8yr2

Structure of NET-Nisoxetine in outward-open state

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 109.2 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8yr2
沉积日期 deposition_date	2024-03-20
结构标题 title	Structure of NET-Nisoxetine in outward-open state
关键词 keywords	transporter, TRANSPORT PROTEIN-INHIBITOR COMPLEX; TRANSPORT PROTEIN/INHIBITOR
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	35.75 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	34.22 Å
零角强度 I(0) i0	206565000.00
分子量 molecular_weight	139560.0 kDa
排除体积 excluded_volume	184020 Å³
包络体积 envelope_volume	213230 Å³
水化壳体积 shell_volume	51225 Å³
包络直径 envelope_diameter	106.8 Å
壳层 Rg shell_rg	41.65 Å
包络 Rg envelope_rg	34.11 Å
形状 Rg shape_rg	34.25 Å
总 Rg total_rg	34.71 Å
总原子数 total_atoms	9888
残基数 n_residues	1130
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	109.2 Å
Rg (实空间) rg_real	35.62 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.66 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0660e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.0670e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	35.71 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	206600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9078
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	42.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.126
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.699
角度范围 angular_range	— – 0.2200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	26680000.0000
实空间数据点数 n_real_points	45
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.979; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.859

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Sodium-dependent noradrenaline transporter
分子量 formula_weight	69386.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,A
原子数 atom_count	9894

MLLARMNPQVQPENNGADTGPEQPLRARKTAELLVVKERNGVQCLLAPRDGDAQPRETWGKKIDFLLSVVGFAVDLANVWRFPYLCYKNGGGAFLIPYTLFLIIAGMPLFYMELALGQYNREGAATVWKICPFFKGVGYAVILIALYVGFYYNVIIAWSLYYLFSSFTLNLPWTDCGHTWNSPNCTDPKLLNGSVLGNHTKYSKYKFTPAAEFYERGVLHLHESSGIHDIGLPQWQLLLCLMVVVIVLYFSLWKGVKTSGKVVWITATLPYFVLFVLLVHGVTLPGASNGINAYLHIDFYRLKEATVWIDAATQIFFSLGAGFGVLIAFASYNKFDNNCYRDALLTSSINCITSFVSGFAIFSILGYMAHEHKVNIEDVATEGAGLVFILYPEAISTLSGSTFWAVVFFVMLLALGLDSSMGGMEAVITGLADDFQVLKRHRKLFTFGVTFSTFLLALFCITKGGIYVLTLLDTFAAGTSILFAVLMEAIGVSWFYGVDRFSNDIQQMMGFRPGLYWRLCWKFVSPAFLLFVVVVSIINFKPLTYDDYIFPPWANWVGWGIALSSMVLVPIYVIYKFLSTQGSLWERLAYGITPENEHHLVAQRDIRQFQLQHWLAI

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 non-polymer

描述 description	nisoxetine
分子量 formula_weight	271.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	;[(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate ;
分子量 formula_weight	746.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 5 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	CHOLESTEROL
分子量 formula_weight	386.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	20

Entity 7 non-polymer

描述 description	[(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(2R,3R,5S,6R)-2,3,4,5,6-pentakis(oxidanyl)cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate
分子量 formula_weight	586.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.89 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	209365

fit	/app/data/saxs_computation/yr/8yr2/8yr2.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yr/8yr2/8yr2.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yr/8yr2/8yr2.dat