SAXSdb — 8zmf

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

5-hydroxytryptamine receptor 2C,Soluble cytochrome b562

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	单体	蛋白 1	1-[(4-fluorophenyl)methyl]-1-[(8~{S})-5-methyl-5-azaspiro[2.5]octan-8-yl]-3-[[4-(2-methylpropoxy)phenyl]methyl]urea × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	C562_ECOLX
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 233–338； UniProt 23–128

5-hydroxytryptamine receptor 2C,Soluble cytochrome b562

Homo sapiens

UniProt P28335

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	单体	蛋白 1	1-[(4-fluorophenyl)methyl]-1-[(8~{S})-5-methyl-5-azaspiro[2.5]octan-8-yl]-3-[[4-(2-methylpropoxy)phenyl]methyl]urea × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	5HT2C_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 27–232； UniProt 40–245 作者链 A； PDB构建体 339–431； UniProt 301–393

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8zmf
沉积日期 deposition_date	2024-05-23
结构标题 title	Crystal structure of an inverse agonist antipsychotic drug derivative-bound 5-HT2C
关键词 keywords	class A G protein-coupled receptor, inverse agonist, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8zmf__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8zmf__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8zmf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	25.66 Å
Rg（电子密度）	24.89 Å
总 Rg	25.62 Å
原子数	2685
残基数	331
排除体积	49408 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8zmf__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	5-hydroxytryptamine receptor 2C,Soluble cytochrome b562
分子量 formula_weight	49770.3 kDa
突变 mutation	M29W,H124I,R128L,C360N
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2685

MKTIIALSYIFCLVFADYKDDDDGAPTSDGGRFKFPDGVQNWPALSIVIIIIMTIGGNILVIMAVSMEKKLHNATNYFLMSLAIADMLVGLLVMPLSLLAILYDYVWPLPRYLCPVWISLDVLFSTASIMHLCAISLDRYVAIRNPIEHSRFNSRTKAIMKIAIVWAISIGVSVPIPVIGLRDEEKVFVNNTTCVLNDPNFVLIGSFVAFFIPLTIMVITYCLTIYVLRRQAADLEDNWETLNDNLKVIEKADNAAQVKDALTKMRAAALDAQKATPPKLEDKSPDSPEMKDFRHGFDILVGQIDDALKLANEGKVKEAQAAAEQLKTTRNAYIQKYLQAINNERKASKVLGIVFFVFLIMWCPFFITNILSVLCEKSCNQKLMEKLLNVFVWIGYVNSGINPLVYTLFNKIYRRAFSNYLRCNYKVEKKPLEENLYFQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	1-[(4-fluorophenyl)methyl]-1-[(8~{S})-5-methyl-5-azaspiro[2.5]octan-8-yl]-3-[[4-(2-methylpropoxy)phenyl]methyl]urea
分子量 formula_weight	453.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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晶胞边长 a length_a	88.840 Å
晶胞边长 b length_b	96.010 Å
晶胞边长 c length_c	149.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	21
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	3.600 Å
最低分辨率 resolution_low	49.070 Å
R 因子 r_factor	0.2651
R_work r_work	0.2627
R_free r_free	0.2854

Crystal structure of an inverse agonist antipsychotic drug derivative-bound 5-HT2C

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

5-hydroxytryptamine receptor 2C,Soluble cytochrome b562

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

5-hydroxytryptamine receptor 2C,Soluble cytochrome b562

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8zmf__assembly_1__model_1

8zmf__assembly_1__model_1 | I(q)

8zmf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of an inverse agonist antipsychotic drug derivative-bound 5-HT2C

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

5-hydroxytryptamine receptor 2C,Soluble cytochrome b562

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

5-hydroxytryptamine receptor 2C,Soluble cytochrome b562

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8zmf__assembly_1__model_1

8zmf__assembly_1__model_1 | I(q)

8zmf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

7. 引用文献 (1)