-methyl-3-(2-methylphenoxy)-3-phenyl-propan-1-amine × 2 CL CHLORIDE ION × 2 NA SODIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.29 Å
8Y93 Structure of NET-Amitriptyline in outward-open state 提交 2024-02-06 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–617（617 aa）
链 E 1–617（617 aa）
未记录 TP0 Amitriptyline × 1 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8Y94 Structure of Apo human norepinephrine transporter NET 提交 2024-02-06 配体/离子不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–617（617 aa）
链 C 1–617（617 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.29 Å
8Y95 Structure of NET-NE in Occluded state 提交 2024-02-06 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–617（617 aa）
链 D 1–617（617 aa）
未记录 E5E Noradrenaline × 2 CL CHLORIDE ION × 2 NA SODIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.24 Å
8YR2 Structure of NET-Nisoxetine in outward-open state 提交 2024-03-20 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–617（617 aa）
链 B 1–617（617 aa）
未记录 41U nisoxetine × 2 PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 2 NA SODIUM ION × 4 CL CHLORIDE ION × 2 CLR CHOLESTEROL × 20 A1LX7 [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(2R,3R,5S,6R)-2,3,4,5,6-pentakis(oxidanyl)cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.89 Å
8Z1L Cryo-EM structure of human norepinephrine transporter NET in the presence of the antidepressant atomoxetine in an outward-open state at resolution of 3.4 angstrom. 提交 2024-04-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–617（617 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 A1LX4 (3R)-N-methyl-3-(2-methylphenoxy)-3-phenyl-propan-1-amine × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
8ZOY Cryo-EM structure of human norepinephrine transporter NET bound with norepinephrine in an inward open state at a resolution of 2.5 angstrom 提交 2024-05-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 47–617（571 aa）
未记录 LNR L-NOREPINEPHRINE × 1 CL CHLORIDE ION × 1 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.50 Å
8ZP1 Cryo-EM structure of human norepinephrine transporter NET bound with reboxetine in an outward-open state at a resolution of 2.5 angstrom 提交 2024-05-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 47–617（571 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 A1D9Y (2~{S})-2-[(~{S})-(2-ethoxyphenoxy)-phenyl-methyl]morpholine × 1 NA SODIUM ION × 2 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.50 Å
8ZP2 Cryo-EM structure of human norepinephrine transporter NET bound with atomoxetine in an outward-open state at a resolution of 2.4 angstrom 提交 2024-05-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 47–617（571 aa）
未记录 A1LX4 (3R)-N-methyl-3-(2-methylphenoxy)-3-phenyl-propan-1-amine × 1 NA SODIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.40 Å
8ZPB Cryo-EM structure of human norepinephrine transporter NET bound with norepinephrine in an occluded state at a resolution of 2.6 angstrom 提交 2024-05-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 47–617（571 aa）
未记录 LNR L-NOREPINEPHRINE × 1 NA SODIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
9JEL The complex structure of Y510-9709 and NET determined with Cryo-EM 提交 2024-09-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–617（617 aa）
未记录 A1EBN 3-(4-chlorophenyl)-5,6-dihydro-[1,3]thiazolo[2,3-b][1,3]thiazol-4-ium × 1 CL CHLORIDE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
分辨率 2.98 Å
9JF3 The complex structure of 0086-0043 and NET determined with Cryo-EM. 提交 2024-09-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–617（617 aa）
未记录 A1EBO 2-isoquinolin-2-ium-2-yl-1-phenyl-ethanone × 1 CL CHLORIDE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
分辨率 2.87 Å
9K6X Structural and functional basis of antinociceptive action of conotoxin AoIA at the noradrenaline transporter 提交 2024-10-22 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–617（617 aa）
链 B 1–617（617 aa）
未记录 A1EET [(2~{R})-3-[[(2~{S})-2,3-bis(oxidanyl)propoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxy-2-oxidanyl-propyl] (9~{Z},12~{Z})-octadeca-9,12-dienoate × 2 NA SODIUM ION × 4 CL CHLORIDE ION × 2 CLR CHOLESTEROL × 14 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.77 Å
9KDA Cryo-EM structure of lipid-mediated dimer of human norepinephrine transporter NET in the presence of the antidepressant vilazodone in an inward-open state at resolution of 2.44 angstrom. 提交 2024-11-03 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–617（617 aa）
链 B 1–617（617 aa）
未记录 YG7 5-{4-[4-(5-cyano-1H-indol-3-yl)butyl]piperazin-1-yl}-1-benzofuran-2-carboxamide × 2 CLR CHOLESTEROL × 16 A1EFM [(2~{R})-1-[[(2~{S})-2,3-bis(oxidanyl)propoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxy-3-nonanoyloxy-propan-2-yl] decanoate × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.44 Å
9KDH Cryo-EM structure of LIPID-mediated dimer of human norepinephrine transporter NET in the presence of Vanoxerine in an inward-open state at resolution of 2.52 angstrom 提交 2024-11-03 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–617（617 aa）
链 B 1–617（617 aa）
未记录 CLR CHOLESTEROL × 14 A1D5S Vanoxerine × 2 A1EFM [(2~{R})-1-[[(2~{S})-2,3-bis(oxidanyl)propoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxy-3-nonanoyloxy-propan-2-yl] decanoate × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.52 Å
9KDM Cryo-EM structure of LIPID-mediated human norepinephrine transporter NET in the presence of Levomilnacipran in an inward-open state at resolution of 2.46 angstrom. 提交 2024-11-03 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–617（617 aa）
链 B 1–617（617 aa）
未记录 F0F (1R,2S)-2-(aminomethyl)-N,N-diethyl-1-phenyl-cyclopropane-1-carboxamide × 2 CLR CHOLESTEROL × 16 A1EFM [(2~{R})-1-[[(2~{S})-2,3-bis(oxidanyl)propoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxy-3-nonanoyloxy-propan-2-yl] decanoate × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.46 Å
9KE3 Cryo-EM structure of lipid-mediated dimer of human norepinephrine transporter NET in the presence of the F3288-0031 in an inward-open state at resolution of 3.1 angstrom 提交 2024-11-04 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–617（617 aa）
链 B 1–617（617 aa）
未记录 A1EFR (2~{S})-1-[2-methoxy-4-[(~{E})-prop-1-enyl]phenoxy]-3-[4-(phenylmethyl)piperazin-1-yl]propan-2-ol × 2 CLR CHOLESTEROL × 14 A1EFM [(2~{R})-1-[[(2~{S})-2,3-bis(oxidanyl)propoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxy-3-nonanoyloxy-propan-2-yl] decanoate × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.13 Å

