SAXSdb — 9bw6

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Major vault protein

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 156 PDB 声明：156-meric（156）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–893 链 C； UniProt 1–893	未记录	Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP4 × 78 （Q9UKK3）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8；50 mM HEPES, 5 mM MgCl2, 5 mM CaCl2, 0.25 mM DTT cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；Vitrification carried out under standard conditions	分辨率 2.90 Å
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–893 链 C； UniProt 1–893	未记录	Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP4 × 2 （Q9UKK3）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8；50 mM HEPES, 5 mM MgCl2, 5 mM CaCl2, 0.25 mM DTT cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；Vitrification carried out under standard conditions	分辨率 2.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9BW6	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
11DR Human Brain RNA Vault Shoulder bound to ADPR, focused refinement (EMPIAR-10766) 提交 2026-02-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–893（893 aa）链 B 1–893（893 aa）链 C 1–893（893 aa）	未记录	AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.62 Å
11DV RNA Vault waist region, focused refinement (MVP/TEP1 sample) 提交 2026-02-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–893（893 aa）链 B 1–893（893 aa）链 C 1–893（893 aa）链 D 1–893（893 aa）链 E 1–893（893 aa）链 F 1–893（893 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM Tris 7.5 75 NaCl 1.5 mM MgCl2 1 mM DTT 1 mM BAD 1 mM AMP-PNP 0.025% DDM cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.33 Å
11EE RNA Vault shoulder region with BAD bound, focused refinement (MVP/TEP1 sample) 提交 2026-02-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–893（893 aa）链 B 1–893（893 aa）链 C 1–893（893 aa）	未记录	DQV [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl [(2R,3S,4R,5S)-5-(3-carbamoylphenyl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name) × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM Tris 7.5 75 NaCl 1.5 mM MgCl2 1 mM DTT 1 mM BAD 1 mM AMP-PNP 0.025% DDM cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 1.87 Å
11EQ RNA Vault with BAD bound (MVP/TEP1 sample) 提交 2026-02-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 78 PDB 声明：78-meric	链 0 1–893（893 aa）链 1 1–893（893 aa）链 2 1–893（893 aa）链 3 1–893（893 aa）链 4 1–893（893 aa）链 5 1–893（893 aa）链 6 1–893（893 aa）链 7 1–893（893 aa）链 8 1–893（893 aa）链 9 1–893（893 aa）链 A 1–893（893 aa）链 AA 1–893（893 aa）链 AB 1–893（893 aa）链 AC 1–893（893 aa）链 AD 1–893（893 aa）链 AE 1–893（893 aa）链 AF 1–893（893 aa）链 AG 1–893（893 aa）链 AH 1–893（893 aa）链 AI 1–893（893 aa）链 AJ 1–893（893 aa）链 AK 1–893（893 aa）链 AL 1–893（893 aa）链 AM 1–893（893 aa）链 AN 1–893（893 aa）链 AO 1–893（893 aa）链 AP 1–893（893 aa）链 B 1–893（893 aa）链 C 1–893（893 aa）链 D 1–893（893 aa）链 E 1–893（893 aa）链 F 1–893（893 aa）链 G 1–893（893 aa）链 H 1–893（893 aa）链 I 1–893（893 aa）链 J 1–893（893 aa）链 K 1–893（893 aa）链 L 1–893（893 aa）链 M 1–893（893 aa）链 N 1–893（893 aa）链 O 1–893（893 aa）链 P 1–893（893 aa）链 Q 1–893（893 aa）链 R 1–893（893 aa）链 S 1–893（893 aa）链 T 1–893（893 aa）链 U 1–893（893 aa）链 V 1–893（893 aa）链 W 1–893（893 aa）链 X 1–893（893 aa）链 Y 1–893（893 aa）链 Z 1–893（893 aa）链 a 1–893（893 aa）链 b 1–893（893 aa）链 c 1–893（893 aa）链 d 1–893（893 aa）链 e 1–893（893 aa）链 f 1–893（893 aa）链 g 1–893（893 aa）链 h 1–893（893 aa）链 i 1–893（893 aa）链 j 1–893（893 aa）链 k 1–893（893 aa）链 