8y9u

Crystal structure of nanobody MY6323 bound to human serum albumin (HSA)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 148.6 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Albumin

Homo sapiens

UniProt P02768

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 19–609 未记录 nanobody MY6323 × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;298 K;0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5, 23% w/v Polyethylene glycol 3,350 分辨率 3.10 Å R-free 0.316
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 19–609 未记录 nanobody MY6323 × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;298 K;0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5, 23% w/v Polyethylene glycol 3,350 分辨率 3.10 Å R-free 0.316

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 187 个其他 PDB 条目、270 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ALBU_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–591; UniProt 19–609 作者链 C; PDB构建体 1–591; UniProt 19–609

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8y9u

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8y9u
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8y9u
沉积日期 deposition_date2024-02-07
结构标题 titleCrystal structure of nanobody MY6323 bound to human serum albumin (HSA)
关键词 keywordsantibody, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier44.74
回转半径 Rg (电子) rg_electron44.23
零角强度 I(0) i0381938000.00
分子量 molecular_weight157840.0 kDa
排除体积 excluded_volume196390 ų
包络体积 envelope_volume286970 ų
水化壳体积 shell_volume54492 ų
包络直径 envelope_diameter153.5
壳层 Rg shell_rg49.18
包络 Rg envelope_rg42.47
形状 Rg shape_rg44.23
总 Rg total_rg44.45
总原子数 total_atoms11062
残基数 n_residues1395
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax148.6
Rg (实空间) rg_real44.73
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.72
I(0) (实空间) i0_real3.8190e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.0680e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal44.74
I(0) (倒空间) i0_reciprocal381900000.0000
解质量估计 total_estimate0.8906
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary51.0
偏度 Skewness skewness0.228
峰度 Kurtosis kurtosis-0.590
角度范围 angular_range— – 0.1750 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha23080000.0000
实空间数据点数 n_real_points36
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.928; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.972; Smooth: 0.819

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)