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9ay1

Cryo-EM structure of SINV/EEEV in complex with a potently neutralizing human antibody IgG EEEV-373

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 199.4 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Spike glycoprotein E1

Eastern equine encephalitis virus

UniProt Q4QXJ7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 600 其他聚合物 240 PDB 声明：600-meric（600） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 802–1201 链 B； UniProt 802–1201 链 C； UniProt 802–1201 链 D； UniProt 802–1201 未记录 IgG EEEV-373 Heavy chain × 60 IgG EEEV-373 Light chain × 60 E2 glycoprotein × 240 （A9XR09） beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 180 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 60 BMA beta-D-mannopyranose × 60 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 240 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.60 Å
2 其他组合 异源复合物 蛋白 × 10 其他聚合物 4 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 802–1201 链 B； UniProt 802–1201 链 C； UniProt 802–1201 链 D； UniProt 802–1201 未记录 IgG EEEV-373 Heavy chain × 1 IgG EEEV-373 Light chain × 1 E2 glycoprotein × 4 （A9XR09） beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 BMA beta-D-mannopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.60 Å
3 其他组合 异源复合物 蛋白 × 50 其他聚合物 20 PDB 声明：50-meric（50） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 802–1201 链 B； UniProt 802–1201 链 C； UniProt 802–1201 链 D； UniProt 802–1201 未记录 IgG EEEV-373 Heavy chain × 5 IgG EEEV-373 Light chain × 5 E2 glycoprotein × 20 （A9XR09） beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 BMA beta-D-mannopyranose × 5 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 20 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.60 Å
4 其他组合 异源复合物 蛋白 × 60 其他聚合物 24 PDB 声明：60-meric（60） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 802–1201 链 B； UniProt 802–1201 链 C； UniProt 802–1201 链 D； UniProt 802–1201 未记录 IgG EEEV-373 Heavy chain × 6 IgG EEEV-373 Light chain × 6 E2 glycoprotein × 24 （A9XR09） beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 BMA beta-D-mannopyranose × 6 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.60 Å
5 其他组合 异源复合物 蛋白 × 10 其他聚合物 4 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 802–1201 链 B； UniProt 802–1201 链 C； UniProt 802–1201 链 D； UniProt 802–1201 未记录 IgG EEEV-373 Heavy chain × 1 IgG EEEV-373 Light chain × 1 E2 glycoprotein × 4 （A9XR09） beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 BMA beta-D-mannopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9AY1 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
7N69 Pre-fusion state 2 of EEEV with localized reconstruction 提交 2021-06-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 802–1242（441 aa）
链 B 325–744（420 aa）
链 C 802–1242（441 aa）
链 D 325–744（420 aa）
链 E 802–1242（441 aa）
链 F 325–744（420 aa）
链 G 802–1242（441 aa）
链 H 325–744（420 aa）
链 I 802–1242（441 aa）
链 J 325–744（420 aa）
链 K 802–1242（441 aa）
链 L 325–744（420 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 5.5；pH 5.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot for 3.3 seconds before plunging
分辨率 14.10 Å
7N6A Pre-fusion state 1 of EEEV with localized reconstruction 提交 2021-06-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 802–1242（441 aa）
链 B 325–744（420 aa）
链 C 802–1242（441 aa）
链 D 325–744（420 aa）
链 E 802–1242（441 aa）
链 F 325–744（420 aa）
链 G 802–1242（441 aa）
链 H 325–744（420 aa）
链 I 802–1242（441 aa）
链 J 325–744（420 aa）
链 K 802–1242（441 aa）
链 L 325–744（420 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 5.5；pH 5.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot for 3.3 seconds before plunging