l 1–893（893 aa）链 m 1–893（893 aa）链 n 1–893（893 aa）链 o 1–893（893 aa）链 p 1–893（893 aa）链 q 1–893（893 aa）链 r 1–893（893 aa）链 s 1–893（893 aa）链 t 1–893（893 aa）链 u 1–893（893 aa）链 v 1–893（893 aa）链 w 1–893（893 aa）链 x 1–893（893 aa）链 y 1–893（893 aa）链 z 1–893（893 aa）	未记录	DQV [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl [(2R,3S,4R,5S)-5-(3-carbamoylphenyl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name) × 78	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM Tris 7.5 75 NaCl 1.5 mM MgCl2 1 mM DTT 1 mM BAD 1 mM AMP-PNP 0.025% DDM cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.17 Å
11FH RNA Vault cap (MVP/PARP4/TEP1 sample) 提交 2026-02-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 39 PDB 声明：39-meric	链 A 1–893（893 aa）链 B 1–893（893 aa）链 C 1–893（893 aa）链 D 1–893（893 aa）链 E 1–893（893 aa）链 F 1–893（893 aa）链 G 1–893（893 aa）链 H 1–893（893 aa）链 I 1–893（893 aa）链 J 1–893（893 aa）链 K 1–893（893 aa）链 L 1–893（893 aa）链 M 1–893（893 aa）链 N 1–893（893 aa）链 O 1–893（893 aa）链 P 1–893（893 aa）链 Q 1–893（893 aa）链 R 1–893（893 aa）链 S 1–893（893 aa）链 T 1–893（893 aa）链 U 1–893（893 aa）链 V 1–893（893 aa）链 W 1–893（893 aa）链 X 1–893（893 aa）链 Y 1–893（893 aa）链 Z 1–893（893 aa）链 a 1–893（893 aa）链 b 1–893（893 aa）链 c 1–893（893 aa）链 d 1–893（893 aa）链 e 1–893（893 aa）链 f 1–893（893 aa）链 g 1–893（893 aa）链 h 1–893（893 aa）链 i 1–893（893 aa）链 j 1–893（893 aa）链 k 1–893（893 aa）链 l 1–893（893 aa）链 m 1–893（893 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；50 mM Tris 150 mM NaCl 1 mM DTT 1 mM NADP 0.025% DDM cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 1.92 Å
11JB RNA Vault with ADPR bound (MVP/PARP4/TEP1 NADP sample) 提交 2026-02-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 78 PDB 声明：78-meric	链 0 1–893（893 aa）链 1 1–893（893 aa）链 2 1–893（893 aa）链 3 1–893（893 aa）链 4 1–893（893 aa）链 5 1–893（893 aa）链 6 1–893（893 aa）链 7 1–893（893 aa）链 8 1–893（893 aa）链 9 1–893（893 aa）链 A 1–893（893 aa）链 AA 1–893（893 aa）链 AB 1–893（893 aa）链 AC 1–893（893 aa）链 AD 1–893（893 aa）链 AE 1–893（893 aa）链 AF 1–893（893 aa）链 AG 1–893（893 aa）链 AH 1–893（893 aa）链 AI 1–893（893 aa）链 AJ 1–893（893 aa）链 AK 1–893（893 aa）链 AL 1–893（893 aa）链 AM 1–893（893 aa）链 AN 1–893（893 aa）链 AO 1–893（893 aa）链 AP 1–893（893 aa）链 B 1–893（893 aa）链 C 1–893（893 aa）链 D 1–893（893 aa）链 E 1–893（893 aa）链 F 1–893（893 aa）链 G 1–893（893 aa）链 H 1–893（893 aa）链 I 1–893（893 aa）链 J 1–893（893 aa）链 K 1–893（893 aa）链 L 1–893（893 aa）链 M 1–893（893 aa）链 N 1–893（893 aa）链 O 1–893（893 aa）链 P 1–893（893 aa）链 Q 1–893（893 aa）链 R 1–893（893 aa）链 S 1–893（893 aa）链 T 1–893（893 aa）链 U 1–893（893 aa）链 V 1–893（893 aa）链 W 1–893（893 aa）链 X 1–893（893 aa）链 Y 1–893（893 aa）链 Z 1–893（893 aa）链 a 1–893（893 aa）链 b 1–893（893 aa）链 c 1–893（893 aa）链 d 1–893（893 aa）链 e 1–893（893 aa）链 f 1–893（893 aa）链 g 1–893（893 aa）链 h 1–893（893 aa）链 i 1–893（893 aa）链 j 1–893（893 aa）链 k 1–893（893 aa）链 l 1–893（893 aa）链 m 1–893（893 aa）链 n 1–893（893 aa）链 o 1–893（893 aa）链 p 1–893（893 aa）链 q 1–893（893 aa）链 r 1–893（893 aa）链 s 1–893（893 aa）链 t 1–893（893 aa）链 u 1–893（893 aa）链 v 1–893（893 aa）链 w 1–893（893 aa）链 x 1–893（893 aa）链 y 1–893（893 aa）链 z 1–893（893 aa）	未记录	AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 78	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；50 Tris 8.0, 75 mM NaCl, 1.5 mM MgCl2, 1 mM DTT, 1 mM NADP, 0.025% DDM cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.16 Å
