9b9z

Structural mechanism of CB1R binding to peripheral and biased inverse agonists

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 109.6 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cannabinoid receptor 1,Glycogen synthase

Homo sapiens

UniProt P21554

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 R; UniProt 96–301 链 R; UniProt 333–416 未记录 CNb36 × 1 A1AKO (4S)-3-(4-chlorophenyl)-N'-[(1E)-ethanimidoyl]-4-phenyl-N-[4-(trifluoromethyl)benzene-1-sulfonyl]-4,5-dihydro-1H-pyrazole-1-carboximidamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 30 个其他 PDB 条目、30 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CNR1_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 R; PDB构建体 34–239; UniProt 96–301 作者链 R; PDB构建体 436–519; UniProt 333–416

Cannabinoid receptor 1,Glycogen synthase

Homo sapiens

UniProt Q9V2J8

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 R; UniProt 218–413 未记录 CNb36 × 1 A1AKO (4S)-3-(4-chlorophenyl)-N'-[(1E)-ethanimidoyl]-4-phenyl-N-[4-(trifluoromethyl)benzene-1-sulfonyl]-4,5-dihydro-1H-pyrazole-1-carboximidamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 37 个其他 PDB 条目、41 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q9V2J8_PYRAB
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 R; PDB构建体 240–435; UniProt 218–413

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9b9z

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9b9z
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9b9z
沉积日期 deposition_date2024-04-03
结构标题 titleStructural mechanism of CB1R binding to peripheral and biased inverse agonists
关键词 keywordsobesity, membrane protein, nanobody, SIGNALING PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; SIGNALING PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier32.71
回转半径 Rg (电子) rg_electron32.68
零角强度 I(0) i0130853000.00
分子量 molecular_weight62573.0 kDa
排除体积 excluded_volume61402 ų
包络体积 envelope_volume109060 ų
水化壳体积 shell_volume29863 ų
包络直径 envelope_diameter113.2
壳层 Rg shell_rg36.61
包络 Rg envelope_rg32.68
形状 Rg shape_rg32.65
总 Rg total_rg32.98
总原子数 total_atoms4745
残基数 n_residues601
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax109.6
Rg (实空间) rg_real33.02
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.13
I(0) (实空间) i0_real1.3090e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.3420e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal32.89
I(0) (倒空间) i0_reciprocal130800000.0000
解质量估计 total_estimate0.8423
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary27.4
偏度 Skewness skewness0.441
峰度 Kurtosis kurtosis-0.585
角度范围 angular_range— – 0.2400 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha20230000.0000
实空间数据点数 n_real_points49
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.794; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.688; Smooth: 0.876

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)