共 35 个其他 PDB 条目、35 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SC6A2_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–617； UniProt 1–617 作者链 E； PDB构建体 1–617； UniProt 1–617

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8y8z

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8y8z
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8y8z
沉积日期 deposition_date2024-02-06
结构标题 titleStructure of NET-Maprotiline in outward-open state
关键词 keywordstransporter, TRANSPORT PROTEIN-INHIBITOR COMPLEX; TRANSPORT PROTEIN/INHIBITOR
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier36.03 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron35.01 Å
零角强度 I(0) i0199913000.00
分子量 molecular_weight127950.0 kDa
排除体积 excluded_volume165420 ų
包络体积 envelope_volume205730 ų
水化壳体积 shell_volume48530 ų
包络直径 envelope_diameter112.1 Å
壳层 Rg shell_rg42.20 Å
包络 Rg envelope_rg34.53 Å
形状 Rg shape_rg35.00 Å
总 Rg total_rg35.59 Å
总原子数 total_atoms9078
残基数 n_residues1130
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax108.4 Å
Rg (实空间) rg_real36.38 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.26 Å
I(0) (实空间) i0_real1.9560e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.7100e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal35.99 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal199900000.0000
解质量估计 total_estimate0.7072
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary37.0 Å
偏度 Skewness skewness0.175
峰度 Kurtosis kurtosis-0.686
角度范围 angular_range— – 0.2200 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha3.6770
最高正则化参数 α highest_alpha35250000.0000
实空间数据点数 n_real_points45
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.989; Stabil: 0.914; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.516
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)