11JC RNA Vault Shoulder with ADPR bound, compact conformation, focused refinement (MVP/PARP4/TEP1 NADP sample) 提交 2026-02-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–893（893 aa）链 B 1–893（893 aa）链 C 1–893（893 aa）	未记录	AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；50 Tris 8.0, 75 mM NaCl, 1.5 mM MgCl2, 1 mM DTT, 1 mM NADP, 0.025% DDM cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 1.96 Å
11JD RNA Vault Shoulder with ADPR bound, extended conformation, focused refinement (MVP/PARP4/TEP1 NADP sample) 提交 2026-02-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–893（893 aa）链 B 1–893（893 aa）链 C 1–893（893 aa）	未记录	AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；50 Tris 8.0, 75 mM NaCl, 1.5 mM MgCl2, 1 mM DTT, 1 mM NADP, 0.025% DDM cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.37 Å
11JF RNA Vault bound to PARP4 MINT, focused refinement (MVP/PARP4/TEP1 NADP sample) 提交 2026-02-26	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–893（893 aa）链 B 1–893（893 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；50 Tris 8.0, 75 mM NaCl, 1.5 mM MgCl2, 1 mM DTT, 1 mM NADP, 0.025% DDM cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.85 Å
1Y7X Solution structure of a two-repeat fragment of major vault protein 提交 2004-12-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 113–221（109 aa）片段：domains 3-4 of MVP repeats (residues 113-221)	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；303 K；离子强度（mmCIF原始值）150mM NaCl；压力 ambient NMR样品组成 1mM MVP U-15N, 20mM bis-Tris, 150mM NaCl, 2mM CaCl2, 15mM DTT, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1mM MVP, 20mM bis-Tris, 150mM NaCl, 2mM CaCl2, 15mM DTT, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
9BW5 Human Vault Cage 提交 2024-05-20	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 78 PDB 声明：78-meric	链 A 1–893（893 aa）链 B 1–893（893 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；50 mM HEPES, 5 mM MgCl2, 5 mM CaCl2, 0.25 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Vitrification carried out under standard conditions	分辨率 3.30 Å
9BW7 Human Vault Cage in complex with PARP4 and NAD+ 提交 2024-05-20	配体/离子不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 156 PDB 声明：156-meric	链 A 1–893（893 aa）链 C 1–893（893 aa）	未记录	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 78	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；50 mM HEPES, 5 mM MgCl2, 5 mM CaCl2, 0.25 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Vitrification carried out under standard conditions	分辨率 2.90 Å
9BW7 Human Vault Cage in complex with PARP4 and NAD+ 提交 2024-05-20	配体/离子不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–893（893 aa）链 C 1–893（893 aa）	未记录	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；50 mM HEPES, 5 mM MgCl2, 5 mM CaCl2, 0.25 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Vitrification carried out under standard conditions	分辨率 2.90 Å
9MXH Human Vault Cage in complex with NAD+ 提交 2025-01-20	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 78 PDB 声明：78-meric	链 A 1–893（893 aa）链 B 1–893（893 aa）	未记录	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 78	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；50 mM HEPES pH 8, 5 mM MgCl2, 5 mM CaCl2, 0.25 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.07 Å
9MXJ Human Vault Cage in complex with ADP-ribose 提交 2025-01-20	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 78 PDB 声明：78-meric	链 A 1–893（893 aa）链 B 1–893（893 aa）	未记录	APR ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 78	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；50 mM HEPES, 5 mM MgCl2, 5 mM CaCl2, 0.25 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Vitrification carried out under standard conditions	分辨率 3.49 Å
