8yvd

;Cryo-EM structure of carboxysomal midi-shell: icosahedral assembly from CsoS4A/4B/1A/1B/1C/1D and CsoS2 C-terminal co-expression (T = 16) ;

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 160.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8yvd
沉积日期 deposition_date	2024-03-28
最后修订 last_revision	2024-12-11
结构标题 title	;Cryo-EM structure of carboxysomal midi-shell: icosahedral assembly from CsoS4A/4B/1A/1B/1C/1D and CsoS2 C-terminal co-expression (T = 16) ;
关键词 keywords	Carboxysome, shell, Icosahedron, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	46.94 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	46.85 Å
零角强度 I(0) i0	444999000.00
分子量 molecular_weight	170350.0 kDa
排除体积 excluded_volume	212460 Å³
包络体积 envelope_volume	321990 Å³
水化壳体积 shell_volume	57244 Å³
包络直径 envelope_diameter	172.7 Å
壳层 Rg shell_rg	49.50 Å
包络 Rg envelope_rg	49.24 Å
形状 Rg shape_rg	46.86 Å
总 Rg total_rg	46.93 Å
总原子数 total_atoms	11941
残基数 n_residues	1667
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	160.9 Å
Rg (实空间) rg_real	47.22 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.70 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.4500e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.9270e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	46.94 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	444800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8682
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	52.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.429
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.253
角度范围 angular_range	— – 0.1700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	27230000.0000
实空间数据点数 n_real_points	35
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.871; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.965; Smooth: 0.704

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Major carboxysome shell protein CsoS1A
分子量 formula_weight	9973.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	15

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O
原子数 atom_count	11941

MADVTGIALGMIETRGLVPAIEAADAMTKAAEVRLVGRQFVGGGYVTVLVRGETGAVNAAVRAGADACERVGDGLVAAHIIARVHSEVENILPKAPQA

来源 Source

来源生物 organism	Halothiobacillus neapolitanus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	927
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Carboxysome shell vertex protein CsoS4A
分子量 formula_weight	8900.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

MKIMQVEKTLVSTNRIADMGHKPLLVVWEKPGAPRQVAVDAIGCIPGDWVLCVGSSAAREAAGSKSYPSDLTIIGIIDQWNGE

来源 Source

来源生物 organism	Halothiobacillus neapolitanus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	927
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	Carboxysome assembly protein CsoS2B
分子量 formula_weight	29358.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X,Y

MPFCTSTPEPEAQSTEQSLTCEGQIISGTSVDASDLVTGNEIGEQQLISGDAYVGAQQTGCLPTSPRFNQTGNVQSMGFKNTNQPEQNFAPGEVMPTDFSIQTPARSAQNRITGNDIAPSGRITGPGMLATGLITGTPEFRHAARELVGSPQPMAMAMANRNKAAQAPVVQPEVVATQEKPELVCAPRSDQMDRVSGEGKERCHITGDDWSVNKHITGTAGQWASGRNPSMRGNARVVETSAFANRNVPKPEKPGSKITGSSGNDTQGSLITYSGGARG

来源 Source

来源生物 organism	Halothiobacillus neapolitanus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	927
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	2.75 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	12775

fit	/app/data/saxs_computation/yv/8yvd/8yvd.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yv/8yvd/8yvd.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yv/8yvd/8yvd.dat

;Cryo-EM structure of carboxysomal midi-shell: icosahedral assembly from CsoS4A/4B/1A/1B/1C/1D and CsoS2 C-terminal co-expression (T = 16) ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)