分辨率 14.30 Å
7V0N Cryo-EM structure of SINV/EEEV in complex with Fab fragment of a moderately/weakly neutralizing human antibody IgG-21 提交 2022-05-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric
链 A 802–1201（400 aa）
链 B 802–1201（400 aa）
链 C 802–1201（400 aa）
链 D 802–1201（400 aa）
链 a 325–666（342 aa）
链 b 325–666（342 aa）
链 c 325–666（342 aa）
链 d 325–666（342 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.90 Å
7V0O Cryo-EM structure of SINV/EEEV in complex with Fab fragment of a moderately/weakly neutralizing human antibody IgG-94 提交 2022-05-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric
链 A 802–1201（400 aa）
链 B 802–1201（400 aa）
链 C 802–1201（400 aa）
链 D 802–1201（400 aa）
链 a 325–666（342 aa）
链 b 325–666（342 aa）
链 c 325–666（342 aa）
链 d 325–666（342 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.60 Å
7V0P Cryo-EM structure of SINV/EEEV in complex with Fab fragment of a potently neutralizing human antibody IgG-106 提交 2022-05-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric
链 A 802–1201（400 aa）
链 B 802–1201（400 aa）
链 C 802–1201（400 aa）
链 D 802–1201（400 aa）
链 a 325–666（342 aa）
链 b 325–666（342 aa）
链 c 325–666（342 aa）
链 d 325–666（342 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.20 Å
8VSV Cryo-EM structure of SINV/EEEV in complex with a potently neutralizing intact human antibody EEEV-373 提交 2024-01-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：16-meric
链 A 802–1201（400 aa）
链 B 802–1201（400 aa）
链 C 802–1201（400 aa）
链 D 802–1201（400 aa）
链 E 802–1201（400 aa）
链 F 802–1201（400 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
8XI4 Structure of Eastern Equine Encephalitis VLP in complex with the receptor VLDLR LA1-2 提交 2023-12-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：16-meric
链 A 802–1242（441 aa）
链 B 325–744（420 aa）
链 C 1–261（261 aa）
链 D 802–1242（441 aa）
链 E 325–744（420 aa）
链 F 1–261（261 aa）
链 G 802–1242（441 aa）
链 H 325–744（420 aa）
链 I 1–261（261 aa）
链 J 802–1242（441 aa）
链 K 325–744（420 aa）
链 L 1–261（261 aa）
突变：K67N 突变：K67N 突变：K67N 突变：K67N CA CALCIUM ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
8XI5 Structure of Eastern Equine Encephalitis VLP in complex with the receptor VLDLR LA3-5 提交 2023-12-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：20-meric
链 A 802–1242（441 aa）
链 B 325–744（420 aa）
链 C 1–261（261 aa）
链 D 802–1242（441 aa）
链 E 325–744（420 aa）
链 F 1–261（261 aa）
链 G 802–1242（441 aa）
链 H 325–744（420 aa）
链 I 1–261（261 aa）
链 J 802–1242（441 aa）
链 K 325–744（420 aa）
链 L 1–261（261 aa）
突变：K67N 突变：K67N 突变：K67N 突变：K67N CA CALCIUM ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
8YS2 Overall structure of Eastern Equine Encephalitis virus VLP in complex with the receptor VLDLR LA1-2 提交 2024-03-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 960 PDB 声明：960-meric
链 A 802–1242（441 aa）
链 B 325–744（420 aa）
链 C 1–261（261 aa）
链 D 802–1242（441 aa）
链 E 325–744（420 aa）
链 F 1–261（261 aa）
链 G 802–1242（441 aa）
链 H 325–744（420 aa）
链 I 1–261（261 aa）
链 J 802–1242（441 aa）
链 K 325–744（420 aa）
链 L 1–261（261 aa）
突变：K67N 突变：K67N 突变：K67N 突变：K67N CA CALCIUM ION × 480 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.20 Å
8YS4 Overall structure of Eastern Equine Encephalitis virus VLP in complex with the receptor VLDLR LA3-5 提交 2024-03-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 1200 PDB 声明：1200-meric
链 A 802–1242（441 aa）
链 B 325–744（420 aa）
链 C 1–261（261 aa）
链 D 802–1242（441 aa）
链 E 325–744（420 aa）
链 F 1–261（261 aa）
链 G 802–1242（441 aa）
链 H 325–744（420 aa）
链 I 1–261（261 aa）
链 J 802–1242（441 aa）
链 K 325–744（420 aa）
链 L 1–261（261 aa）
突变：K67N 突变：K67N 突变：K67N 突变：K67N CA CALCIUM ION × 480 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.80 Å