9MXJ Human Vault Cage in complex with ADP-ribose 提交 2025-01-20	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–893（893 aa）链 B 1–893（893 aa）	未记录	APR ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；50 mM HEPES, 5 mM MgCl2, 5 mM CaCl2, 0.25 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Vitrification carried out under standard conditions	分辨率 3.49 Å
9MXJ Human Vault Cage in complex with ADP-ribose 提交 2025-01-20	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–893（893 aa）链 B 1–893（893 aa）	未记录	APR ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；50 mM HEPES, 5 mM MgCl2, 5 mM CaCl2, 0.25 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Vitrification carried out under standard conditions	分辨率 3.49 Å
9MXV Human Vault Cage in complex with ADP 提交 2025-01-21	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 78 PDB 声明：78-meric	链 A 1–893（893 aa）链 B 1–893（893 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 78	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；50 mM HEPES pH 8.0, 5 mM CaCl2, 5 mM MgCl2, 0.25 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.68 Å
9MXV Human Vault Cage in complex with ADP 提交 2025-01-21	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–893（893 aa）链 B 1–893（893 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；50 mM HEPES pH 8.0, 5 mM CaCl2, 5 mM MgCl2, 0.25 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.68 Å
9MXV Human Vault Cage in complex with ADP 提交 2025-01-21	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–893（893 aa）链 B 1–893（893 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；50 mM HEPES pH 8.0, 5 mM CaCl2, 5 mM MgCl2, 0.25 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.68 Å
9QW9 Human vault protein - primed conformation 提交 2025-04-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 78 PDB 声明：78-meric	链 A 1–893（893 aa）链 AA 1–893（893 aa）链 AB 1–893（893 aa）链 AC 1–893（893 aa）链 B 1–893（893 aa）链 BA 1–893（893 aa）链 BB 1–893（893 aa）链 C 1–893（893 aa）链 CA 1–893（893 aa）链 CB 1–893（893 aa）链 D 1–893（893 aa）链 DA 1–893（893 aa）链 DB 1–893（893 aa）链 E 1–893（893 aa）链 EA 1–893（893 aa）链 EB 1–893（893 aa）链 F 1–893（893 aa）链 FA 1–893（893 aa）链 FB 1–893（893 aa）链 G 1–893（893 aa）链 GA 1–893（893 aa）链 GB 1–893（893 aa）链 H 1–893（893 aa）链 HA 1–893（893 aa）链 HB 1–893（893 aa）链 I 1–893（893 aa）链 IA 1–893（893 aa）链 IB 1–893（893 aa）链 J 1–893（893 aa）链 JA 1–893（893 aa）链 JB 1–893（893 aa）链 K 1–893（893 aa）链 KA 1–893（893 aa）链 KB 1–893（893 aa）链 L 1–893（893 aa）链 LA 1–893（893 aa）链 LB 1–893（893 aa）链 M 1–893（893 aa）链 MA 1–893（893 aa）链 MB 1–893（893 aa）链 N 1–893（893 aa）链 NA 1–893（893 aa）链 NB 1–893（893 aa）链 O 1–893（893 aa）链 OA 1–893（893 aa）链 OB 1–893（893 aa）链 P 1–893（893 aa）链 PA 1–893（893 aa）链 PB 1–893（893 aa）链 Q 1–893（893 aa）链 QA 1–893（893 aa）链 QB 1–893（893 aa）链 R 1–893（893 aa）链 RA 1–893（893 aa）链 RB 1–893（893 aa）链 S 1–893（893 aa）链 SA 1–893（893 aa）链 SB 1–893（893 aa）链 T 1–893（893 aa）链 TA 1–893（893 aa）链 TB 1–893（893 aa）链 UA 1–893（893 aa）链 UB 1–893（893 aa）链 V 1–893（893 aa）链 VA 1–893（893 aa）链 VB 1–893（893 aa）链 W 1–893（893 aa）链 WA 1–893（893 aa）链 WB 1–893（893 aa）链 X 1–893（893 aa）链 XA 1–893（893 aa）链 XB 1–893（893 aa）链 Y 1–893（893 aa）链 YA 1–893（893 aa）链 YB 1–893（893 aa）链 Z 1–893（893 aa）链 ZA 1–893（893 aa）链 ZB 1–893（893 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；25 mM HEPES, 150 mM NaCl, 5 mM CaCl2, 1mM TCEP, pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.09 Å
