8yvc

;Cryo-EM structure of carboxysomal midi-shell:icosahedral assembly from CsoS4A/4B/1A/1B/1C/1D and CsoS2 C-terminal co-expression (T = 19) ;

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 165.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8yvc
沉积日期 deposition_date	2024-03-28
最后修订 last_revision	2024-12-11
结构标题 title	;Cryo-EM structure of carboxysomal midi-shell:icosahedral assembly from CsoS4A/4B/1A/1B/1C/1D and CsoS2 C-terminal co-expression (T = 19) ;
关键词 keywords	Carboxysome, shell, Icosahedron, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	49.63 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	49.59 Å
零角强度 I(0) i0	600412000.00
分子量 molecular_weight	199030.0 kDa
排除体积 excluded_volume	248290 Å³
包络体积 envelope_volume	352310 Å³
水化壳体积 shell_volume	60204 Å³
包络直径 envelope_diameter	174.9 Å
壳层 Rg shell_rg	50.25 Å
包络 Rg envelope_rg	51.23 Å
形状 Rg shape_rg	49.59 Å
总 Rg total_rg	49.62 Å
总原子数 total_atoms	13952
残基数 n_residues	1948
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	165.2 Å
Rg (实空间) rg_real	49.90 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.00 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.0040e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2310e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	49.64 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	600200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8620
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	51.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.338
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.525
角度范围 angular_range	— – 0.1600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	30400000.0000
实空间数据点数 n_real_points	33
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.912; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.927; Smooth: 0.541

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Major carboxysome shell protein CsoS1A
分子量 formula_weight	9973.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	18

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T
原子数 atom_count	13952

MADVTGIALGMIETRGLVPAIEAADAMTKAAEVRLVGRQFVGGGYVTVLVRGETGAVNAAVRAGADACERVGDGLVAAHIIARVHSEVENILPKAPQA

来源 Source

来源生物 organism	Halothiobacillus neapolitanus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	927
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Carboxysome shell vertex protein CsoS4A
分子量 formula_weight	8900.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	U

MKIMQVEKTLVSTNRIADMGHKPLLVVWEKPGAPRQVAVDAIGCIPGDWVLCVGSSAAREAAGSKSYPSDLTIIGIIDQWNGE

来源 Source

来源生物 organism	Halothiobacillus neapolitanus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	927
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	Carboxysome assembly protein CsoS2B
分子量 formula_weight	29358.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X,Y

MPFCTSTPEPEAQSTEQSLTCEGQIISGTSVDASDLVTGNEIGEQQLISGDAYVGAQQTGCLPTSPRFNQTGNVQSMGFKNTNQPEQNFAPGEVMPTDFSIQTPARSAQNRITGNDIAPSGRITGPGMLATGLITGTPEFRHAARELVGSPQPMAMAMANRNKAAQAPVVQPEVVATQEKPELVCAPRSDQMDRVSGEGKERCHITGDDWSVNKHITGTAGQWASGRNPSMRGNARVVETSAFANRNVPKPEKPGSKITGSSGNDTQGSLITYSGGARG

来源 Source

来源生物 organism	Halothiobacillus neapolitanus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	927
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

▶

7. 引用文献 (1)

▶

分辨率 resolution	3.04 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	5119

fit	/app/data/saxs_computation/yv/8yvc/8yvc.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yv/8yvc/8yvc.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yv/8yvc/8yvc.dat

;Cryo-EM structure of carboxysomal midi-shell:icosahedral assembly from CsoS4A/4B/1A/1B/1C/1D and CsoS2 C-terminal co-expression (T = 19) ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)