SAXSdb — 8z5w

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8z5w
沉积日期 deposition_date	2024-04-18
结构标题 title	Cryo-EM structure of the LRR protein within the polar flagellar motor
关键词 keywords	Polar flagellum, Polar flagellar motor, LRR, MOTOR PROTEIN; MOTOR PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	53.09 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	52.90 Å
零角强度 I(0) i0	4040960000.00
分子量 molecular_weight	515140.0 kDa
排除体积 excluded_volume	637390 Å³
包络体积 envelope_volume	894800 Å³
水化壳体积 shell_volume	132210 Å³
包络直径 envelope_diameter	194.8 Å
壳层 Rg shell_rg	61.86 Å
包络 Rg envelope_rg	53.09 Å
形状 Rg shape_rg	52.94 Å
总 Rg total_rg	52.98 Å
总原子数 total_atoms	36128
残基数 n_residues	4810
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	176.3 Å
Rg (实空间) rg_real	52.89 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.30 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.0410e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.1000e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	53.24 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	4043000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5689
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	64.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.223
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.264
角度范围 angular_range	— – 0.1500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	456800000.0000
实空间数据点数 n_real_points	31
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.806; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.007; Positv: 1.000; Valcen: 0.951; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Leucine-rich repeat protein
分子量 formula_weight	21518.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	0,9
原子数 atom_count	36128

MRFVSLFLTLMLLCFPSFAYELDYYSKFGHTDNYGNLDLRNKPYTQLPSGFVVKGNLNISQTPIKKLPKGLDVGGSLEATNSALKTIRSGTKIKGYANLLGSKIESWPRGIKLGGYLNLTDTPLKTLPAKLRVKGDLSVIRTPISALPEGLVVDGNLYIGGSALQVFPDTMTVKGNIFLGGNKITKWPSNLTLGGAVAP

Entity 2 polymer

描述 description	Flagellar basal-body rod protein FlgG
分子量 formula_weight	27908.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,AP,AQ,AR

MHPALWVSKTGLDAQQTNIATISNNLANASTVGYKKSRAVFEDLFYQNINQPGGQSSQNTELPSGLMLGAGSKVVATQKVHTHGNAQTTTNALDMMVEGDGFFQVTLPDGNIGYTRNGQFTLNGEGTLVTSGSGYPVEPEIVIPEDAISITVGTDGEVSVRVRGQQDNQVVGQLTITDFVNPGGLEPIGQNLYLPTGASGDPQEGVPGLDGLGEIRQSMLEASNVNVTEELVNMIEAQRVYEMNSKVISSVDKMMSFVNQQL

Entity 3 polymer

描述 description	Flagellar M-ring protein
分子量 formula_weight	63915.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	15

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	AA,AB,AC,AD,AE,AF,AG,AH,AI,AJ,AK,AL,AM,AN,AO

MADKSTDLTVTEGGSDGALVASSDVDVESQNPDLEERSASKFDMAVGDLDLLRQVVLVLSISICVALIVMLFFWVKEPEMRPLGAYETEELIPVLDYLDQQKINYKLDGNTISVESSEYNSIKLGMVRSGVNQATEAGDDILLQDMGFGVSQRLEQERLKLSRERQLAQAIEEMKQVRKARVLLALPKHSVFVRHNQEASASVFLTLSTGTNLKQQEVDSIVDMVASAVPGMKTSRITVTDQHGRLLSSGSQDPASAARRKEQELERSQEQALREKIDSVLLPILGYGNYTAQVDIQMDFSAVEQTRKRFDPNTPATRSEYALEDYNNGNMVAGIPGALSNQPPADASIPQDVAQMKDGSVMGQGSVRKESTRNFELDTTISHERKQTGTVARQTVSVAIKDRRQVNPDTGEVTYTPMSESEINAIRQVLIGTVGFDQGRGDLLNVLSVKFAEPEAEQLEEPPIWEHPNFSDWVRWFASALVIIVVVLVLVRPAMKKLLNPTSDDEDEMYGPDGLPIGADGETSLIGSDIESSELFEFGSSIDLPNLHKDEDVLKAVRALVANEPELAAQVVKNWMNDNG

Entity 4 polymer

描述 description	Flagellar basal body rod protein FlgB
分子量 formula_weight	14240.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	5

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	b,c,d,e,f

MAISFDNALGIHQHTVGVRERNAEVISTNIAQANTPGYKARGLDFAKELQAATSGASIGLSRTDGRHIPATTTLVGDKLYRLPTQPDTGDGNTVDLDLERNLFMQNQIRHQASLDFLGSKFKNLTKAIKGE

Entity 5 polymer

描述 description	Flagellar basal-body rod protein FlgC
分子量 formula_weight	14812.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	g,h,i,j,k,l

MSLFNVFNVTGSAMSAESVRLNTTSSNLANADSVSSSAKDTYKARHAVFGAELSNAMRGGDTVPVKVMGIVESDKPLSAEYNPDHPLANEEGYIYKPNVNVMEEMANMISASRAYQTNVQVADSSKQMLLRTLQMGQ

Entity 6 polymer

描述 description	Flagellar basal-body rod protein FlgF
分子量 formula_weight	26987.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	5

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	m,n,o,p,q

MDRALFLAMSGAKQNMQALQLRANNLANVSTTGFRADLAQARSMQAYGEGHPSRVFSMTERPGHNFAQGSVITTGRDLDVTIEGSGWISVLDHTGKEGLTRNGNLKVDQNGMLTNASGHLVLGENDAPITLPIPLSKIEIGRDGTISVLPQGAPAEEFQAVDRIKLVKPNDQSLFKDTNGLFRHKTPNQPYEADATVSLQTGAIEGSNVNAVGEMTALIDLQRQFEMQVKMMSTAEEMDKSSDSLLRMS

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.46 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	19450

fit	/app/data/saxs_computation/z5/8z5w/8z5w.fit
pddf	/app/data/pr_computation/z5/8z5w/8z5w.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/z5/8z5w/8z5w.dat

Cryo-EM structure of the LRR protein within the polar flagellar motor

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)