共 10 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 POLS_EEEVF
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–400； UniProt 802–1201 作者链 B； PDB构建体 1–400； UniProt 802–1201 作者链 C； PDB构建体 1–400； UniProt 802–1201 作者链 D； PDB构建体 1–400； UniProt 802–1201

E2 glycoprotein

Eastern equine encephalitis virus

UniProt A9XR09

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 600 其他聚合物 240 PDB 声明：600-meric（600） 与蛋白拷贝数一致 链 a； UniProt 1–338 链 b； UniProt 1–338 链 c； UniProt 1–338 链 d； UniProt 1–338 未记录 IgG EEEV-373 Heavy chain × 60 IgG EEEV-373 Light chain × 60 Spike glycoprotein E1 × 240 （Q4QXJ7） beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 180 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 60 BMA beta-D-mannopyranose × 60 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 240 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.60 Å
2 其他组合 异源复合物 蛋白 × 10 其他聚合物 4 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白拷贝数一致 链 a； UniProt 1–338 链 b； UniProt 1–338 链 c； UniProt 1–338 链 d； UniProt 1–338 未记录 IgG EEEV-373 Heavy chain × 1 IgG EEEV-373 Light chain × 1 Spike glycoprotein E1 × 4 （Q4QXJ7） beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 BMA beta-D-mannopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.60 Å
3 其他组合 异源复合物 蛋白 × 50 其他聚合物 20 PDB 声明：50-meric（50） 与蛋白拷贝数一致 链 a； UniProt 1–338 链 b； UniProt 1–338 链 c； UniProt 1–338 链 d； UniProt 1–338 未记录 IgG EEEV-373 Heavy chain × 5 IgG EEEV-373 Light chain × 5 Spike glycoprotein E1 × 20 （Q4QXJ7） beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 BMA beta-D-mannopyranose × 5 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 20 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.60 Å
4 其他组合 异源复合物 蛋白 × 60 其他聚合物 24 PDB 声明：60-meric（60） 与蛋白拷贝数一致 链 a； UniProt 1–338 链 b； UniProt 1–338 链 c； UniProt 1–338 链 d； UniProt 1–338 未记录 IgG EEEV-373 Heavy chain × 6 IgG EEEV-373 Light chain × 6 Spike glycoprotein E1 × 24 （Q4QXJ7） beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 BMA beta-D-mannopyranose × 6 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.60 Å
5 其他组合 异源复合物 蛋白 × 10 其他聚合物 4 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白拷贝数一致 链 a； UniProt 1–338 链 b； UniProt 1–338 链 c； UniProt 1–338 链 d； UniProt 1–338 未记录 IgG EEEV-373 Heavy chain × 1 IgG EEEV-373 Light chain × 1 Spike glycoprotein E1 × 4 （Q4QXJ7） beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 BMA beta-D-mannopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9AY1 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
8VSV Cryo-EM structure of SINV/EEEV in complex with a potently neutralizing intact human antibody EEEV-373 提交 2024-01-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：16-meric
链 a 1–338（338 aa）
链 b 1–338（338 aa）
链 c 1–338（338 aa）
链 d 1–338（338 aa）
链 e 1–338（338 aa）
链 f 1–338（338 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
9YAW Localized reconstruction of the asymmetric unit of SINV/EEEV in complex with Fab EEEV-33 at arm 4 at pH 5.6. 提交 2025-09-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：14-meric
链 a 2–419（418 aa）
链 b 1–419（419 aa）
链 c 1–419（419 aa）
链 d 2–419（418 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 5.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
9YB3 Localized reconstruction of the asymmetric unit of SINV/EEEV. 提交 2025-09-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric
链 a 2–419（418 aa）
链 b 1–419（419 aa）
链 c 1–419（419 aa）
链 d 2–419（418 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
9YB4 Localized reconstruction of the asymmetric unit of the low pH treated back neutralized SINV/EEEV. 提交 2025-09-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric
链 a 2–419（418 aa）
链 b 1–419（419 aa）
链 c 1–419（419 aa）
链 d 2–419（418 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A9XR09_EEEV
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 a； PDB构建体 1–338； UniProt 1–338 作者链 b； PDB构建体 1–338； UniProt 1–338 作者链 c； PDB构建体 1–338； UniProt 1–338 作者链 d； PDB构建体 1–338； UniProt 1–338

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9ay1

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9ay1
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9ay1
沉积日期 deposition_date2024-03-07
结构标题 titleCryo-EM structure of SINV/EEEV in complex with a potently neutralizing human antibody IgG EEEV-373
关键词 keywordscryo-EM, single particle, virus neutralization, intra-virion crosslink, VIRUS-IMMUNE SYSTEM complex, VIRUS; VIRUS
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier58.83 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron57.49 Å
零角强度 I(0) i02009790000.00
分子量 molecular_weight353650.0 kDa
排除体积 excluded_volume433190 ų
包络体积 envelope_volume702770 ų
水化壳体积 shell_volume102830 ų
包络直径 envelope_diameter211.2 Å
壳层 Rg shell_rg57.73 Å
包络 Rg envelope_rg57.84 Å
形状 Rg shape_rg57.56 Å
总 Rg total_rg57.26 Å
总原子数 total_atoms24892
残基数 n_residues3394
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax199.4 Å
Rg (实空间) rg_real58.82 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.79 Å
I(0) (实空间) i0_real2.0100e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.2230e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal58.81 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal2010000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8738
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary73.9 Å
偏度 Skewness skewness0.316
峰度 Kurtosis kurtosis-0.262
角度范围 angular_range— – 0.1350 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha87110000.0000
实空间数据点数 n_real_points28
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.871; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.741
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)