8zrd

The complex structure of SARS-CoV-2 RBD and llama single-domain antibody S4

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 86.8 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8zrd
沉积日期 deposition_date	2024-06-04
结构标题 title	The complex structure of SARS-CoV-2 RBD and llama single-domain antibody S4
关键词 keywords	SARS-CoV-2, llama single-domain antibody, VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.58 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.56 Å
零角强度 I(0) i0	76874100.00
分子量 molecular_weight	67109.0 kDa
排除体积 excluded_volume	83108 Å³
包络体积 envelope_volume	108290 Å³
水化壳体积 shell_volume	33307 Å³
包络直径 envelope_diameter	89.0 Å
壳层 Rg shell_rg	34.58 Å
包络 Rg envelope_rg	27.07 Å
形状 Rg shape_rg	27.52 Å
总 Rg total_rg	28.41 Å
总原子数 total_atoms	4750
残基数 n_residues	629
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	86.8 Å
Rg (实空间) rg_real	28.44 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.46 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.6870e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1790e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.50 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	76880000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9132
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	36.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.075
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.607
角度范围 angular_range	— – 0.2750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8064000.0000
实空间数据点数 n_real_points	56
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.963; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.982

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Spike protein S1
分子量 formula_weight	24883.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E
原子数 atom_count	4793

ADPRVQPTESIVRFPNITNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFPLQSYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2697049
宿主生物 host_organism	BAC Cloning vector 16-12-21

Entity 2 polymer

描述 description	llama single-domain antibody S4
分子量 formula_weight	16005.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

MAVQLVESGGGFVQPGGSLRLSCLASGFAFGDHYMTWVRQAPGKGLEWVSDINNYGDNTFYSQSVKGRFTVSRDNAKNTLYLEMKSLEPEDTALYYCARPRKDVGGSYLYTHFPGLTEYDYWGQGTQVTVSSGGGSLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Lama glama
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9844
宿主生物 host_organism	BAC Cloning vector 16-12-21

Entity 3 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	43

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	116.187 Å
晶胞边长 b length_b	116.187 Å
晶胞边长 c length_c	248.496 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 61 2 2
空间群编号 int_tables_number	178
晶系 crystal_system	hexagonal

分辨率 resolution	2.715 Å
最低分辨率 resolution_low	27.800 Å
R 因子 r_factor	0.2396
R_work r_work	0.2351
R_free r_free	0.2953

fit	/app/data/saxs_computation/zr/8zrd/8zrd.fit
pddf	/app/data/pr_computation/zr/8zrd/8zrd.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/zr/8zrd/8zrd.dat

The complex structure of SARS-CoV-2 RBD and llama single-domain antibody S4

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)