8y8z

Structure of NET-Maprotiline in outward-open state

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 108.4 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8y8z
沉积日期 deposition_date	2024-02-06
结构标题 title	Structure of NET-Maprotiline in outward-open state
关键词 keywords	transporter, TRANSPORT PROTEIN-INHIBITOR COMPLEX; TRANSPORT PROTEIN/INHIBITOR
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.03 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.01 Å
零角强度 I(0) i0	199913000.00
分子量 molecular_weight	127950.0 kDa
排除体积 excluded_volume	165420 Å³
包络体积 envelope_volume	205730 Å³
水化壳体积 shell_volume	48530 Å³
包络直径 envelope_diameter	112.1 Å
壳层 Rg shell_rg	42.20 Å
包络 Rg envelope_rg	34.53 Å
形状 Rg shape_rg	35.00 Å
总 Rg total_rg	35.59 Å
总原子数 total_atoms	9078
残基数 n_residues	1130
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	108.4 Å
Rg (实空间) rg_real	36.38 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.26 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9560e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.7100e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	35.99 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	199900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7072
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	37.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.175
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.686
角度范围 angular_range	— – 0.2200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	3.6770
最高正则化参数 α highest_alpha	35250000.0000
实空间数据点数 n_real_points	45
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.989; Stabil: 0.914; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.516

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Sodium-dependent noradrenaline transporter
分子量 formula_weight	69386.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E
原子数 atom_count	9082

MLLARMNPQVQPENNGADTGPEQPLRARKTAELLVVKERNGVQCLLAPRDGDAQPRETWGKKIDFLLSVVGFAVDLANVWRFPYLCYKNGGGAFLIPYTLFLIIAGMPLFYMELALGQYNREGAATVWKICPFFKGVGYAVILIALYVGFYYNVIIAWSLYYLFSSFTLNLPWTDCGHTWNSPNCTDPKLLNGSVLGNHTKYSKYKFTPAAEFYERGVLHLHESSGIHDIGLPQWQLLLCLMVVVIVLYFSLWKGVKTSGKVVWITATLPYFVLFVLLVHGVTLPGASNGINAYLHIDFYRLKEATVWIDAATQIFFSLGAGFGVLIAFASYNKFDNNCYRDALLTSSINCITSFVSGFAIFSILGYMAHEHKVNIEDVATEGAGLVFILYPEAISTLSGSTFWAVVFFVMLLALGLDSSMGGMEAVITGLADDFQVLKRHRKLFTFGVTFSTFLLALFCITKGGIYVLTLLDTFAAGTSILFAVLMEAIGVSWFYGVDRFSNDIQQMMGFRPGLYWRLCWKFVSPAFLLFVVVVSIINFKPLTYDDYIFPPWANWVGWGIALSSMVLVPIYVIYKFLSTQGSLWERLAYGITPENEHHLVAQRDIRQFQLQHWLAI

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 non-polymer

描述 description	~{N}-methyl-3-(1-tetracyclo[6.6.2.0^{2,7}.0^{9,14}]hexadeca-2(7),3,5,9,11,13-hexaenyl)propan-1-amine
分子量 formula_weight	277.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.29 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	84954

fit	/app/data/saxs_computation/y8/8y8z/8y8z.fit
pddf	/app/data/pr_computation/y8/8y8z/8y8z.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/y8/8y8z/8y8z.dat