9QWQ Human vault protein - committed conformation 提交 2025-04-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 78 PDB 声明：78-meric	链 A 1–893（893 aa）链 AA 1–893（893 aa）链 AB 1–893（893 aa）链 AC 1–893（893 aa）链 B 1–893（893 aa）链 BA 1–893（893 aa）链 BB 1–893（893 aa）链 C 1–893（893 aa）链 CA 1–893（893 aa）链 CB 1–893（893 aa）链 D 1–893（893 aa）链 DA 1–893（893 aa）链 DB 1–893（893 aa）链 E 1–893（893 aa）链 EA 1–893（893 aa）链 EB 1–893（893 aa）链 F 1–893（893 aa）链 FA 1–893（893 aa）链 FB 1–893（893 aa）链 G 1–893（893 aa）链 GA 1–893（893 aa）链 GB 1–893（893 aa）链 H 1–893（893 aa）链 HA 1–893（893 aa）链 HB 1–893（893 aa）链 I 1–893（893 aa）链 IA 1–893（893 aa）链 IB 1–893（893 aa）链 J 1–893（893 aa）链 JA 1–893（893 aa）链 JB 1–893（893 aa）链 K 1–893（893 aa）链 KA 1–893（893 aa）链 KB 1–893（893 aa）链 L 1–893（893 aa）链 LA 1–893（893 aa）链 LB 1–893（893 aa）链 M 1–893（893 aa）链 MA 1–893（893 aa）链 MB 1–893（893 aa）链 N 1–893（893 aa）链 NA 1–893（893 aa）链 NB 1–893（893 aa）链 O 1–893（893 aa）链 OA 1–893（893 aa）链 OB 1–893（893 aa）链 P 1–893（893 aa）链 PA 1–893（893 aa）链 PB 1–893（893 aa）链 Q 1–893（893 aa）链 QA 1–893（893 aa）链 QB 1–893（893 aa）链 R 1–893（893 aa）链 RA 1–893（893 aa）链 RB 1–893（893 aa）链 S 1–893（893 aa）链 SA 1–893（893 aa）链 SB 1–893（893 aa）链 T 1–893（893 aa）链 TA 1–893（893 aa）链 TB 1–893（893 aa）链 UA 1–893（893 aa）链 UB 1–893（893 aa）链 V 1–893（893 aa）链 VA 1–893（893 aa）链 VB 1–893（893 aa）链 W 1–893（893 aa）链 WA 1–893（893 aa）链 WB 1–893（893 aa）链 X 1–893（893 aa）链 XA 1–893（893 aa）链 XB 1–893（893 aa）链 Y 1–893（893 aa）链 YA 1–893（893 aa）链 YB 1–893（893 aa）链 Z 1–893（893 aa）链 ZA 1–893（893 aa）链 ZB 1–893（893 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；25 mM HEPES, 150 mM NaCl, 5 mM CaCl2, 1mM TCEP, pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.45 Å
9R86 Major Vault Protein from Human Brain 提交 2025-05-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 39 PDB 声明：39-meric	链 A0 1–893（893 aa）链 A1 1–893（893 aa）链 A2 1–893（893 aa）链 A3 1–893（893 aa）链 A4 1–893（893 aa）链 A5 1–893（893 aa）链 A6 1–893（893 aa）链 A7 1–893（893 aa）链 A8 1–893（893 aa）链 A9 1–893（893 aa）链 Ac 1–893（893 aa）链 Ad 1–893（893 aa）链 Ae 1–893（893 aa）链 Af 1–893（893 aa）链 Ag 1–893（893 aa）链 Ah 1–893（893 aa）链 Ai 1–893（893 aa）链 Aj 1–893（893 aa）链 Ak 1–893（893 aa）链 Al 1–893（893 aa）链 Am 1–893（893 aa）链 An 1–893（893 aa）链 Ap 1–893（893 aa）链 Aq 1–893（893 aa）链 Ar 1–893（893 aa）链 As 1–893（893 aa）链 At 1–893（893 aa）链 Au 1–893（893 aa）链 Av 1–893（893 aa）链 Aw 1–893（893 aa）链 Ax 1–893（893 aa）链 Ay 1–893（893 aa）链 Az 1–893（893 aa）链 BA 1–893（893 aa）链 BB 1–893（893 aa）链 BC 1–893（893 aa）链 BD 1–893（893 aa）链 BE 1–893（893 aa）链 BF 1–893（893 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
9R87 Cap of the vault protein from Human Brain 提交 2025-05-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 39 PDB 声明：39-meric	链 A 1–893（893 aa）链 A1 1–893（893 aa）链 A2 1–893（893 aa）链 A3 1–893（893 aa）链 A4 1–893（893 aa）链 Ar 1–893（893 aa）链 As 1–893（893 aa）链 At 1–893（893 aa）链 Au 1–893（893 aa）链 Av 1–893（893 aa）链 Aw 1–893（893 aa）链 Ax 1–893（893 aa）链 Ay 1–893（893 aa）链 Az 1–893（893 aa）链 B 1–893（893 aa）链 C 1–893（893 aa）链 D 1–893（893 aa）链 E 1–893（893 aa）链 F 1–893（893 aa）链 G 1–893（893 aa）链 H 1–893（893 aa）链 I 1–893（893 aa）链 J 1–893（893 aa）链 K 1–893（893 aa）链 L 1–893（893 aa）链 M 1–893（893 aa）链 N 1–893（893 aa）链 O 1–893（893 aa）链 P 1–893（893 aa）链 Q 1–893（893 aa）链 R 1–893（893 aa）链 S 1–893（893 aa）链 T 1–893（893 aa）链 U 1–893（893 aa）链 V 1–893（893 aa）链 W 1–893（893 aa）链 X 1–893（893 aa）链 Y 1–893（893 aa）链 Z 1–893（893 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å

