SAXSdb — 9c5c

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9c5c
沉积日期 deposition_date	2024-06-06
结构标题 title	Structure of Human Adaptor Protein Complex AP-3 in the Apo State
关键词 keywords	Adaptor Protein complex, AP-3, Lysosomal transport, Endosomal transport, Protein trafficking, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	39.53 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	39.03 Å
零角强度 I(0) i0	362642000.00
分子量 molecular_weight	161800.0 kDa
排除体积 excluded_volume	205540 Å³
包络体积 envelope_volume	265220 Å³
水化壳体积 shell_volume	55944 Å³
包络直径 envelope_diameter	128.3 Å
壳层 Rg shell_rg	45.44 Å
包络 Rg envelope_rg	38.30 Å
形状 Rg shape_rg	39.01 Å
总 Rg total_rg	39.48 Å
总原子数 total_atoms	11364
残基数 n_residues	1429
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	125.6 Å
Rg (实空间) rg_real	39.42 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.83 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.6260e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.9460e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	39.50 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	362700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9029
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	0
主峰位置 r_peak_primary	— Å
偏度 Skewness skewness	0.182
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.633
角度范围 angular_range	— – 0.2000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	70350000.0000
实空间数据点数 n_real_points	41
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.953; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.877

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	AP-3 complex subunit delta-1
分子量 formula_weight	66165.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D
原子数 atom_count	11364

LQDLVRGIRNHKEDEAKYISQCIDEIKQELKQDNIAVKANAVCKLTYLQMLGYDISWAAFNIIEVMSASKFTFKRIGYLAASQSFHEGTDVIMLTTNQIRKDLSSPSQYDTGVALTGLSCFVTPDLARDLANDIMTLMSHTKPYIRKKAVLIMYKVFLKYPESLRPAFPRLKEKLEDPDPGVQSAAVNVICELARRNPKNYLSLAPLFFKLMTSSTNNWVLIKIIKLFGALTPLEPRLGKKLIEPLTNLIHSTSAMSLLYECVNTVIAVLISLSSGMPNHSASIQLCVQKLRILIEDSDQNLKYLGLLAMSKILKTHPKSVQSHKDLILQCLDDKDESIRLRALDLLYGMVSKKNLMEIVKKLMTHVDKAEGTTYRDELLTKIIDICSQSNYQYITNFEWYISILVELTRLEGTRHGHLIAAQMLDVAIRVKAIRKFAVSQMSALLDSAHLLASSTQRNGICEVLYAAAWICGEFSEHLQEPHHTLEAMLRPRVTTLPGHIQAVYVQNVVKLYASILQQKEQAGEAEGAQAVTQLMVDRLPQFVQSADLEVQERASCILQLVKHIQKLQAKDVPVAEEVSALFAGELN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	AP-3 complex subunit beta-1
分子量 formula_weight	65602.8 kDa
突变 mutation	residues 261-293 deleted
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

DLKKNEDLKQMLESNKDSAKLDAMKRIVGMIAKGKNASELFPAVVKNVASKNIEIKKLVYVYLVRYAEEQQDLALLSISTFQRALKDPNQLIRASALRVLSSIRVPIIVPIMMLAIKEASADLSPYVRKNAAHAIQKLYSLDPEQKEMLIEVIEKLLKDKSTLVAGSVVMAFEEVCPDRIDLIHKNYRKLCNLLVDVEEWGQVVIIHMLTRYARTQFVSPWDPDHRLLIRNTKPLLQSRNAAVVMAVAQLYWHISPKSEAGIISKSLVRLLRSNREVQYIVLQNIATMSIQRKGMFEPYLKSFYVRSTDPTMIKTLKLEILTNLANEANISTLLREFQTYVKSQDKQFAAATIQTIGRCATNILEVTDTCLNGLVCLLSNRDEIVVAESVVVIKKLLQMQPAQHGEIIKHMAKLLDSITVPVARASILWLIGENCERVPKIAPDVLRKMAKSFTSEDDLVKLQILNLGAKLYLTNSKQTKLLTQYILNLGKYDQNYDIRDRTRFIRQLIVPNVKSGALSKYAKKIFLAQKPAPLLESPFKDRDHFQLGTLSHTLNIKATGYLELSNWPEVAPDPSVRN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	AP-3 complex subunit mu-1
分子量 formula_weight	14274.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

MIHSLFLINCSGDIFLEKHWKSVVSQSVCDYFFEAQEKAADVENVPPVISTPHHYLISIYRDKLFFVSVIQTEVPPLFVIEFLHRVADTFQDYFGECSEAAIKDNVVIVYELLEEMLDNGFPLA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 polymer

描述 description	AP-3 complex subunit sigma-1
分子量 formula_weight	17412.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S

MIKAILIFNNHGKPRLSKFYQPYSEDTQQQIIRETFHLVSKRDENVCNFLEGGLLIGGSDNKLIYRHYATLYFVFCVDSSESELGILDLIQVFVETLDKCFENVCELDLIFHVDKVHNILAEMVMGGMVLETNMNEIVTQIDAQNKLEKSE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

▶

7. 引用文献 (1)

▶

分辨率 resolution	3.60 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	1205158

fit	/app/data/saxs_computation/c5/9c5c/9c5c.fit
pddf	/app/data/pr_computation/c5/9c5c/9c5c.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/c5/9c5c/9c5c.dat

Structure of Human Adaptor Protein Complex AP-3 in the Apo State

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)