9c6y

Crystal structure of SARS-CoV-2 XBB.1.5 RBD bound to COV2-3906 Fab

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 138.7 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9c6y
沉积日期 deposition_date	2024-06-10
结构标题 title	Crystal structure of SARS-CoV-2 XBB.1.5 RBD bound to COV2-3906 Fab
关键词 keywords	coronavirus, antibody, fab, IMMUNE SYSTEM, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	39.97 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	39.61 Å
零角强度 I(0) i0	311269000.00
分子量 molecular_weight	141900.0 kDa
排除体积 excluded_volume	176660 Å³
包络体积 envelope_volume	245990 Å³
水化壳体积 shell_volume	52868 Å³
包络直径 envelope_diameter	145.7 Å
壳层 Rg shell_rg	44.01 Å
包络 Rg envelope_rg	39.45 Å
形状 Rg shape_rg	39.57 Å
总 Rg total_rg	40.02 Å
总原子数 total_atoms	10002
残基数 n_residues	1296
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	138.7 Å
Rg (实空间) rg_real	40.04 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.31 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.1130e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.1860e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	40.00 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	311300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6617
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	45.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.369
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.265
角度范围 angular_range	— – 0.2000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	32080000.0000
实空间数据点数 n_real_points	41
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.835; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.062; Positv: 1.000; Valcen: 0.969; Smooth: 0.937

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

描述 description	Heavy chain of COV2-3906 Fab
分子量 formula_weight	23972.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	10096

QVQLQESGPGLVKPSQTLSLTCTVSGDSISSDGYYWSWLRQRPGKGLEWIGYIYNSGSTHYNPSLNSRVSISIDTSKTQFSLKLSSVTAADTAVYYCARALVLITYVWFDPWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 2 polymer

描述 description	Light chain of COV2-3906 Fab
分子量 formula_weight	23098.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

NFMLTQPHSVSESPGKTVTISCTGSSGSVASNYVQWYQHRPGSAPTTVIYEDNQRPSGVPDRFSGSIDSSSNSASLTISELKPEDEADYYCQSYGDRNVVFGGGTKLTVLGQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADSSPVKAGVETTTPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTECS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 3 polymer

描述 description	;Spike protein S2' ;
分子量 formula_weight	24446.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F

RVQPTESIVRFPNITNLCPFHEVFNATTFASVYAWNRKRISNCVADFSVIYNFAPFFAFKCYGVSPTKLNDLCWTNIYADSFVIRGNEVSQIAPGQTGNIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNKLDSKPSGNYNYLYRLFRKSKLKPFERDISTEIYQAGNKPCNGVAGPNCYSPLQSYGFRPTYGVGHQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKLEVLFQ

来源 Source

来源生物 organism	Severe acute respiratory syndrome coronavirus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2901879
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 branched

描述 description	;beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	732.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	894.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 7 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 8 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 9 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	94

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	66.971 Å
晶胞边长 b length_b	170.851 Å
晶胞边长 c length_c	231.543 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.680 Å
最低分辨率 resolution_low	48.500 Å
R 因子 r_factor	0.2082
R_work r_work	0.2073
R_free r_free	0.2418

fit	/app/data/saxs_computation/c6/9c6y/9c6y.fit
pddf	/app/data/pr_computation/c6/9c6y/9c6y.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/c6/9c6y/9c6y.dat

Crystal structure of SARS-CoV-2 XBB.1.5 RBD bound to COV2-3906 Fab

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 branched

Entity 5 branched

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 non-polymer

Entity 10 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)