共 19 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MVP_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–893； UniProt 1–893 作者链 C； PDB构建体 1–893； UniProt 1–893

Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP4

Homo sapiens

UniProt Q9UKK3

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 156 PDB 声明：156-meric（156）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–1724 链 D； UniProt 1–1724	未记录	Major vault protein × 78 （Q14764）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8；50 mM HEPES, 5 mM MgCl2, 5 mM CaCl2, 0.25 mM DTT cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；Vitrification carried out under standard conditions	分辨率 2.90 Å
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–1724 链 D； UniProt 1–1724	未记录	Major vault protein × 2 （Q14764）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8；50 mM HEPES, 5 mM MgCl2, 5 mM CaCl2, 0.25 mM DTT cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；Vitrification carried out under standard conditions	分辨率 2.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9BW6	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
11JF RNA Vault bound to PARP4 MINT, focused refinement (MVP/PARP4/TEP1 NADP sample) 提交 2026-02-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 P 1–1724（1724 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；50 Tris 8.0, 75 mM NaCl, 1.5 mM MgCl2, 1 mM DTT, 1 mM NADP, 0.025% DDM cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.85 Å
8SWY PARP4 ART domain bound to NADH 提交 2023-05-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 242–282（41 aa）链 A 365–573（209 aa）	未记录	NAI 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；21% PEG3350, 0.2M sodium citrate tribasic dihydrate, 1% ethylene glycol, 800uM NADH	分辨率 2.55 Å R-free 0.254
8SWY PARP4 ART domain bound to NADH 提交 2023-05-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 242–282（41 aa）链 B 365–573（209 aa）	未记录	NAI 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；21% PEG3350, 0.2M sodium citrate tribasic dihydrate, 1% ethylene glycol, 800uM NADH	分辨率 2.55 Å R-free 0.254
8SWY PARP4 ART domain bound to NADH 提交 2023-05-19	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 242–282（41 aa）链 C 365–573（209 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；21% PEG3350, 0.2M sodium citrate tribasic dihydrate, 1% ethylene glycol, 800uM NADH	分辨率 2.55 Å R-free 0.254
8SWZ PARP4 ART domain bound to EB47 提交 2023-05-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 242–282（41 aa）链 A 365–573（209 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 UHB 2-[4-[(2S,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]carbonylpiperazin-1-yl]-N-(1-oxidanylidene-2,3-dihydroisoindol-4-yl)ethanamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG3350, 0.2M sodium citrate tribasic dihydrate, 800uM EB47	分辨率 3.00 Å R-free 0.248
8SWZ PARP4 ART domain bound to EB47 提交 2023-05-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 242–282（41 aa）链 B 365–573（209 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 UHB 2-[4-[(2S,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]carbonylpiperazin-1-yl]-N-(1-oxidanylidene-2,3-dihydroisoindol-4-yl)ethanamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG3350, 0.2M sodium citrate tribasic dihydrate, 800uM EB47	分辨率 3.00 Å R-free 0.248
8SWZ PARP4 ART domain bound to EB47 提交 2023-05-19	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 242–282（41 aa）链 C 365–573（209 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG3350, 0.2M sodium citrate tribasic dihydrate, 800uM EB47	分辨率 3.00 Å R-free 0.248
8SX1 PARP4 catalytic domain 提交 2023-05-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 242–573（332 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；23% PEG3350 and 0.1 M Bis-Tris pH 6.5	分辨率 4.20 Å R-free 0.331
8SX1 PARP4 catalytic domain 提交 2023-05-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 242–573（332 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；23% PEG3350 and 0.1 M Bis-Tris pH 6.5	分辨率 4.20 Å R-free 0.331
8SX1 PARP4 catalytic domain 提交 2023-05-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 242–573（332 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；23% PEG3350 and 0.1 M Bis-Tris pH 6.5	分辨率 4.20 Å R-free 0.331
8SX1 PARP4 catalytic domain 提交 2023-05-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 242–573（332 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；23% PEG3350 and 0.1 M Bis-Tris pH 6.5	分辨率 4.20 Å R-free 0.331
8SX1 PARP4 catalytic domain 提交 2023-05-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 242–573（332 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；23% PEG3350 and 0.1 M Bis-Tris pH 6.5	分辨率 4.20 Å R-free 0.331
8SX1 PARP4 catalytic domain 提交 2023-05-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 F 242–573（332 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；23% PEG3350 and 0.1 M Bis-Tris pH 6.5	分辨率 4.20 Å R-free 0.331
8SX1 PARP4 catalytic domain 提交 2023-05-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 G 242–573（332 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；23% PEG3350 and 0.1 M Bis-Tris pH 6.5	分辨率 4.20 Å R-free 0.331
8SX1 PARP4 catalytic domain 提交 2023-05-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 H 242–573（332 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；23% PEG3350 and 0.1 M Bis-Tris pH 6.5	分辨率 4.20 Å R-free 0.331
8SX2 PARP4 catalytic domain bound to EB47 提交 2023-05-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 242–573（332 aa）	未记录	UHB 2-[4-[(2S,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]carbonylpiperazin-1-yl]-N-(1-oxidanylidene-2,3-dihydroisoindol-4-yl)ethanamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；23% PEG3350, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 0.2 M MgCl2, and 600 uM EB47	分辨率 2.95 Å R-free 0.262
8SX2 PARP4 catalytic domain bound to EB47 提交 2023-05-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 242–573（332 aa）	未记录	UHB 2-[4-[(2S,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]carbonylpiperazin-1-yl]-N-(1-oxidanylidene-2,3-dihydroisoindol-4-yl)ethanamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；23% PEG3350, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 0.2 M MgCl2, and 600 uM EB47	分辨率 2.95 Å R-free 0.262
9BW7 Human Vault Cage in complex with PARP4 and NAD+ 提交 2024-05-20	配体/离子不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 156 PDB 声明：156-meric	链 B 1–1724（1724 aa）链 D 1–1724（1724 aa）	未记录	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 78	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；50 mM HEPES, 5 mM MgCl2, 5 mM CaCl2, 0.25 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Vitrification carried out under standard conditions	分辨率 2.90 Å
9BW7 Human Vault Cage in complex with PARP4 and NAD+ 提交 2024-05-20	配体/离子不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–1724（1724 aa）链 D 1–1724（1724 aa）	未记录	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；50 mM HEPES, 5 mM MgCl2, 5 mM CaCl2, 0.25 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Vitrification carried out under standard conditions	分辨率 2.90 Å
9DEV PARP4 BRCT domain 提交 2024-08-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–100（100 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2M ammonium sulfate, 0.15M Citric Acid pH3.5	分辨率 1.75 Å R-free 0.188
9DFO PARP4 BRCT domain K31Q mutant 提交 2024-08-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–100（100 aa）	突变：K31Q	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；31% PEG3350, 0.2M ammonium sulfate and 0.1M sodium acetate pH 4.6	分辨率 1.90 Å R-free 0.208
9DFP PARP4 BRCT domain K23/24Q mutant 提交 2024-08-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–100（100 aa）	突变：K23Q,K24Q	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；27% PEG3350, 0.2M ammonium sulfate and 0.1M sodium acetate pH 4.6	分辨率 1.92 Å R-free 0.219
9DFQ PARP4 BRCT domain F39Q mutant 提交 2024-08-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–100（100 aa）	突变：F39Q	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2 M ammonium sulfate and 0.1 M sodium acetate pH 4.6	分辨率 2.10 Å R-free 0.230
9DFR PARP4 BRCT domain F39A mutant 提交 2024-08-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–100（100 aa）	突变：F39A	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；27% PEG3350, 0.2M ammonium sulfate and 0.1M sodium acetate pH 4.6	分辨率 1.90 Å R-free 0.218

