8zpq

Crystal structure of SARS-Cov-2-BQ1.1-RBD and 70fab

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 131.0 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8zpq
沉积日期 deposition_date	2024-05-31
最后修订 last_revision	2025-06-11
结构标题 title	Crystal structure of SARS-Cov-2-BQ1.1-RBD and 70fab
关键词 keywords	SARS-Cov-2, VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	49.11 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	51.01 Å
零角强度 I(0) i0	274334000.00
分子量 molecular_weight	134930.0 kDa
排除体积 excluded_volume	168320 Å³
包络体积 envelope_volume	241110 Å³
水化壳体积 shell_volume	45854 Å³
包络直径 envelope_diameter	192.4 Å
壳层 Rg shell_rg	43.46 Å
包络 Rg envelope_rg	52.11 Å
形状 Rg shape_rg	50.93 Å
总 Rg total_rg	50.95 Å
总原子数 total_atoms	9515
残基数 n_residues	1246
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	131.0 Å
Rg (实空间) rg_real	44.92 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.52 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.6040e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.9290e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	49.12 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	273800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6562
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	36.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.447
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.693
角度范围 angular_range	— – 0.1600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.5143
最高正则化参数 α highest_alpha	14310000.0000
实空间数据点数 n_real_points	33
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.001; Oscil: 0.929; Stabil: 0.988; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.810; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	70fab-H
分子量 formula_weight	24344.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,A
原子数 atom_count	9519

DEVQLVESGGGLVQPRGSLRLSCSASGFTFSTYAMHWVRQAPGKGLEYVSGISVNGDSTNYAESVKGRFTISRDNSKNTLFLEMRSLKVEDTAVYYCVKDKMGYPTGEYFPHWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	70fab-L
分子量 formula_weight	22911.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,B

DQSVLTQPPSVSVAPGKTARITCGGNDIGSKSVHWYQQKPGQAPVLVIYYDTDRPSGIPDRFSGSNSGNTATLTISGVEAGDEADYYCQVWDGTSDHHVIFGGGTKLTVLGQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADSSPVKAGVETTTPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTECS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	Spike protein S1
分子量 formula_weight	25171.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F

RVQPTESIVRFPNITNLCPFDEVFNATTFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNFAPFFAFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGNEVSQIAPGQTGNIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNKLDSTVGGNYNYRYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGNKPCNGVAGVNCYFPLQSYGFRPTYGVGHQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKSTNLVKNKCVNF

来源 Source

来源生物 organism	Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
通用名 common_name	2019-nCoV, SARS-CoV-2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2697049
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	69.886 Å
晶胞边长 b length_b	93.251 Å
晶胞边长 c length_c	257.490 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.750 Å
最低分辨率 resolution_low	47.350 Å
R 因子 r_factor	0.2362
R_work r_work	0.2338
R_free r_free	0.2815

fit	/app/data/saxs_computation/zp/8zpq/8zpq.fit
pddf	/app/data/pr_computation/zp/8zpq/8zpq.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/zp/8zpq/8zpq.dat

Crystal structure of SARS-Cov-2-BQ1.1-RBD and 70fab

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)