共 11 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PARP4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–1724； UniProt 1–1724 作者链 D； PDB构建体 1–1724； UniProt 1–1724

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9bw6
沉积日期 deposition_date	2024-05-20
结构标题 title	Human Vault Cage in complex with PARP4
关键词 keywords	;Vault, Vault Cage, MVP, Major Vault Protein, SPFH, PARP4, Poly(ADP-ribose)Polymerase 4, MINT, Poly(ADP-ribose)Polymerase, Ribonucleoprotein, Megadalton complex, TEP1, vault RNA, PROTEIN TRANSPORT ;; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	— Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	166.10 Å
零角强度 I(0) i0	587828000.00
分子量 molecular_weight	207010.0 kDa
排除体积 excluded_volume	259740 Å³
包络体积 envelope_volume	1127800 Å³
水化壳体积 shell_volume	63081 Å³
包络直径 envelope_diameter	667.5 Å
壳层 Rg shell_rg	93.39 Å
包络 Rg envelope_rg	186.50 Å
形状 Rg shape_rg	165.90 Å
总 Rg total_rg	166.30 Å
总原子数 total_atoms	14604
残基数 n_residues	1838
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	384.6 Å
Rg (实空间) rg_real	137.30 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.90 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.4540e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2720e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	103.40 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	494100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6726
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	42.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.283
峰度 Kurtosis kurtosis	-1.158
角度范围 angular_range	— – 0.0450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.1436
最高正则化参数 α highest_alpha	107600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	10
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.372; Oscil: 0.113; Stabil: 0.946; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.861; Smooth: 0.451

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Major vault protein
分子量 formula_weight	99452.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	14604

MATEEFIIRIPPYHYIHVLDQNSNVSRVEVGPKTYIRQDNERVLFAPMRMVTVPPRHYCTVANPVSRDAQGLVLFDVTGQVRLRHADLEIRLAQDPFPLYPGEVLEKDITPLQVVLPNTALHLKALLDFEDKDGDKVVAGDEWLFEGPGTYIPRKEVEVVEIIQATIIRQNQALRLRARKECWDRDGKERVTGEEWLVTTVGAYLPAVFEEVLDLVDAVILTEKTALHLRARRNFRDFRGVSRRTGEEWLVTVQDTEAHVPDVHEEVLGVVPITTLGPHNYCVILDPVGPDGKNQLGQKRVVKGEKSFFLQPGEQLEQGIQDVYVLSEQQGLLLRALQPLEEGEDEEKVSHQAGDHWLIRGPLEYVPSAKVEVVEERQAIPLDENEGIYVQDVKTGKVRAVIGSTYMLTQDEVLWEKELPPGVEELLNKGQDPLADRGEKDTAKSLQPLAPRNKTRVVSYRVPHNAAVQVYDYREKRARVVFGPELVSLGPEEQFTVLSLSAGRPKRPHARRALCLLLGPDFFTDVITIETADHARLQLQLAYNWHFEVNDRKDPQETAKLFSVPDFVGDACKAIASRVRGAVASVTFDDFHKNSARIIRTAVFGFETSEAKGPDGMALPRPRDQAVFPQNGLVVSSVDVQSVEPVDQRTRDALQRSVQLAIEITTNSQEAAAKHEAQRLEQEARGRLERQKILDQSEAEKARKELLELEALSMAVESTGTAKAEAESRAEAARIEGEGSVLQAKLKAQALAIETEAELQRVQKVRELELVYARAQLELEVSKAQQLAEVEVKKFKQMTEAIGPSTIRDLAVAGPEMQVKLLQSLGLKSTLITDGSTPINLFNTAFGLLGMGPEGQPLGRRVASGPSPGEGISPQSAQAPQAPGDNHVVPVLR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP4
分子量 formula_weight	192810.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.4.2.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

MVMGIFANCIFCLKVKYLPQQQKKKLQTDIKENGGKFSFSLNPQCTHIILDNADVLSQYQLNSIQKNHVHIANPDFIWKSIREKRLLDVKNYDPYKPLDITPPPDQKASSSEVKTEGLCPDSATEEEDTVELTEFGMQNVEIPHLPQDFEVAKYNTLEKVGMEGGQEAVVVELQCSRDSRDCPFLISSHFLLDDGMETRRQFAIKKTSEDASEYFENYIEELKKQGFLLREHFTPEATQLASEQLQALLLEEVMNSSTLSQEVSDLVEMIWAEALGHLEHMLLKPVNRISLNDVSKAEGILLLVKAALKNGETAEQLQKMMTEFYRLIPHKGTMPKEVNLGLLAKKADLCQLIRDMVNVCETNLSKPNPPSLAKYRALRCKIEHVEQNTEEFLRVRKEVLQNHHSKSPVDVLQIFRVGRVNETTEFLSKLGNVRPLLHGSPVQNIVGILCRGLLLPKVVEDRGVQRTDVGNLGSGIYFSDSLSTSIKYSHPGETDGTRLLLICDVALGKCMDLHEKDFSLTEAPPGYDSVHGVSQTASVTTDFEDDEFVVYKTNQVKMKYIIKFSMPGDQIKDFHPSDHTELEEYRPEFSNFSKVEDYQLPDAKTSSSTKAGLQDASGNLVPLEDVHIKGRIIDTVAQVIVFQTYTNKSHVPIEAKYIFPLDDKAAVCGFEAFINGKHIVGEIKEKEEAQQEYLEAVTQGHGAYLMSQDAPDVFTVSVGNLPPKAKVLIKITYITELSILGTVGVFFMPATVAPWQQDKALNENLQDTVEKICIKEIGTKQSFSLTMSIEMPYVIEFIFSDTHELKQKRTDCKAVISTMEGSSLDSSGFSLHIGLSAAYLPRMWVEKHPEKESEACMLVFQPDLDVDLPDLASESEVIICLDCSSSMEGVTFLQAKQIALHALSLVGEKQKVNIIQFGTGYKELFSYPKHITSNTMAAEFIMSATPTMGNTDFWKTLRYLSLLYPARGSRNILLVSDGHLQDESLTLQLVKRSRPHTRLFACGIGSTANRHVLRILSQCGAGVFEYFNAKSKHSWRKQIEDQMTRLCSPSCHSVSVKWQQLNPDVPEALQAPAQVPSLFLNDRLLVYGFIPHCTQATLCALIQEKEFRTMVSTTELQKTTGTMIHKLAARALIRDYEDGILHENETSHEMKKQTLKSLIIKLSKENSLITQFTSFVAVEKRDENESPFPDIPKVSELIAKEDVDFLPYMSWQGEPQEAVRNQSLLASSEWPELRLSKRKHRKIPFSKRKMELSQPEVSEDFEEDGLGVLPAFTSNLERGGVEKLLDLSWTESCKPTATEPLFKKVSPWETSTSSFFPILAPAVGSYLPPTARAHSPASLSFASYRQVASFGSAAPPRQFDASQFSQGPVPGTCADWIPQSASCPTGPPQNPPSSPYCGIVFSGSSLSSAQSAPLQHPGGFTTRPSAGTFPELDSPQLHFSLPTDPDPIRGFGSYHPSASSPFHFQPSAASLTANLRLPMASALPEALCSQSRTTPVDLCLLEESVGSLEGSRCPVFAFQSSDTESDELSEVLQDSCFLQIKCDTKDDSILCFLEVKEEDEIVCIQHWQDAVPWTELLSLQTEDGFWKLTPELGLILNLNTNGLHSFLKQKGIQSLGVKGRECLLDLIATMLVLQFIRTRLEKEGIVFKSLMKMDDASISRNIPWAFEAIKQASEWVRRTEGQYPSICPRLELGNDWDSATKQLLGLQPISTVSPLHRVLHYSQG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

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8. 引用文献 (4)

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分辨率 resolution	2.90 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	44443

fit	/app/data/saxs_computation/bw/9bw6/9bw6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bw/9bw6/9bw6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bw/9bw6/9bw6.dat

Human Vault Cage in complex with PARP4

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Major vault protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

8. 引用文献 (4)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)